刘秀乘胜追击，攻下颍阳县。此时，刘秀的哥哥刘伯升已被更始帝杀害。刘秀根据义军内部形势分析，不得不强忍悲痛，加以权变，从父城县骑马返回宛城，向更始帝刘玄请罪。刘玄的司徒等官员迎接刘秀，向刘秀致哀。刘秀强忍住心中的痛苦，不敢在私下里与他们交谈，只是自我谴责，连称有罪，没有就昆阳大捷自夸其功，更不敢为哥哥刘伯升服丧，饮食谈笑间仍然与平时一样。更始帝感到惭愧，授刘秀为破虏大将军，封为武信侯。

更始元年九月庚戌日，关中三辅的豪杰共同起事，杀了王莽。将王莽的首级送往更始帝的驻跸地宛城。此后，更始帝北上，欲将国都建在洛阳，命刘秀兼任司隶校尉，先期抵达洛阳，整修宫殿、府库。之后，刘秀在将军幕府设置掾史，制作公文，传送至相关机构，开始考察朝廷官员，行使权力，一切按照西汉时的制度。当时，三辅的人民、官吏、士人打开函谷关，迎接更始帝入关，沿途看到义军将士头上戴着头巾，有人甚至穿着妇人衣服，外衣套着绣花背心，不禁失笑，也有人因此而害怕，纷纷躲避义军。及至百姓看到刘秀率领的官员衣冠整齐，莫不欢欣鼓舞。有些老官吏更是喜不自禁，流下激动的眼泪，说：“没想到今日又能看到汉官仪！”此后，有见识者多愿意归附刘秀。

及至更始帝来到洛阳，诏命刘秀以破虏将军代行大司马职事。更始元年十月，刘秀持符节，北上渡过黄河，抚慰河北各州郡。所到郡县接见当地二千石郡太守及县长、县吏、地方三老，直至下面乡间的佐吏，考察官员任职的情况，或升或贬，犹如西汉年间州牧行使权力。刘秀平反冤狱，释放关押的囚犯，废除王莽制定的严刑峻法，恢复汉朝时旧的官吏名称。官吏、百姓皆大欢喜，沿途民众争着用牛、酒犒劳刘秀一行。

刘秀来到邯郸，原赵缪王的儿子刘林向刘秀谏言：“赤眉军在黄河以东，将军可以挖开黄河，用河水淹没民军，转瞬间百万之众即可化为鱼鳖。”刘秀没有同意，前往真定县。刘林诈称有一卜者王郎是汉成帝的儿子刘子舆，当年十二月，刘林拥立王郎为天子，以邯郸为国都，并派遣使者招降河北各郡、诸侯国。

更始二年正月，刘秀看到王郎愈发强盛，随即北上，攻取蓟县。王郎发出檄文，以十万户侯封赏，捉拿刘秀。原广阳王的儿子刘接，在蓟县起兵响应王郎。一时间，蓟县城内陷入混乱，谣言四起，人人惊恐，都说邯郸使者已经来到，二千石以下官员都要走出府衙迎接。刘秀只好移驾南辕，早晚间不敢进入蓟县城，只能在道路两旁暂时歇宿，安排饮食。及至刘秀走到饶阳县，随行官属饥饿，刘秀自称是邯郸使者，进入政府传舍。传舍官吏正在吃饭，跟随刘秀的官属此时饥不择食，纷纷争抢。传舍官吏怀疑刘秀一行人是否真的是邯郸使者，于是擂响衙门前的大鼓，谎称邯郸将军到了。刘秀与随从大惊失色。刘秀急忙上车，欲离开此地，但很快就镇定下来，认为与其就此走脱，不如冷静应对，于是刘秀下车，从容坐下，说：“请邯郸将军前来相见。”过了很久，不见人来，刘秀这才驾车离去。传舍中的官吏指着守门人，远远高喊：“关闭大门。”守门人都说：“天下究竟落入谁的手中尚未可知，为何要阻拦长者通关？”刘秀一行人从南门脱身。众人一路上风餐露宿，顶风冒雪，日夜兼行。当时天寒地冻，刘秀一行人脸上冻得裂开口子，及至走到滹沱河边，没有渡船，无法过河。此时，河面正在结冰，众人勉强渡过河去。最后几辆车没有渡过，陷入河里。众人走到下博城西，惶惑间迷失方向，不知该向何处去，恰好有一位白衣老人站在路旁，老人为一行人指路，说：“赶快走吧！信都郡正在为长安坚守不降，那里距离此地有八十里。”刘秀一行人快马加鞭，疾驰赶赴信都。信都郡太守任光打开城门，出城迎接，刘秀又征调邻县战士，得到四千人。刘秀向堂阳县、贳县发起进攻，两县投降。和成郡卒正（注：王莽将巨鹿郡改为和成郡，太守改为卒正）邳彤率全郡归降刘秀。昌城县人刘植、宋子县人耿纯率领族中子弟占领县邑，迎接刘秀。刘秀北上，收复曲阳县，各县军队汇聚在一起，愿意归附刘秀的有数万人。

此后，刘秀北上攻打中山郡，攻取卢奴县。刘秀一路上组织快速部队，又向边郡移送公文，要求边郡出兵，一起攻打邯郸，各郡县纷纷响应。刘秀攻打新市邑、真定县、元氏县、防子县，先后攻下这些县邑，乘势攻入赵国地界。

在当时，王郎的大将李育驻扎在柏人县，汉军不知敌情，轻率冒进。前部偏将朱浮、邓禹遭到伏击，汉军辎重被李育夺去。刘秀在军后获知消息，收拢朱浮、邓禹被打散的士卒，与李育在柏人县城外再战，大败李育军，夺回辎重。李育退守柏人县城，汉军没有攻下。刘秀引兵攻打广阿县。恰逢上谷郡太守耿况、渔阳郡太守彭宠派遣部将吴汉、寇恂等，率领骑兵前来助阵攻打王郎。更始帝也派了尚书仆射谢躬协助讨伐王郎。刘秀设宴招待来将。随后汉军东指，围困巨鹿城。王郎守将王饶坚守巨鹿，汉军强攻一个月，没有攻下。王郎派遣将军倪宏、刘奉率领数万人来救巨鹿，刘秀在南峦县迎击王郎援军，斩杀数千人。当年四月，汉军围困邯郸，连战连胜，终于攻破邯郸城。五月甲辰日，在邯郸，汉军斩杀王郎，收缴了王郎的文书档案，从档案中发现汉军中有多人与王郎暗中勾结，诽谤刘秀的书信有数千封。刘秀不加检视，会同汉军将领将搜缴的书信全部焚烧。刘秀说：“让心中有鬼的人，放下心来。”

更始帝派遣侍御史持符节，立刘秀为萧王，诏令刘秀罢兵，前往行宫谒见更始帝。刘秀以河北尚未平定为由，拒绝回去，从此时起，刘秀开始心存异志。

当时，首都长安政局混乱，四方豪杰纷纷叛离。梁王刘永在睢阳县专权，擅自发号施令。公孙述在巴蜀称王，李宪自立为淮南王，秦丰自号为楚黎王，张步在琅琊郡起兵，董宪在东海郡起兵，延岑在汉中郡起兵，田戎在夷陵起兵，各方豪杰纷纷推举将帅，率领军队扩大地盘，蚕食郡县。还有占山为王的强盗，诸如铜马、大肜（róng）、高湖、重连、铁胫、大抢、尤来、上江、青犊、五校、檀乡、五幡、五楼、富平、获索等民军，各自率领数万人马，合计有数百万人，在各州郡烧杀抢掠，胡作非为。

刘秀决心铲除这些地方军阀，他派遣吴汉北上，征调十个郡的汉军，讨伐叛军。幽州牧苗曾拒绝服从命令，吴汉斩杀苗曾，征调苗曾率领的军队。当年秋天，刘秀在鄡（qiāo）县进攻铜马军，吴汉率领轻骑兵在清阳县与刘秀会合。贼寇向汉军发起挑战，刘秀紧闭营门，坚守不出。铜马军派出小股部队出来抢掠，刘秀迎头痛击，断绝了守军的粮道。连续围困一个月，贼寇军粮耗尽，趁着夜色遁逃。汉军追至馆陶县，大败铜马军。投降的铜马军还未处理完毕，高湖、重连军从东南方向杀来，与铜马余部会合。刘秀率领汉军，与贼寇在蒲阳大战，将敌方援军全部打败，迫使其投降。而后，刘秀封这些民军首领为列侯。投降的民军首领仍然惴惴不安，刘秀看出他们仍心存疑虑，敕令各人返回军营，继续领兵。刘秀亲自带领几名轻骑兵，到投降的民军营前巡视。投降的民军窃窃私语道：“萧王能够推心置腹，以诚相待，我们怎么能不舍生忘死，为其效力！”从此，投降的民军心悦诚服，愿意将军队交予刘秀指挥。刘秀的部众扩充至数十万，函谷关以西的百姓称刘秀为“铜马帝”。赤眉军的另一支民军首领与大肜、青犊军十余万，驻扎在射犬县。刘秀率领汉军进攻，大败赤眉军，赤眉军崩溃，部众纷纷逃散。刘秀派吴汉、岑彭率领汉军，袭击邺城，杀了谢躬。

青犊军、赤眉军攻入函谷关，准备攻入长安。刘秀派遣邓禹及六位裨将，率领汉军西进，利用更始帝受困于赤眉军之机，发展势力。在当时，更始帝派大司马朱鲔（wěi）、舞阴王李轶等人驻扎洛阳。刘秀派冯异驻守孟津，以警戒洛阳驻军。

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