自从黄巾军失败，又有黑山军、黄龙军、白波军、左校军、郭大贤军、于氐根军、青牛角军、张白骑军、刘石军、左髭丈八军、平汉军、大计军、司隶军、掾哉军、雷公军、浮云军、飞燕军、白雀军、杨凤军、于毒军、五鹿军、李大目军、白绕军、畦固军、苦唒军，先后起事造反，造反民众盘踞在山谷间，人数不可胜数。声势大者，号称“雷公”；骑白马者，号称“张白骑”；轻捷者，号称“飞燕”；多髭者，号称“于氐根”；大眼者，号称“大目”。各种各样的称号，都有其标识。大者聚集二三万人，小者聚集六七千人。

贼寇统帅常山郡人张燕，身轻如燕，动作敏捷，在军中被人称为“飞燕”。张燕能够赢得徒众拥戴，与中山国、常山郡、赵郡、上党郡、河内郡山谷中的贼寇勾结，聚集百万徒众，人称“黑山贼”。黄河以北诸郡县，均受到张燕的侵害，朝廷难以平定。张燕派遣使者到京师来，奏请朝廷，祈求投降。灵帝拜张燕为平难中郎将，让张燕负责在黄河以北各山谷中安抚百姓，每年向朝廷举荐孝廉、按时向朝廷上缴计簿。

张燕的势力，后来发展至河内郡，逼近京师，灵帝任命朱儁为河内郡太守，率领招募的家乡士兵，反击张燕。此后，各路余寇大多被袁绍平定，详情记载在《袁绍传》。灵帝拜朱儁为光禄大夫，改任屯骑校尉，不久，又担任城门校尉、河南郡大尹。

董卓在朝中掌握大权，认为朱儁是前朝宿将，表面上对朱儁依然信任，实际上心存忌惮。及至崤山以东义兵骤起，讨伐董卓，董卓顿时恐慌，多次在朝堂上召集公卿廷议，欲迁都长安，朱儁坚决反对。董卓虽然恼恨朱儁忤逆，然而考虑到朱儁享有盛名，仍然上表献帝，拜朱儁为太仆，作为自己的副手。使者前来拜授，朱儁辞让，不肯接受任命。朱儁讲：“国都西迁长安，一定会背离天下对朝廷的仰望。而且，崤山以东相继叛乱，臣看不出迁都长安，有何好处。”使者诘问朱儁：“陛下召君，拜授职务，君拒绝诏命。大臣不应过问迁都之事，而君妄加非议，君意欲何为？”朱儁说：“臣担任相国副手，这绝非臣能力所及；迁都大计，也并非朝廷当下要务。臣拒绝任命，是因为臣不堪担负此重任。至于说西迁长安，臣提出谏言，这是臣的本职所系。”使者说：“迁都之事，还未提上日程，即使有此事，也不能外泄，你从哪里听到的？”朱儁说：“相国董卓已经告诉臣，所以知道。”最终，使者不能迫使朱儁屈服，朱儁也未接受任命。

此后，董卓来到关中，留下朱儁镇守洛阳。朱儁与崤山以东诸将暗中串连，答应义军作为内应，又担心被董卓加害，遂弃官，逃往荆州。后来，董卓任命弘农郡人杨懿担任河南郡大尹，镇守洛阳。朱儁听说后，率军杀回洛阳，杨懿败走。朱儁看到洛阳已经残破不堪，财源枯竭，只好把军队驻扎在中牟，向各州郡发去公文，请求天下发兵，讨伐董卓。徐州刺史陶谦响应，派遣精兵三千人，其余州郡略有表示。陶谦上表朝廷，推荐朱儁担任车骑将军。董卓听说后，派部将李傕、郭汜等，率领数万人，屯驻在河南郡，防备朱儁。朱儁反击，被李傕、郭汜所败。朱儁自知寡不敌众，只好驻扎在函谷关下，不敢再图谋关中。

及至董卓被杀，李傕、郭汜谋反作乱，当时，朱儁驻扎在中牟。陶谦认为朱儁是名臣，此前屡立战功，可以托付大事，与众豪杰共同推举朱儁为太师，同时，向各州牧发去公文，联合起兵，讨伐反贼李傕等，奉迎天子归朝。陶谦向朱儁行文：“徐州刺史陶谦、前扬州刺史周干、琅琊国相阴德、东海国相刘馗、彭城国相汲廉、北海国相孔融、沛国相袁忠、泰山郡太守应劭、汝南郡太守徐璆、前九江郡太守服虔、博士郑玄等，臣等斗胆向代行车骑将军原河南郡大尹进言：国家遭逢董卓祸乱，又遭遇李傕、郭汜之乱。皇上年幼，屡遭劫持，朝廷忠良，凋敝离散。西京长安，音信杳无，不知朝廷吉凶。因此，在职官员，乡间缙绅，有识之士，莫不深感忧虑。均以为当今之世，非通晓义理，英雄豪杰，敢作敢为之士，不能阻止祸患蔓延！自从崤山以东起兵，已经有三年时间，州郡相互观望，无人愿竭尽全力为国家讨贼，而是相互间为私利而争斗。陶谦等人经过协商，决心为国家纾难。大家认为：‘将军身为国家重臣，文武兼备，应该站出来，为国讨贼。凡世上君子，莫不仰望将军，请及早做出决定。’我等相互激励，挑选精兵强将，挥师进军，挺进咸阳，军中多带军粮、物资，足以支撑半年。敢在此披露心腹，听命将军调遣。”恰好李傕采纳太尉周忠、尚书贾诩等人的建议，以献帝名义，征召朱儁入朝。军中士卒害怕进入函谷关，欲响应陶谦等。朱儁说：“即使君王召臣，臣也要整装待发，更何况天子！而且，李傕、郭汜不过是平庸之辈，樊稠更是无能之徒，并无深谋远虑，他们彼此间势力相当，一定会有变故发生。我可借双方争斗之际，大事可成。”遂拒绝陶谦的建议，接受李傕的征召，重新担任太仆。陶谦等人只好作罢。

献帝初平四年，朱儁代替周忠担任太尉，兼领尚书职事。第二年秋天，天上出现日食，朱儁被免职，又代行骠骑将军职事，持符节，镇守崤山以东。还未出发，李傕内讧，杀了樊稠，郭汜又渐起疑心，与李傕相互攻打，长安城乱成一团。朱儁只好留下，担任大司农。献帝诏令朱儁与太尉杨彪等十余人前往军营，劝解郭汜、李傕讲和。郭汜不肯，将朱儁等人强行扣押在军营。朱儁一向刚强，当天即发病，死在郭汜军中。

儿子朱晧，也是一位德才兼备的士人，后来，官至豫章郡太守。

评论如下：皇甫嵩、朱儁二人，均有上将之才，受命于国家危难之际。及至杀敌立功，凯旋，威名响彻天下。在当时，献帝年幼，势单力孤，蒙垢受辱，贼臣猖獗，正可谓叶公平定楚国危难之时，翟义奋起反抗王莽之日。梁衍献上忠言，崤山以东豪杰合纵，皇甫嵩、朱儁舍弃重整乾坤之宏图，犹如懵懂匹夫，以所谓信誉，面对虎狼，最终落入虎口，死于非命，为天下智士所笑。难道说，苍天也要看着汉室陷于颠覆之祸，令天下重新陷入动乱？为何智勇之士，最终都难以保全！前代史臣平原郡人华峤，其父亲光禄大夫华表，在谈到祖父魏国太尉华歆时，常说：“当时人讲，皇甫嵩不矜其功，不伐其能，汝豫之战，将战功归于朱儁；讨伐张角大捷，将功劳归于卢植。皇甫嵩把好处让与他人，从不与人争功。一般来讲，所谓功名，是世人看重的东西，对功名都能看得如此淡泊，视天下富贵如无物，也就不会有怨言。”像皇甫公这样，身处乱世，历经凶险，却能够保全家室，得以善终，其谨慎处世，不也难能可贵！孔子的学生颜回，从不自我夸耀，把这当作是为人之道，这样做人，也是做人的要义！

赞辞如下：黄妖冲发，嵩乃奋钺。孰是振旅，不居不伐。儁捷陈、颍，亦弭於越。言肃王命，并遘屯蹶。