元、明朝时期，是儒学发展的一个新时期。创立于两宋时期的程朱理学，在这个时期被定为官方哲学，也成为当时的主流意识形态。

明代中叶以后，儒学的发展又出现一个新的方向，那就是阳明心学的异军突起，从而把儒学推向了又一发展阶段。