《汉书》已有《匈奴传》，记载匈奴的历史很详细，但是没有分出南北匈奴，而今称“南匈奴”，是相对于北匈奴而言。南匈奴接受汉化已深，故举归顺者以冠名。《东观记》称《匈奴南单于列传》，范晔去掉“单于”二字。

南匈奴翕（xī）落尸逐鞮单于比，是呼韩邪单于的孙子，乌珠留若鞮单于的儿子。从呼韩邪单于以后，几个儿子按照顺序相继继位为单于。到了比的叔父孝单于舆，比担任右薁鞬日逐王，统率匈奴南部及乌桓。

建武初年，彭宠在渔阳郡反叛，匈奴与彭宠联合起来作乱，朝廷暂且承认卢芳的名号，卢芳遂占领五原郡。建武初年，朝廷忙于安定国内局势，无暇顾及外事。到了建武六年，光武帝诏令归德侯刘飒出使匈奴，匈奴也派来使者向朝廷贡献财物，朝廷又派中郎将韩统回访，赏赐匈奴金币，恢复与匈奴的友好关系。然而，单于却变得骄横起来，认为今天的匈奴好似当年冒顿单于时期，对使者言语傲慢，狂悖无礼，光武帝仍然以礼相待。最初，双方使者互有往来，但是，匈奴多次与卢芳袭扰边郡。建武九年，光武帝派遣大司马吴汉反击匈奴，经年累月，然而效果不大，匈奴变得日益骄横，入侵边郡的次数也日益增多。建武十三年，匈奴寇掠河东郡，州郡不能制止。朝廷只好将幽州、并州的边民迁至常山关、居庸关以东安置。随后，匈奴左部擅自迁入塞内居住。朝廷深感忧虑，遂在边郡增加数千兵力，设立亭候，修建烽火台。匈奴听说汉朝悬赏捉拿卢芳，贪图汉朝的巨额赏赐、钱财、缣帛，将卢芳送回，让卢芳向汉廷投降，希望从中得到汉廷的赏赐。卢芳认为自己是主动归降，与匈奴没有丝毫关系，单于也耻于解释最初的想法，因此，朝廷没有行赏，单于怀恨在心，更加频繁地入侵汉朝边郡。建武二十年，匈奴深入上党郡、右扶风、天水郡。建武二十一年冬天，匈奴寇掠上谷郡、中山国，烧杀抢掠，无恶不作，北部边郡，竟无宁日。

最初，单于的弟弟右谷蠡王伊屠知牙师，按照次序应该担任左贤王。匈奴的传统，左贤王是单于的继承人。单于欲将位置传予儿子，遂杀害知牙师。知牙师，是王昭君生的儿子。王昭君，字嫱，南郡秭归县人。在元帝朝，王昭君以良家女子被选入掖庭。当时，呼韩邪单于来长安朝觐皇帝，元帝敕令，将五名宫女送予呼韩邪单于。王昭君入宫数年，一直没有得到元帝御幸，悲思怨积，恳请掖庭令，愿意前往匈奴。呼韩邪临别时，元帝举行酒宴饯行，在酒宴上，元帝召五名女子与单于相见。昭君容貌美丽，光彩照人，在汉宫一出现，即顾盼生辉，夺人心魄，竦动左右。元帝看到后，大为惊讶，意欲留下王昭君，然而又不愿失信于单于，随后将昭君下嫁呼韩邪单于。后来，昭君为呼韩邪单于生下两个儿子。及至呼韩邪去世，前阏氏的儿子继位为单于，按照匈奴传统，新单于可以续娶前任阏氏，昭君上书，请求归汉，成帝敕令，让昭君遵从胡人的风俗，此后，昭君又嫁给复株累单于为阏氏。

比看到知牙师被杀，口出怨言：“以兄终弟及来讲，右谷蠡王应该继位；以父死子继来讲，我是前单于的长子，我应该继位。”遂心生怨恨，与单于相互猜忌，匈奴在王庭举行大会，比去的次数逐渐减少。单于心存疑忌，派两位骨都侯监视比率领的军队。建武二十二年，复株累单于舆去世，儿子左贤王乌达鞮侯继位为单于。乌达鞮侯去世，弟弟左贤王蒲奴继位为单于。比始终没有继位的机会，更加怨恨。此后匈奴连年遭受旱灾、蝗灾，草原上赤地千里，草木枯竭，人畜因为饥饿，疫病流行。疫病和饥饿夺去很多匈奴人的性命，人口、牲畜损失大半。单于担心汉朝会趁着匈奴衰弱之机袭击匈奴，于是派遣使者，前来渔阳郡叩关，请求与汉朝和亲。光武帝派遣中郎将李茂回访匈奴。比在私底下派汉人郭衡向使者送上匈奴地图，建武二十三年，比与西河郡太守联系，请求内附。两位监视比的骨都侯察觉比的意图，在五月龙城聚会祭天时，将此事告诉单于，说薁鞬日遂王一向图谋不轨，如不及早铲除，恐怕会祸乱匈奴。当时，比的弟弟渐将王在单于的大帐里，听到消息，遂骑上快马通知比。比顿时恐慌，遂集合统辖的南八部匈奴约四五万人，等待两位骨都侯返回即杀掉他们。骨都侯将要到达时，察觉比的阴谋，骑快马逃走，报告单于。单于立即派出一万骑兵，进攻日逐王比。当看到日逐王比已经有所准备，而且兵力雄厚，不敢再动武，只好撤退。

建武二十四年春天，八部首领共同拥立比为呼韩邪单于，因为日逐王比的祖父呼韩邪单于此前依附汉朝，匈奴才得以安定，所以，比仍然以呼韩邪为称号。之后，呼韩邪单于率领部众来到五原郡塞外，奏请朝廷，愿意充当藩臣，抗拒北匈奴。光武帝采纳五官中郎将耿国的建议，批准呼韩邪单于的请求。当年冬天，比自立为呼韩邪单于。

建武二十五年春天，呼韩邪单于派遣弟弟左贤王莫率领一万余人进攻北单于的弟弟薁鞬左贤王，生擒左贤王；又攻破北单于的大帐，俘虏北匈奴一万余人，缴获七千匹马、一万头牛羊。北单于震惊，后撤一千余里。最初，光武帝建造战车，用几头牛拉着，上面建有敌楼，布置在边塞，以此防御匈奴。当时的人见到后，都说：“图谶讲汉朝经历九世，将北狄驱逐于千里之外，指的就是这个吗？”此时，北匈奴后撤。北薁鞬骨都侯与右骨都侯率领三万余人，投奔南单于，南单于再次派使者到洛阳朝觐皇帝，愿意作为藩臣，同时向皇帝献上国宝，恳请皇帝派使者监护，还愿意送儿子到京师来侍奉皇帝，按照旧约，与汉朝和亲。

建武二十六年，光武帝派遣中郎将段郴、副校尉王郁出使南单于，为南单于建立王庭，在五原郡西部塞外，距离边塞八十里。单于派人迎接使者。使者说：“单于应该伏地拜受诏书。”单于环顾左右，而后伏在地上称臣。跪拜后，单于令翻译告诉使者：“单于刚即位，在左右大臣面前跪拜汉朝使者，面子上很难堪，愿使者在大臣们面前，不要再让单于跪拜。”骨都侯等人在旁边看着，皆流下眼泪。段郴等人返回后复命。光武帝下诏，听任南单于进入云中郡居住。南单于派使者上书，献上两头骆驼，十匹文绣骏马。当年夏天，南单于俘虏的北匈奴薁鞬左贤王，率领部众及南部五位骨都侯，大约三万余人叛逃，又回到草原上，距离北匈奴王庭三百余里，叛逃的匈奴人拥立薁鞬左贤王为单于。一个月后，匈奴间相互攻打，五位骨都侯战死，薁鞬左贤王自杀，骨都侯的儿子们各自拥兵自保。当年秋天，南单于派儿子到洛阳来侍奉皇帝，向皇帝奉上奏书。光武帝下诏，赐予南单于冠带、衣裳、黄金玺印、青紫色绶带（注：汉朝诸侯王的待遇），一辆羽盖安车，四匹身披锦绣的驾马，宝剑、弓箭，三枚黑色的符节，两匹驸马，黄金、锦绣、绢缯、布匹一万匹，绵絮一万斤，还有乐器、鼓车，棨戟、盔甲、兵器，盛饮食的器皿。又向南匈奴转输河东郡备战的粮食二万五千斛，牛羊三万六千头，以满足匈奴的需要。光武帝又诏令中郎将在将军幕府，设置安集掾史，率领缓刑犯人五十人，装备兵器、箭弩，在南单于王庭附近驻扎，参与审理案件，观察匈奴的动静。每年年终，单于派遣使者上奏，汇报工作，同时派一个儿子入朝侍奉皇帝。中郎将则派出一名从事，带领他们到京师，汉廷同时派遣谒者，护送前边的匈奴侍子返回单于王庭，在路上交接。侍子和使者在元旦这一天参加朝贺，祭拜汉朝陵寝祠庙，而后，汉廷送走单于使者，派一名谒者护送，皇帝赐予单于彩缯一千匹，彩锦四端，黄金十斤，还有宫中太官掌管的御食酱，以及橙、橘、龙眼、荔枝。赐予单于的母亲及单于的诸位阏氏、单于的儿子及左右贤王、左右谷蠡王、骨都侯中有功、有善举者，赏赐绢帛彩缯一万匹。这些赏赐，成为每年的常例。

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