起初，巴蜀平定以后，大司马吴汉上书，奏请分封皇子，光武帝没有答应。吴汉连续几年上奏，建武十五年三月，皇帝诏令群臣廷议。大司空窦融、固始侯李通、胶东侯贾复、高密侯邓禹、太常登等人廷议后，均认为：“上古时，帝王封建诸侯，作为京师藩臣，维护帝室。周室封立八百诸侯，同姓（姬氏）诸侯建立封国，辅佐王室，尊奉天子，享受封国的时间很久，为后世所效法。因此，《诗经》说：‘大启尔宇，为周室辅。’高祖圣德，拥有天下，同样维护宗室利益，甚至封兄弟的儿子为诸侯王（吴王刘濞），没有违背旧的封立制度。陛下德行贯通天地，复兴汉室，继承大统，褒赏德能，奖励勋臣，和睦九族，功臣、宗室皆蒙受皇恩，受封为列侯，享受封土，多达数县。而今皇子仰仗天恩，均已长大成人，已经冠带，行成人礼，出入奉礼趋拜。陛下谦恭，克己谦让，还未议定皇子受封事宜。群臣百姓，为此莫不失望。正当盛夏吉时，应该及早确定名位，以广大籓臣，辅佐皇室。这是爱护亲人，尊奉宗庙，重视社稷，符合古制，合于旧俗，满足上下群臣愿望。臣奏请：由大司空准备封国地图，太常选择吉日良辰，按照礼仪，颁布施行。”皇帝制诏书：“准奏。”

当年夏天四月戊申日，首先用太牢礼，向祖宗神庙告祭。丁巳日，皇帝派大司空窦融祭告神庙，封皇子刘辅为右翊公，刘英为楚公，刘阳为东海公，刘康为济南公，刘苍为东平公，刘延为淮阳公，刘荆为山阳公，刘衡为临淮公，刘焉为左翊公，刘京为琅琊公。癸丑日，为哥哥刘伯升追谥封号为齐武公，哥哥刘仲为鲁哀公。

六月庚午日，重新设置屯骑、长水、射声三校尉。改青巾左校尉名称为越骑校尉。

皇帝下诏，令各州郡核查垦田亩数及户口人数、年龄，同时核查二千石官吏是否有徇私枉法的。

当年冬天十一月甲戌日，大司徒欧阳歙因罪被捕入狱，死在狱中。

十二月庚午日，拜关内侯戴涉为大司徒。

卢芳从匈奴潜入高柳县，定居。

这一年，骠骑大将军杜茂遭免职。虎牙大将军盖延去世。

建武十六年春天二月，交阯郡有女子徵侧造反，骚扰当地县邑。

三月辛丑日晦，天上出现日食。

当年秋天九月，河南郡大尹张伋及郡太守十余人，因为丈量土地田亩不实，被捕入狱，死在狱中。

郡、国的豪门大姓及军中官吏、盗寇起兵作乱，攻打所在县邑官府，杀害官吏。郡、县派出军队征剿，官军来到，叛军随即作鸟兽散，官军离去，又重新聚集在一起。青州、徐州、幽州、冀州情况尤为严重。当年冬天十月，皇帝派遣使者下到郡、国了解盗寇作乱的情况，自行揭发的，或五名盗贼共同斩杀一名盗贼，可以赦免其罪行。官吏此前有所回避、拖延、甚至放纵罪犯的，一律既往不咎。此后以征剿罪犯，考核政绩。各地州牧、郡太守、县令、县长，所辖地面有盗贼猖獗，不及时收捕的，以及怯懦、擅离职守的，既往不咎。以今后捕获盗贼数量，考核政绩。胆敢藏匿盗贼的，严惩不贷。此后，地方上捕捉盗贼更加卖力，贼寇很快销声匿迹。朝廷将捕获的贼寇首领，流放至其他郡，使其不能在原住地为非作歹，同时分给田地、粮食，令其安心谋生。从此以后，盗贼猖獗的郡县，可以放牧牛马，城门不再紧闭。

卢芳派遣使者向朝廷乞降，十二月甲辰日，封卢芳为代王。

此前，王莽末年天下大乱，货币制度崩溃，百姓用布、帛、金、粟，以物易物。从这一年开始，重新发行五铢钱。

建武十七年春天正月，赵公刘良去世。

二月乙未日晦，天上出现日食。

当年夏天四月乙卯日，光武帝南下巡狩，皇太子及右翊公刘辅、楚公刘英、东海公刘阳、济南公刘康、东平公刘苍，跟随皇帝巡狩，光武帝巡幸颍川郡，巡幸叶县、章陵县。

五月乙卯日，皇帝车驾返回洛阳宫中。

六月癸巳日，临淮公刘衡去世。

建武十七年七月，有妖巫李广等，在皖城聚众闹事，控制皖城，皇帝派遣虎贲中郎将马援、骠骑将军段志，前往镇压。九月，汉军攻陷皖城，斩杀李广等人。

当年冬天十月辛巳日，废黜皇后郭氏，贬为中山国太后。立贵人阴氏为皇后。立右翊公刘辅为中山王，改常山郡为中山国。其余九位公爵，晋升爵位，由公爵晋升为诸侯王。甲申日，光武帝巡幸章陵县。整修祖宗陵寝庙园，在旧宅祭祀祖宗，视察原有农田、庐舍，摆设酒宴，宴请当地父老，与民同乐，而后遍行赏赐。这时宗室有几位上一辈的妇人，趁着酒兴，相互间赞誉：“文叔小的时候就为人谨慎，谨守信用，与人结交从无奸猾行为，正直、谦和，今天才能享受南面为尊的圣业！”光武帝听了她们的赞誉，开怀大笑：“我治理天下，同样以谦和为念。”光武帝在章陵县为舂陵乡宗室建立刘氏宗祠。当时，有五只凤凰在颍川郡郏县飞翔。十二月，光武帝返回洛阳。

这一年，莎车国派遣使者前来朝贡。

建武十八年春天二月，蜀郡守将史歆反叛，光武帝派遣大司马吴汉率领两位将军前去讨伐，包围成都。

甲寅日，光武帝向西巡狩，巡幸长安。三月壬午日，拜谒、祭祀高庙，祭祀十一座帝陵。途经左冯翊，巡幸蒲坂县，祭祀后土神庙。当年夏天四月癸酉日，皇帝车驾返回洛阳。

甲戌日，光武帝下诏，说：“现在边郡的法律，盗窃谷物五十斛即可判为死罪，这种严刑峻法，开启了酷吏滥杀之门。撤销此法律，盗窃罪犯与内地郡县一视同仁。”

光武帝派遣伏波将军马援率领楼船将军段志等，进攻交阯郡贼寇徵侧等人。

甲申日，光武帝巡幸河内郡。戊子日，从河内郡返回洛阳。

当年五月，有旱情。

卢芳再次逃入匈奴。

当年秋天七月，吴汉攻破成都，斩杀史歆等人。壬戌日，光武帝下诏，赦免益州部所辖郡县死罪以下犯人。

当年冬天十月庚辰日，光武帝巡幸宜城。从宜城返回，途经章陵县，祭祀祖宗。

十二月乙丑日，光武帝车驾返回洛阳宫中。

这一年，撤销州牧官职，改设州部刺史。

建武十九年春天正月庚子日，光武帝追尊孝宣帝为中宗。在太庙祭祀昭帝、元帝，在长安祭祀成帝、哀帝、平帝，在章陵县祭祀舂陵节侯以下四代皇帝。

妖巫单臣、傅镇等人造反，盘踞在原武县，光武帝派遣太中大夫臧宫前往征剿。当年夏天四月，攻破原武县，斩杀单臣、傅镇等人。

伏波将军马援攻破交阯郡，斩杀徵侧等人。马援乘胜进攻九真郡打败贼寇都阳等人，都阳等人投降。

闰四月戊申日，光武帝将赵、齐、鲁三国公爵晋升为诸侯王。

六月戊申日，光武帝下诏：“按照《春秋》大义，立皇嗣子为太子。东海王刘阳，是皇后的儿子，继承大统。原皇太子刘彊，品行崇高，谦让有礼，自愿受封为藩臣。父子之情，难以违逆。立刘彊为东海王，立刘阳为皇太子，改名字为刘庄。”

当年秋天九月，光武帝南下巡狩。壬申日，巡幸南阳郡，巡幸汝南郡南顿县，在馆舍摆设酒宴，款待南顿县官吏、百姓，免除南顿县百姓一年的田赋。当地父老叩头道：“皇上的父亲在此地担任县令很久，陛下也熟悉这里的县衙官署，每次来都会对百姓施以厚恩，奏请陛下免除南顿县百姓十年的田赋。”光武帝答：“朕肩负天下重器，常担心不能胜任，日复一日，怎么敢想十年那么久？”父老又恳求：“陛下是舍不得吧，何必这么谦虚？”光武帝大笑，又增加一年。光武帝巡幸淮阳郡、梁国、沛郡。

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