话说樊龙开门潜逃后，正好遇到朱燮元的伏兵，伏兵一边朝他大喊“贼将休走”，一边从四面八方涌来将他团团围住，遇见这种情况，就算樊龙再勇猛过人，也无从逃脱了，于是他只好束手就擒。

朱燮元接着攻克重庆、泸州，奢崇明父子弃城逃跑，直奔遵义。

遵义已经被贵州兵收复，没想到水西土目安邦彦也揭竿造反，响应奢崇明。就在贵州兵围攻安邦彦的时候，遵义的守备正好空虚，只有推官冯凤雏留守。奢崇明父子突然来到遵义，冯凤雏无兵又无粮，如何守得住？遵义当即被奢崇明父子攻陷，冯凤雏也只好舍生取义。

奢崇明攻破遵义后，留下儿子奢寅，部下尤朝柄、杨维新、郑应显等人防守，自己则率众人返回永宁。

安邦彦是宣慰使安尧臣族人的儿子，安尧臣病死之后，儿子安位继承了爵位，因为年龄还小，就暂时由安尧臣的妻子奢社辉负责主事。奢社辉是奢崇明的妹妹，曾经与奢崇明之子奢寅因为争夺土地结下了矛盾，从此互不来往，只有安邦彦和奢崇明一直还有接触。

奢崇明作乱之后，安邦彦就挟持安位母子来投奔奢崇明，自称“罗甸大王”，还聚集各个部落的头目如安邦俊、安若山、陈其愚、陈万典等攻陷毕节，后来又兵分四路，西破安顺、沾益，东下瓮安、偏桥。安邦彦亲自率领水西部下渡过陆广河，直逼贵阳。

恰好贵阳城中也有一个朱燮元，他就是巡抚李橒。李橒本来已经卸职，听说敌寇入侵，便将抗敌的重任重新扛上肩头，与巡按御史史永安、提学佥事刘锡元严防死守。考虑到城大兵少，支持不了多久，刘锡元就督促城中的壮丁登城防守。安邦彦率军来攻城，城上箭石齐下，安邦彦无机可乘，于是就想了一个法子，那就是沿城筑下栅栏，断绝城中一切出入和粮饷，打算用持久战困死城内的人。

镇将张永芳听说省会被围，立即率两万人前来支援，但被安邦彦拦住了，没法前进，马一龙、白自强等人在和敌寇交战的过程中战败身亡。安邦彦攻城的速度愈来愈急，在城东山冈一带搭设厢楼袭击，李橒令士兵发射火箭，摧毁了敌寇的厢楼，大火烧了三天三夜没有停息。安邦彦不敢再登山，只好守住各个栅栏不敢松懈。不久，城中的很多人都开始生病，加上没有粮食，大家只好什么都吃。

他们先是吃糠，接着啃树皮和草根，还有废弃的皮革，后来吃死人的肉，最后连死人都只剩下骨头了，人们不得不杀了活人来吃，有些人甚至把自己的亲人杀了来吃。参政潘润民的一个女儿被吃了，知县周思稷甚至自杀殉民，幸好人心坚固，到了这种地步还是以城为重，人人视死如归。

比起朱燮元守成都的时候还要更坚忍。

明朝廷那时候一心关注辽边的战事，无暇兼顾贵阳这边，只有新上任的巡抚王三善在平越募兵。巡按史永安一再催促王三善发兵，王三善于是毅然面对着将士说道：“省城危急万分，不能再迟疑了。我们要是不前往救援，他日省城失守，我们也难逃一死。与其被处死，还不如去和敌人决一死战，或许还有机会生还。”将士们齐声赞成，王三善随即兵分三路前进。

道臣何天麟、杨世赏等人分成左右两路并进，王三善与向日升从中路直抵新安，距离贵阳只有几十里地。

王三善命刘超为前锋，自己为后劲，刘超率大军前进，敌军头目阿成操着长槊奋勇杀来。刘超先下马手刃了两人，接着重新上马迎战阿成。阿成挥舞着长槊，被刘超用刀格住了，阿成正要抽槊回刺，不防刘超背后忽然闪出一人来到阿成身旁，拦腰就是一刀，当场将阿成砍成两段。敌寇没了主帅，自然溃不成军，王三善也随后赶到，奋勇杀敌，追了一程后将龙里城收复。刘超后来禀报说，袭击阿成的是自己手下的亲兵张良俊。王三善大喜，将他记为首功，接着乘胜支援贵阳城。

安邦彦听说官兵的援军到了，不禁有些手足无措，踌躇了半晌后对众人说：“我亲自调兵和他决一胜负。”说完便自顾自地离开了，手下等了很久还是没有安邦彦的消息，正在惊讶的时候，官兵已经杀到了，声势浩大，如同山崩地裂一般，敌营纷纷瓦解。

安邦俊还想上前招架，只听见“噗”的一声，胸口已经中了明军一弹，当场毙命。众人逃命要紧，各自将手中的兵器扔下就开始四散逃跑，明军很快就取得了胜利。官兵直抵城下，五个骑兵高声喊道：“新巡抚到了！”城中的军民顿时欢呼雀跃，纷纷互相庆祝获得了新生。

贵阳被围困十多个月，城中本来有十多万人，现在只剩下了几百人却还在拼死抵抗，这全仗前巡抚李橒和史永安、刘锡元等人。过了几天，王三善的左右两路大军才抵达贵阳，又过了几天，楚、粤、蜀各地的援兵也都到了，贵阳已经安全，李橒这才卸任离去。

朱燮元已经升任四川总督，兼兵部侍郎，决定再次大举讨伐逆贼，他对将士们说：“官兵和永宁的敌寇相持已久，之所以不能得胜，无非是因为敌寇合我们散，敌寇轻松我们却要四处奔波。现在，我打算撤去各地的防守，集中兵力围剿永宁，荡平他们的老巢！”秦良玉首先表示赞成，众将领也纷纷附议，朱燮元于是命副将秦衍祚等人前往攻击遵义，自己率大军进讨，直逼永宁城下。奢寅从遵义赶来支援，带着樊虎等人前来接战，结果被朱燮元带兵猛击，杀得身负重伤。老君营、凉伞铺全部被攻破。奢寅这次还身中两枪，只得仓皇逃走，樊虎则重伤身亡。

朱燮元攻破青岗坪之后进军永宁城，将士们一鼓作气生擒了敌人头目周邦泰等人，收降敌寇两万人，只是让奢崇明再次逃脱，跑到了蔺州城。当时罗乾象已经被朱燮元举荐提拔为参将，提出愿意率军穷追奢崇明，朱燮元答应了。罗乾象才刚出发，遵义被收复的捷音就传来了。

朱燮元于是再次从永宁出师，做罗乾象的后援，途中依次接到罗乾象的军报，说奢崇明已经山穷水尽，逃到了水西、龙场，并向安氏借兵，企图报复官兵。朱燮元于是长驱直入和罗乾象会师，接着向蔺州进发。

这时候探子来报说，安邦彦已经兵分两路来支援奢崇明，一路直奔遵义，一路去攻永宁，现在已经渡过赤水河，向狮子山来了。朱燮元随即命罗乾象去攻蔺州，自己往狮子山截击安邦彦。罗乾象来到蔺州，将火炮和火箭射向城中，一下子就把奢崇明的九凤楼给炸毁了。城中顿时一片混乱，罗乾象乘隙攻入，将贼寇扫得一干二净。

奢崇明父子这时已经转去了龙场，所以，在蔺州也没有抓到他们。

朱燮元赶到芝麻塘，遇上安邦彦的一路大军，一举击退后进兵龙场，奢崇明已经如惊弓之鸟，漏网之鱼了，未战先逃，连妻子和弟弟都来不及带走。官兵将奢崇明的妻子安氏、弟弟奢崇辉一并擒住，一一斩首。后来四处追觅奢崇明父子，才听说他们去了水西，朱燮元认为有王三善在，不想抢功，便下令停止追击。

那时王三善正带着六万大军进击水西，连战连胜，随即渡过渭河直达大方。安邦彦逃入织金，安位和母亲奢社辉逃到火灼堡，王三善写信给安位母子，让他们速速擒住安邦彦和奢崇明父子将功赎罪。安位母子惊慌失措，担心王三善未必肯兑现承诺，就特地派人赶赴镇远，到总督杨述中那里投降，杨述中当即就答应了，写信给王三善，令他撤兵。

王三善认为元凶还没有除掉，不如一边安抚一边围剿，可杨述中不同意，他一心主抚，两人争论不休，反而将军务搁置在一边。安邦彦得知后，每天招募士兵，暗中勾结四川乌撤土目安效良作为外援，还与陈其愚密商，让他诈降王三善。王三善见了陈其愚，一开始也有些怀疑，但陈其愚能言善辩，很快就取得了王三善的信任，于是王三善就让他做了自己的参谋。

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