朱鲔听说刘秀北上，河内郡空虚，派讨难将军苏茂、副将贾强率领三万人马，从巩县渡过黄河，进攻温县。朱鲔前来进犯的情报文书一到，寇恂随即整顿兵马，准备迎战。同时向属下县邑移送公文，命令他们即刻发兵，在温县会齐。军吏们谏言：“洛阳的军队正在渡河，首尾相接，应该等待各县的军队赶到，再出兵御敌。”寇恂答：“温县是河内郡的屏障，一旦温县失守，河内郡也难以保住。”寇恂命令军队赶赴温县前线。第二天清晨，双方接战，偏将军冯异率军赶到，各县邑的军队也相继赶来，一时间大军云集，旗幡蔽野。寇恂命令士卒们登城，战鼓擂响，喊杀声山摇地动：“刘公的军队已到！”苏茂军听闻消息，阵脚已经撼动，寇恂乘势冲击，大败洛阳军。寇恂穷追猛打至洛阳城下，斩杀贾强。苏茂军落荒而逃，跌入河中淹死的有数千人，寇恂生擒一万余人。渡过黄河，寇恂与冯异随即撤军。从此以后，洛阳震恐，城门白昼关闭。当时刘秀听到传闻说朱鲔已经攻破河内郡，过了不久，寇恂的公文送到，刘秀看了后，大喜过望：“我就知道，寇子翼可以独当一面！”众将领向刘秀道贺，请求刘秀上尊号，即皇帝位。

当时，军粮匮乏，寇恂用人力车和马车转输军粮，送粮队伍络绎不绝，尚书用升、斗向百官发放粮食。光武帝以策书形式慰劳寇恂，同学茂陵县人董崇劝说寇恂：“陛下刚刚即位，四方尚未安定。君侯此时占据大郡，对内赢得人心，对外打败苏茂，威震强敌，功名显赫，此正是谄谀之人侧目谮毁之时。在往昔，萧何为高祖镇守关中，听了鲍生的谏言，倾尽家产送族人支援高祖，高祖非常高兴。今天君侯率领的军队很多是家族子弟，前人的经验，可以借鉴。”寇恂同意董崇的看法，于是称病，不再视事。光武帝准备攻打洛阳，先来到河内郡，寇恂请求从军。光武帝说：“河内郡离不开你。”寇恂多次请求，光武帝不听。寇恂派哥哥的儿子寇张、姐姐的儿子谷崇率领轻骑兵担任汉军前锋，光武帝同意，任命他们为偏将军。

建武二年，因为拷打上书者，寇恂遭到免官。当时，颍川郡人严终、赵敦聚集上万人马，与密县人贾期合兵一处，在当地作乱。寇恂被免职数月，后又担任颍川郡太守，与破奸将军侯进剿灭贼寇，几个月后斩杀贾期，颍川郡恢复平静。光武帝封寇恂为雍奴侯，享受食邑一万户。

执金吾贾复在汝南郡，有部将在颍川郡杀人，寇恂将杀人者逮捕法办。当时国家正在草创时期，军中犯法大多可以得到宽宥，寇恂却将杀人者杀头示众。贾复认为寇恂在为难自己，深以为耻，不时叹息，返回时途经颍川郡，对左右人讲：“我与寇恂在朝中并列将帅，而今受到寇恂陷害，大丈夫岂有心怀怨恨，而不报复之理？今天我见到寇恂，一定要亲手斩了他！”寇恂知道贾复的态度，不想与贾复见面。谷崇劝道：“谷崇身为将军，可以带剑侍立在大人身边。如果有变故，足可以抵挡。”寇恂说：“不是这样。在往昔，蔺相如不畏惧秦王，却能在廉颇面前低声下气，为的是国家利益。区区赵国，尚且有这样的义士，我怎能忘记先贤的榜样？”于是敕令属下县邑准备一应器具及酒醪，待执金吾率军进入颍川郡地界，县邑为每人准备两人的酒饭，寇恂亲自在道旁迎接，而后称病返回。贾复整顿兵马欲追赶寇恂，但此时手下军士已经酩酊大醉。贾复离开颍川郡。寇恂派遣谷崇向朝廷奏报，光武帝召回寇恂。寇恂来到洛阳觐见皇帝，当时，贾复也在座，欲起身回避寇恂。光武帝讲：“天下还未平定，二虎岂能私自争斗？今日朕为二人化解。”君臣坐下，相谈甚欢，寇恂与贾复同乘一辆车离开宫廷。从此以后，二人成为朋友。

寇恂返回颍川郡。

建武三年，光武帝派遣使者拜寇恂为汝南郡太守，又派骠骑将军杜茂率领汉军帮助寇恂镇压当地盗贼。盗贼肃清，郡中恢复平静。寇恂平素喜欢学习，在汝南郡修建乡学，组织学生读书，聘请能够讲解《左氏春秋》的学者，寇恂亲自到学校听讲。

建武七年，寇恂代替朱浮担任执金吾。第二年，寇恂跟随光武帝进攻隗嚣。此时，颍川郡的盗贼又起来闹事，光武帝率军返回，对寇恂讲：“颍川郡靠近京师，要尽快平定贼寇。朕以为，只有将军能够担此重任。将军从九卿位置调出京师，为国分忧吧。”寇恂答：“颍川郡人剽悍、狡黠，为人轻薄。他们听说陛下不避艰险，为陇山、蜀郡的战事御驾亲征，愈发猖狂，乘机兴风作浪。如果知道陛下回銮南下，也一定会惊恐不安。臣奏请担任前锋。”即日起，皇帝御驾南征，寇恂跟随来到颍川郡，盗贼全部投降，但寇恂竟没有受拜为郡太守。百姓挡在道上恳求：“希望从陛下身边再借用寇君一年。”寇恂留在长社县，安抚当地官吏、百姓，接受盗贼余部投降。

最初，隗嚣部将安定郡人高峻拥兵上万，占据高平县第一城，光武帝派遣待诏马援招降高峻，此后河西通道打通，恢复通行。中郎将来歙按照诏命，拜高峻为通路将军，封为关内侯。此后，高峻隶属大司马吴汉，一起在冀州围困隗嚣。及至汉军撤退，高峻逃回故地，重新依附隗嚣，在陇山上抗拒汉军。及至隗嚣败亡，高峻占据高平县，担心被杀，据城坚守，不肯投降。建威大将军耿弇率领太中大夫窦士、武威郡太守梁统等，围困高平县，长达一年，未能攻破。

建武十年，光武帝西入函谷关，御驾亲征高峻，寇恂随行，向光武帝谏言：“长安在洛阳与高平之间，距离皇帝较近，也很方便，安定郡、陇西郡必然心怀恐惧，皇帝在长安从容指挥，即可以平定四方。现在，军中士卒、战马已经疲惫，陛下还要远履险途，这样做，不能保证陛下的安全，前年颍川郡的事情，可引以为教训。”光武帝没有采纳谏言。汉军前进至汧县，高峻仍然不肯投降，光武帝与将军们商议，欲派遣使者招降。皇帝对寇恂讲：“卿此前劝止我西征，这一次，卿为我亲自跑一趟。如果高峻仍然拒绝投降，就让耿弇等人率领五营汉军进攻。”寇恂奉皇帝玺书到达第一城。高峻派遣军师皇甫文出城谒见寇恂，皇甫文态度蛮横，言辞、礼节甚为倨傲。寇恂大怒，欲杀皇甫文。众将领劝谏：“高峻有精兵万人，掌握有强弓硬弩，在陇山道上阻遏通行数年，汉军强攻未能攻取。今天是为了劝说高峻，欲使其投降，现在反而要杀他的来使，这样做恐怕不妥？”寇恂不听，还是杀了皇甫文，让副使回去告诉高峻：“军师无礼，已经被杀。如果将军愿意投降，请及早采取行动；如果不肯投降，就请继续固守。”高峻恐惧，当天打开城门投降汉军。众将领向寇恂道贺，同时问：“敢问将军，为何杀了使者高峻反而投降，这是为什么？”寇恂答：“皇甫文是高峻的心腹，为其出谋划策。今天皇甫文来，出言不逊，这表明高峻还未下定投降的决心。留他一命，正好迎合高峻不肯投降的想法，杀了皇甫文，则会使高峻心胆俱碎，所以才肯投降。”众将领叹服：“我们想不到这些。”寇恂传令，将高峻押送至洛阳。

寇恂熟读经书，通晓大义，在朝廷享有极高的威望。寇恂得到的俸禄大多用来帮助朋友、故旧及跟随自己的官吏、士人。寇恂常说：“因为有士大夫的帮助，我才有了今天的成就，怎敢独享俸禄！”当时人认为寇恂是一位忠厚长者，有宰相器度。

建武十二年，寇恂去世，谥号为威侯。嗣子寇损继位。寇恂的同父异母兄弟及哥哥的儿子、姐姐的儿子，均以军功受封为列侯，共计有八人，都止于始封侯，没有传予后人。

最初，闵业与寇恂一起谋划举事，寇恂多次向皇帝举荐，极言闵业忠诚，闵业受赐爵关内侯，官至辽西郡太守。

建武十三年，光武帝封寇损的庶兄寇寿为洨侯，后来又改封寇损为扶柳侯。寇损去世，嗣子寇釐继位，改封为商乡侯。寇釐去世，嗣子寇袭继位。

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