当时，赤眉军、青犊军、上江军、大彤军、铁胫军、五幡军有十余万，麇集在射犬聚，刘秀引军进攻，耿纯充当先锋，距离射犬聚有数里之遥，贼寇趁着夜色猛攻耿纯，箭如雨下，落在耿纯的军营，汉军有许多士卒死伤。耿纯整顿部属，坚守不战，而后挑选敢死队员两千人，手挽强弩，每人准备三支利箭，趁着夜色，衔枚从小路绕到贼寇的后方，齐声大喊，一起放箭。贼寇惊慌失措，狼狈逃窜。耿纯率领汉军穷追不舍，大败贼寇。耿纯派人骑快马向刘秀报告，第二天清晨，刘秀与诸将来到耿纯营中，慰劳耿纯，说：“昨夜打得很辛苦吧？”耿纯回答：“全赖明公神威，幸而大获全胜。”刘秀说：“大军夜间不可妄动，因此没有前来助战。大军行动没有常态，将军的族人不宜都留在军中。”刘秀任命耿纯的族人耿伋为蒲吾县长，把耿纯的族人、亲属，全部安置在蒲吾县。

刘秀即皇帝位，封耿纯为高阳侯。耿纯在济阴郡进攻刘永，攻下定陶县。最初，耿纯跟随光武帝进攻王郎，从马上坠下，摔伤肩胛骨，不时发病，光武帝召耿纯到怀县离宫，问：“卿的兄弟中，谁可以担当重任？”耿纯举荐堂弟耿植，光武帝诏令耿植，率领耿纯的部队。耿纯以前将军身份，留在皇帝身边。

当时，真定王刘扬再次制作符谶：“赤九之后，瘿扬为主。”刘扬有病，颈部长有瘿瘤，欲以此迷惑民众。刘扬与绵曼县贼寇相互勾结。

建武二年春天，光武帝派遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征讨刘扬。刘扬紧闭城门，把陈副等人挡在城外。光武帝又授予耿纯符节，到幽州、冀州传达大赦令，所到之处慰问居住在当地的刘氏诸侯王、列侯。光武帝密令耿纯：“刘扬若来相见，即刻将其逮捕。”耿纯带着一百余名骑士与陈副、邓隆在元氏县会面，一同抵达真定县。耿纯一行住在传舍，刘扬称病，不肯来见，还说耿纯是真定王宗室的外甥，派遣使者交予耿纯一封书信，要耿纯前去相见。耿纯告诉来使：“奉使命来见诸侯王、列侯、州牧、郡太守，使者不可以先到王府去，如果要相见，请到传舍来。”当时，刘扬的弟弟临邑侯刘让，还有堂兄刘细，各自拥兵一万余人。刘扬自恃兵员甚多，而耿纯态度谦和、讲话平静，于是，刘扬带着官属前来传舍。刘扬的兄弟率领精兵锐卒，在门外守候。刘扬进入传舍，耿纯以客礼接待刘扬，又邀请刘扬的兄弟，进入传舍，全部进来后，耿纯命令关闭大门，将刘扬及其兄弟全部斩杀。而后，耿纯率领随从走出传舍。真定县震恐，没有人敢轻举妄动。光武帝哀怜刘扬，认为刘扬并未公开叛乱。此后，光武帝封了刘扬的儿子，恢复封国。

耿纯返回京师，自告奋勇：“臣本来是官宦子弟，幸逢汉室复兴，圣帝受命。臣备位列将，爵为通侯。天下逐渐安定，臣没有别的志向，只愿意担任一个郡太守，试着治理百姓，臣一定会竭尽忠诚，效命陛下。”光武帝笑了，说：“卿能治武，还能修文，卿愿意修文吗？”于是，拜耿纯为东郡太守。当时，东郡尚未平定，耿纯在东郡视事几个月，盗贼绝迹。

建武四年，光武帝诏令耿纯率领汉军，进攻更始帝的东平郡太守范荆，范荆投降。耿纯又进攻泰山郡、济南郡及平原郡贼寇，逐一平定。耿纯在东郡四年，发干县长有罪，耿纯奏报朝廷，将发干县长逮捕，上奏还未批复，发干县长自杀，耿纯因此而获罪，遭免职，以列侯身份在朝中享受奉朝请礼遇。此后，耿纯又跟随光武帝进攻董宪，途经东郡。东郡的百姓，无论老少，有数千人跟随在后面，向皇帝请求，挽留耿纯，“希望耿太守留在东郡”。光武帝对公卿们讲：“耿纯年少时就身穿甲胄担任军吏，没想到治理郡县也能做得这么好！”

建武六年，光武帝封耿纯为东光侯，耿纯辞职就国。光武帝说：“文帝当年对周勃讲：‘丞相是我倚重的大臣，请为朝臣做出表率，返回封国。’今天君也要这样做。”耿纯受诏离开京师，抵达邺县，皇帝赐予耿纯一万斛谷。回到封国，耿纯抚恤百姓，吊死问丧，受到民众敬爱。

建武八年，东郡、济阴郡贼寇蜂起，皇帝派遣大司空李通、横野大将军王常率领汉军镇压。考虑到耿纯在卫地享有威信，皇帝派遣使者拜耿纯为太中大夫，与大军一起，在东郡会齐。东郡人听说耿纯回来，有贼寇九千余人来到耿纯驻地向汉军投降，大军不战而胜。皇帝以玺书形式再次拜耿纯为东郡太守，当地官吏、百姓非常高兴。

建武十三年，耿纯在任上去世，谥号为成侯。嗣子耿阜继位。

耿植担任辅威将军，受封为威邑侯。耿宿官至代郡太守，受封为遂乡侯。耿��担任赤眉将军，受封为著武侯，后来跟随邓禹西征，战死在云阳县。族人受封为列侯者有四人，受赐爵关内侯者有三人，二千石官员有九人。

后来，皇帝改封耿阜为莒乡侯。明帝永平十四年，因为族人耿歙及楚王府官员颜忠在楚王谋反案的供词中牵出耿阜，耿阜被撤销封国。章帝建初二年，章帝追思耿纯的功劳，续封耿阜的儿子耿盱为高亭侯。耿盱去世，没有子嗣，章帝又续封耿盱的弟弟耿腾。耿腾去世，嗣子耿忠继位。耿忠去世，孙子耿绪继位。

赞辞如下：任、邳识几，严城解扉。委佗还旅，二守焉依。纯、植义发，奉兵佐威。