六月辛亥日，光武帝车驾返回洛阳宫中。

七月丁亥日，光武帝巡幸谯县。派遣捕虏将军马武、偏将军王霸，在垂惠县围困刘纡。

董宪部将贲休献出兰陵城，投降汉军，董宪包围兰陵县城。虎牙大将军盖延率领平狄将军庞萌救援贲休，没有取胜，兰陵县城被董宪攻陷。

当年秋天八月戊午日，光武帝巡幸寿春。

太中大夫徐恽擅自斩杀临淮郡太守刘度，徐恽被杀头抵罪。

光武帝派遣扬武将军马成率领三位将军，讨伐李宪。

建武四年九月，汉军在舒县围困李宪。

建武四年冬天十月甲寅日，光武帝车驾返回洛阳宫中。太傅卓茂去世。

建武四年十一月丙申日，光武帝巡幸宛县。派遣建义大将军朱祐率领两位将军，在黎丘围困秦丰。

十二月丙寅日，光武帝巡幸黎丘。

这一年，征西大将军冯异与公孙述部将程焉在陈仓大战，大败程焉。

建武五年春天正月癸己日，光武帝车驾返回洛阳宫中。

二月丙午日，大赦天下。

捕虏将军马武、偏将军王霸攻取垂惠县。乙丑日，光武帝巡幸魏郡。壬申日，封殷室后裔孔安为殷绍嘉公。

彭宠被手下仆役杀害，渔阳郡被汉军收复。大司马吴汉率领建威大将军耿弇进攻富平县。获索在平原县作乱，汉军大败获索，民军投降。当年夏天，光武帝派遣耿弇率领两位将军，讨伐张步。

三月癸未日，光武帝改立广阳王刘良为赵王，刘良前去封国就位。

平狄将军庞萌造反，杀害楚郡太守孙萌，而后东行归附董宪。光武帝派遣征南大将军岑彭率领两位将军，在津乡讨伐田戎，大败叛军。

当年夏天四月，发生旱灾、蝗灾。河西大将军窦融派遣使者朝贡。

五月丙子日，光武帝下诏：“长久干旱，今年的麦子受灾严重，秋种至今还未播下，朕甚为忧虑。或许是执法官吏荼毒百姓，狱中关押很多无辜者，百姓愁苦哀怨，感动上天，致使天气久旱？诏令中都官、三辅地区、郡、诸侯国释放囚犯，只要不是死刑罪犯，一律不再追究，将服刑的刑徒一律赦免为庶人。朝中大臣要推荐贤良、爱民的官员，贬退贪婪、酷虐的官员。官员要尽职守责。”

建武五年六月，建义大将军朱祐攻取黎丘县，擒获秦丰；庞萌、苏茂围困桃城。光武帝巡幸蒙县，亲自指挥汉军，在任城整理军队，指挥汉军进军，救援桃城，大败庞萌等。

七月丁丑日，光武帝巡幸沛县，前往高祖原庙祭祀。下诏修复西京（长安）的帝王陵寝、庙园。皇帝巡幸湖陵县，讨伐董宪，巡幸蕃县，在昌虑县指挥进攻董宪，大败董宪。

八月己酉日，光武帝巡幸郯县，留下吴汉继续进攻刘纡、董宪等。光武帝车驾巡幸彭城、下邳县。吴汉攻取郯县，擒获刘纡。汉军在朐县围困董宪、庞萌。

当年冬天十月，皇帝返回，途经鲁县，派大司空祭祀孔子。耿弇等人与张步在临菑大战，汉军大败张步。皇帝巡幸临菑，巡幸剧县。张步斩杀苏茂，投降汉军，齐地平定。洛阳兴办太学。光武帝车驾返回洛阳宫中，视察太学，赏赐博士弟子，多少不等。

十一月壬寅日，大司徒伏湛遭免职，皇帝拜尚书令侯霸为大司徒（丞相）。

十二月，卢苏在九原县自称“天子”。

西州大将军隗嚣派遣儿子隗恂到洛阳来，入宫侍奉皇帝。

交阯州牧邓让率领交阯州七郡（南海郡、苍梧郡、郁林郡、合浦郡、交阯郡、九真郡、日南郡）太守，归降朝廷，派遣使者入朝朝贡。

光武帝下诏，免除济阳县两年徭役。这一年，野生谷物减少，农民耕种的土地在扩大。