司马芝任大理正十一年，多次对法律条文中不便使用的内容提出意见。他在公卿之间，坚持原则行事。碰上各亲王来京朝见，与京都人交往，司马芝因此获罪被免职。

后来他任大司农。在这以前，屯田官员各自安排指挥下属和屯田农民，纷纷从事商业和经济活动，获取利润。司马芝上奏说：“圣明君主治理天下，重视根本，抑制枝末，以农业为急务，视谷物为重要。《礼记》的《王制》说：‘没有三年的粮食储备，国家就不成其为国家。’《管子·区言》以积存谷物为急务。现今吴、蜀两个敌国尚未剿灭，军队没有休息；国家的首要大事，在于积存粮谷布帛。武皇帝特意设立屯田官员，专门从事农桑；建安年间，全国仓库充实，百姓富足。从黄初年间以来，听任各处的典农官员从事经济活动，各自为部下打算；实在不是国家大局所应当容许的。君主以天下为家，所以《论语·颜渊》上说：‘百姓不富足，君王又怎么能富足？’富足的由来，在于不错过天时而尽量利用地力。现在各屯田区经商所得，虽有加倍的明显利润；但是对于国家统一的大计，已有不可计算的损失，比不上多开垦一亩地所得到的收成。农民耕种田地，从正月里开始耕地播种，然后锄苗采桑，烧草种麦，收割打场，到了十月里才结束；又得修仓库架桥梁，运送租赋，清扫道路，整修住房：一年到头，无时不在为农事忙碌。现在各位屯田官员，各自说：‘留下的人代替出外经商的人耕田并缴纳租谷，是情势逼得不得不这样做。既然没有荒废农业，就说明确实一直就有余力。’愚臣认为不应该再让商业搞乱屯田区的秩序，屯田区应专门从事农桑，为国家更有利。”明帝听从了这个意见。

每当有上司召见司马芝的下属问话时，他常常先召集下属；帮助推断上司的意图，教给他们怎样答复解释的办法，事情的进行都像他估计的那样。

司马芝性情坦荡正直，不故意显示自己的品行端方。与宾客谈论时，凡有不满意的地方，就当面批评那人的短处，背后却不说别人的坏话。

司马芝死在官任上，家里没有多余的钱财。从魏朝到现在，做河南尹的人没有人能比得上司马芝。

司马芝死后，他的儿子司马岐继承了他的爵位。从河南丞转任廷尉正，升任陈留国相。关在梁郡狱中的囚犯，牵连面广，几年不能结案。皇帝下诏要求把这些案件转到司马岐下属的县里办理，县里请求预先制造监牢中用的囚禁用具。司马岐说：“现在囚犯有几十人之多，供词难以串通作假，加之已经被拷打够了；案情的真实情况容易发现，怎么能够再把他们长久关在监狱中呢！”囚犯到了之后，司马岐一一审问，没有人敢于隐瞒欺诈；一下子就判决结案，司马岐因此被提拔为廷尉。

这时大将军曹爽专权，尚书何晏、邓飏等人做他的辅佐党羽。南阳郡人圭泰曾因言论违反了他们的意旨，被廷尉拘捕审问。邓飏亲自参加审讯，将要判圭泰重刑。司马岐几次对邓飏说：“中枢机要大臣，是王室的辅佐；你们既不能辅助教化培养道德，与古人比美；却竟然发泄私忿，枉杀无辜。使百姓心中恐惧的，不是你们这种做法又是什么呢！”邓飏羞惭恼怒而离去。司马岐怕时间久了终究会被邓飏等人陷害，托病离职。

他在家里住了不到一年就死了，终年仅三十五岁。他的儿子司马肇继承了他的爵位。

评论说：徐奕、何夔、邢颙，高尚严厉，是当时的名流。毛玠素来清白公正，司马芝忠贞坦荡不偏不倚，都算得上是不欺软不怕硬的人。崔琰高尚的品格最为优秀，鲍勋秉持正义没有过错；但都不免于杀身之祸，可惜啊！《诗经·烝民》的诗句以“既能明白事理，又能适应形势”为贵，《尚书·尧典》推崇“刚直而又能够温和”；如果不是兼有各种优良品质的人才，又有谁能完全具备这些优点呢？