此前，京师里的游学士人汝南郡人范滂等，攻讦朝政，朝中公卿以下官员，对范滂等士人以礼相待。为此，太学生争相效仿，认为文学事业将兴，白衣士人将会受到起用。对此现象，申屠蟠喟然长叹：“在往昔，战国之际，士人纵横天下，游说诸侯。列国君主为接待他们，甚至于手持扫帚扫地，充当先驱，以表示礼敬。秦兼并六国，拥有天下，随后有焚书坑儒之祸，讲的就是这些儒生。”之后，申屠蟠在梁国、砀县之间隐居，不再与士人交往，靠着一棵大树搭盖茅屋，与佣人一起操持生活。两年后，范滂等人遭遇党祸，被终身禁锢，受到牵连者，或死罪，或判刑，有数百人之多。由于远离朋党，申屠蟠免遭党锢之祸。再后来，申屠蟠的一位好友陈郡人冯雍，因为某事，被关押在监狱，豫州牧黄琬按照法律，要诛杀冯雍。有人劝申屠蟠营救，申屠蟠不肯，说：“如果黄子琰看重我，冯雍未必会被治罪。如果黄子琰不肯听我劝谏，即使去了，又有何益处！”黄琬听说此事，释放冯雍。

大将军何进多次征召申屠蟠，申屠蟠不肯应召。何进一定要申屠蟠应召，让申屠蟠同郡人黄忠写信劝说：“此前，大将军幕府招募贤士，像先生这样的高士，会受到特别敬重，礼遇优渥。大将军不呼名字，甚至亲自写信延请，设置特位，两年过去了，先生志存高远，始终不肯屈服，令人钦佩。臣窃以为，先生志存高远有余，对于时事，却未必练达。而今，颍川郡人荀爽即使有病，也在来京师的途中，北海郡人郑玄，北面接受大将军授命。难道他们都甘心受到羁绊？识时务者为俊杰，先生不应该只图个人安逸，不顾国家安危。在往昔，士人退隐林下幽处，遭遇时事变故，也会放声疾呼，而后再退身隐居，甘守清贫。如果士人不能得志，也会裸露身体，放浪形骸，披发狂歌。而今，先生身处平壤，悠游于繁华世人之间，每天诵读经书，高冠博带。其行为有别于古代隐者，却要远离朝堂，追逐隐居者的足迹，不亦难乎！既然孔子可以为师，又何必学习首阳山的伯夷、叔齐。”申屠蟠没有回信。

献帝中平五年，申屠蟠再次与荀爽、郑玄及颍川郡人韩融、陈纪等十四人，被征召为博士，申屠蟠仍然不肯应召。第二年，董卓废立皇帝，申屠蟠和荀爽、韩融、陈纪等人，被董卓征召，其他人到公车署报到，只有申屠蟠没有去。众人都劝说申屠蟠，申屠蟠笑而不答。没过多久，荀爽等人被董卓胁迫，离开洛阳，西行长安。京师洛阳，顿时陷入混乱。及至皇帝銮驾东归洛阳，朝中公卿大多遭受兵燹，忍饥受寒，亲人离散，家破人亡。韩融等仅以身免。只有申屠蟠在乱世中安然无恙，始终保持浩然正气。申屠蟠在家中去世，享年七十四岁。

赞辞如下：琛宝可怀，贞期难对。道苟违运，理用同废。与其遐栖，岂若蒙秽？凄凄硕人，陵阿穷退。韬伏明姿，甘是堙暧。