本篇主要讨论了人体的五脏六腑和奇恒之腑的分类及其区别，人体内的六个奇恒之腑，与五脏六腑有着不同的功能特点，所以称为“五脏别论”。

本篇的主要内容有：一、论述奇恒之腑和五脏六腑功能和特点的区别；二、说明诊脉独取寸口脉象的原理;三、介绍医生诊病时的注意事项，以及“不迷信鬼神”和“不讳疾忌医”两种科学思想。