正月壬午日，更始帝的复汉将军邓晔、辅汉将军于匡投降，光武帝恢复他们的爵位。

正月壬子日，重新修建高庙（汉高祖祭庙），在洛阳建造社稷坛，在洛阳城南郊建立郊祀祭坛。东汉以火德为正，崇尚赤色。

这个月，赤眉军放火焚烧西京长安的皇宫、殿、室，发掘帝王陵寝，在关中烧杀抢掠。大司徒邓禹率领汉军进入长安。光武帝派遣司徒府掾史护送西汉十一位皇帝神主牌位，送入洛阳建立的高庙。

真定王刘杨、临邑侯刘让谋反，光武帝派遣前将军耿纯诛杀反贼。

建武二年二月己酉日，光武帝巡幸修武县。

大司空王梁被免职。二月壬子日，拜太中大夫宋弘为大司空。

光武帝派遣骠骑大将军景丹率领征虏将军祭遵等两位将军，攻打弘农郡民军，大败民军。又派遣祭遵围困蛮中县民军首领张满。

渔阳郡太守彭宠造反，攻打驻扎在蓟县的幽州牧朱浮。

延岑在汉中自称“武安王”。

二月辛卯日，光武帝从修武县返回洛阳。

建武二年三月乙未日，大赦天下。皇帝下诏：“狱中还有许多蒙受冤屈的犯人，狱吏用刑，过于残酷，朕甚为同情。孔子说‘刑罚使用不当，民众会手足无措’，诏令中二千石官员、大夫、博士、议郎讨论，减轻刑罚。”

光武帝派遣执金吾贾复率领两位将军攻打更始帝封的郾王尹遵，大败更始军，更始军投降。

骁骑将军刘植攻打盘踞在密县的民军，战死在沙场。

光武帝派遣虎牙大将军盖延率领四位将军，讨伐刘永。当年夏天四月，汉军包围刘永盘踞的睢阳县。更始帝的将军苏茂杀了淮阳郡太守潘蹇，归附刘永。

甲午日，光武帝封叔父刘良为广阳王，封哥哥刘伯升的儿子刘章为太原王，封刘章的弟弟刘兴为鲁王，封舂陵侯嫡子刘祉为城阳王。

建武二年五月庚辰日，光武帝封更始元氏王刘歙为泗水王，封原真定王刘杨的儿子刘得为真定王，封周王室后裔姬常为周承休公。

五月癸未日，光武帝下诏：“百姓中有卖妻鬻子者，若被卖者愿意返回父母身边，听任其便。有胆敢拘禁者，按照法律治罪。”

建武二年六月戊戌日，光武帝立贵人郭氏为皇后，立儿子刘彊为皇太子，大赦天下。增加侍郎、谒者、随从官员的俸禄，每人增加一级。六月丙午日，封宗室子弟刘终为淄川王。

建武二年秋天八月，光武帝亲自率领汉军讨伐五校军。八月丙辰日，汉军进抵内黄县，在羛（yì）阳大败五校军，五校军投降。

光武帝派遣游击将军邓隆救援朱浮，汉军与彭宠在潞县大战，邓隆战败。

盖延攻取睢阳县，刘永逃往谯县。

破虏将军邓奉在淯阳县造反。

九月壬戌日，光武帝从内黄县返回洛阳。

骠骑大将军景丹去世。

延岑在杜陵县大败赤眉军。

这一年，关中发生饥荒，民众中出现人相食的现象。

建武二年冬天十一月，光武帝任命廷尉岑彭为征南大将军，率领八位将军前往堵乡讨伐邓奉。

铜马军、青犊军、尤来军余部在上郡拥立孙登为天子。孙登的部将乐玄杀害孙登，率领部众五万余人投降汉军。光武帝派遣偏将军冯异代替邓禹讨伐赤眉军。派太中大夫伏隆持符节，安抚青州、徐州百姓，招降张步，张步投降。

建武二年十二月戊午日，光武帝下诏：“此前，刘氏宗室受封的列侯被王莽废黜，祖先神灵无所依归，朕甚为同情。从即日起，恢复受封列侯的封国。如果受封的列侯已经去世，将后嗣子孙的名单报给尚书，选择吉日续封爵位。”

这一年，盖延等人在沛县西边大败刘永。起初，王莽末年发生旱灾、蝗灾，当时一斤黄金只能换回一斛粟米。此时，野外生长的谷子未经播种却长得十分茂盛，麻和秫米尤其茂盛，野生蚕已经结茧，布满了山岗丘陵，人们可以自由收获，从中取利。

建武三年春天正月甲子日，光武帝任命偏将军冯异为征西大将军，任命杜茂为骠骑大将军。大司徒邓禹和冯异在回溪与赤眉军大战，邓禹、冯异战事不利。

征虏将军祭遵攻破蛮中县，斩杀张满。正月辛巳日，光武帝建立皇考（父亲）南顿君以上四位先辈的神庙。正月壬午日，大赦天下。

闰正月乙巳日，大司徒邓禹被免职。

冯异与赤眉军在崤底大战，大败赤眉军，赤眉军余众溃散，向南逃往宜阳县。光武帝率领汉军亲征。己亥日，汉军进抵宜阳县。甲辰日，光武帝指挥六军，布下战阵，战场上战马嘶鸣，大司马吴汉率领精锐，担任前锋，中军紧随其后，骁骑、武卫分列左右。赤眉军看到汉军的威武阵势，人人惊恐，派使者前来请求投降。丙午日，赤眉军首领与部将背缚双手，带着高皇帝的传国玉玺，前来投降。光武帝下诏，把赤眉军投降事宜及赤眉军部将交予城门校尉处理。戊申日，光武帝从宜阳县返回洛阳。己酉日，下诏：“群盗肆虐，荼毒生灵，刘盆子窃取尊号，惑乱天下。朕奋力讨伐，叛军已经土崩瓦解，十余万众束手投降，先帝玉玺已收归朝廷。全赖祖宗神灵，士人用命，朕才享有如此辉煌战果！选择吉日祭祀高庙，赐天下继承父业的长子爵位，每人加封一级。”

二月己未日，光武帝来到高庙，祭拜高祖，接受传国玉玺。

刘永立董宪为海西王，立张步为齐王。张步杀了光禄大夫伏隆，造反。

光武帝巡幸怀县，派遣吴汉率领两位将军，在轵县西边进攻青犊军，大败青犊军，青犊军投降。

三月壬寅日，光武帝拜大司徒府司直伏湛为大司徒。

彭宠攻陷蓟城，自立为燕王。光武帝亲自率领汉军讨伐邓奉，汉军进抵堵阳县。当年夏天四月，汉军在小长安大败邓奉，斩杀邓奉。冯异在上林与延岑大战，大败延岑。吴汉率领七位将军在广乐县与刘永部将苏茂大战，大败苏茂。虎牙大将军盖延在睢阳县围困刘永。

五月己酉日，光武帝车驾返回洛阳宫中。五月乙卯日晦，天上出现日食。

六月壬戌日，大赦天下。耿弇与延岑在穰县大战，大败延岑。

当年秋天七月，征南大将军岑彭率领三位将军讨伐秦丰，在黎丘与秦丰大战，大败秦丰，擒获其部将蔡宏。七月庚辰日，光武帝下诏：“官吏俸禄不满六百石，包括墨绶县长、国相，有罪须判刑者，要先奏请朝廷。男子八十岁以上十岁以下及妇人受到牵连者，只要不是大逆罪、皇帝诏令追捕的钦犯，一律不得关押。能当场定案的，当场定案。女子犯罪，可以出钱雇人进山伐木抵免罪罚。”盖延攻取睢阳县，擒获刘永。苏茂、周建拥立刘永的儿子刘纡为梁王。

建武三年冬天十月壬申日，皇帝巡幸舂陵乡，祭祀祖宗陵园、神庙，在旧宅摆设酒宴，宴请家乡父老、故旧。

十一月乙未日，光武帝从舂陵乡返回洛阳。涿郡太守张丰造反。

这一年，李宪自称“天子”。西州大将军隗嚣接受光武帝诏命，统领凉州、朔方政事。建义大将军朱祐率领祭遵，在东阳与延岑大战，斩杀延岑部将张成。

建武四年春天正月甲申日，大赦天下。

二月壬子日，光武帝巡幸怀县。壬申日，从怀县返回洛阳。

光武帝派遣右将军邓禹率领二位将军，在武当山与延岑大战，大败延岑。

当年夏天四月丁巳日，光武帝巡幸邺县。四月己巳日，巡幸临平县。

光武帝派遣大司马吴汉，在箕山进攻五校民军，大败民军。

建武四年五月，光武帝巡幸元氏县。五月辛巳日，光武帝巡幸卢奴县。派遣征虏将军祭遵率领四位将军，在涿郡讨伐张丰，斩杀张丰。

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