再后来，唐玹遭到诛杀，朝廷大赦天下，赵岐这才走出孙嵩家。朝廷三公府听说赵岐的下落，同时征召赵岐。延熹九年，赵岐应司徒胡广征召，恰逢南匈奴、乌桓、鲜卑反叛，朝廷公卿举荐赵岐，赵岐被擢拔为并州刺史。赵岐欲向朝廷上疏安边方略，还未来得及送上奏章，又碰上朋党之祸，赵岐被免职。之后，赵岐将奏章整理，写出《御寇论》。

灵帝初年，赵岐再次遭遇党锢之祸，前后达十余年。灵帝中平元年，乱兵骤起，四方扰攘，灵帝下诏选拔原州部刺史、郡府二千石官员，有文武才干，可以为当下所用者。朝廷征召赵岐，拜为议郎。车骑将军张温率领汉军西征，进入关中。张温奏请朝廷，将赵岐补为将军幕府长史，另外率领一支汉军，屯驻在安定县。大将军何进举荐赵岐为敦煌郡太守。行至襄武县，赵岐与新任命的其他郡太守数人，被贼寇边章等人擒获。贼寇欲胁迫赵岐担任将帅，赵岐虚辞敷衍边章，得以脱身，后辗转返回长安。

及至献帝西迁长安，再次拜赵岐为议郎，稍后升任太仆。及至李傕在朝中专权，献帝派太傅马日磾安抚天下，以赵岐为副手。马日磾行至洛阳，上表朝廷，另外派赵岐为国家宣示圣恩。赵岐所到郡县，百姓皆欢欣鼓舞，说：“今日又看到朝廷来的使者车骑。”

当时，袁绍、曹操与公孙瓒争夺冀州，袁绍和曹操听说赵岐来到，亲自率领军队，前进数百里，奉迎朝廷使者。赵岐向他们宣示天子圣恩，劝谕他们罢兵，安顿地方。赵岐又修书予公孙瓒，为公孙瓒分析利害。袁绍等引兵离去，大家与赵岐约定在洛阳相会，共同奉迎皇帝车驾返回洛阳。赵岐南下，走到陈留郡，患上重病，一路跋涉，前后两年时间。袁绍等人后来并未到洛阳来。

献帝兴平元年，献帝下诏征召赵岐。此时，献帝准备东归洛阳，先派遣卫将军董承前往洛阳，修理宫室。赵岐对董承讲：“如今，海内分崩离析，动荡不安，唯有荆州地面地域形胜，西可通巴蜀，南可通交阯，谷物连年丰收，军械人马众多。赵岐虽然身患重病，年迈体衰，仍然有报国之心。臣愿意亲自乘坐牛车，南下游说刘表，可令其率领士卒，前来护卫朝廷，与将军同心协力，共同辅佐汉室。此乃安上、救民之良策。”董承随后上表献帝，派遣赵岐出使荆州，督促地方缴纳田租赋税。赵岐抵达荆州，刘表随后派兵前来洛阳，帮助修建宫室，军饷、粮食源源不断地输送至洛阳。当时，孙嵩寄居在刘表处，刘表不能以礼相待，赵岐向刘表极力称赞孙嵩，说孙嵩品行高洁，为人敦厚，而后，赵岐与刘表共同上表，推荐孙嵩担任青州刺史。因为年老有病，赵岐留在荆州。

曹操担任司空，举荐赵岐代替自己。光禄勋桓典、少府孔融也上表，推荐赵岐，献帝拜赵岐为太常。当时，赵岐已经九十余岁，献帝建安六年，赵岐去世。去世前，赵岐为自己选好墓地，画出季札、子产、晏婴、叔向四位先贤的图像，居于宾客位，又画了自己的图像，居于主人位，各配上颂辞。赵岐留下遗嘱：“我死之后，墓中铺上沙土，作为床铺，而后盖上珠帘，蒙上白布，把我的尸骸解散头发，放置在上面，覆以单被。当天下葬，安葬完毕，覆土掩埋。”赵岐生前著述甚多，有《孟子章句》《三辅决录》流传于后世。

赞辞如下：吴翁温爱，义干刚烈。延、史字人，风和恩结。梁使显刑，诬党潜绝。子干兼姿，逢掖临师。邠卿出疆，专命朝威。