王允，字子师，太原郡祁县人。王氏家族世代有人在州郡担任官职，可谓冠盖云集。同郡人郭林宗，有一次看到王允，惊讶道：“王生人才俊逸，有王佐之才。”此后，郭林宗与王允成为至友。

十九岁时，王允在郡府担任官吏。当时，小黄门晋阳县人赵津贪赃枉法，横行无道，成为晋阳县的大患。太原郡太守刘质，派王允逮捕赵津，杀头抵罪。赵津的兄弟向宫中宦官控告，宦官在桓帝面前谮毁刘质，桓帝震怒，征召刘质，逮捕入狱，刘质死在狱中。王允将刘质的尸体运回平原郡安葬，服丧三年，而后回家。王允再次出仕，太原郡有一个叫路佛的人，年轻时品行不好，太原郡太守王球征召路佛，补为官吏。王允犯颜直谏，与太守争执，王球大怒，收捕王允，要杀王允。州部刺史邓盛听说后，通过驿站派人骑快马赶来，救下王允，将王允补为州部别驾从事。从此以后，王允知名，路佛被免去职务。

年轻时，王允即立下志向，坚守节操，有志于立功立德，常诵读经书，早晚间练习骑射。三公府征召，司徒府以考试成绩优秀，任命王允为侍御史。灵帝中平元年，黄巾军起兵造反，王允被选任为豫州刺史。荀爽、孔融等担任州部从事。王允上疏，奏请解除党锢。在镇压黄巾军时，王允与黄巾军副帅大战，大败黄巾军。王允与左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁等，招降黄巾军，数十万黄巾军投降。在缴获的黄巾军档案中，搜查出中常侍张让门客与黄巾军勾结的书信，王允将其罪状，奏报朝廷。灵帝异常愤怒，怒斥张让，张让叩头请罪，此事最终不了了之。从此以后，张让对王允怀恨在心，借故诬陷王允，第二年，王允被捕入狱。

朝廷大赦天下，王允出狱，再次担任刺史。十几天后，又因为某事被捕入狱。司徒杨赐认为王允品行高尚，不想让王允再次陷入牢狱之灾。杨赐派门客对王允讲：“君得罪了张让，一个月内两次被捕入狱，凶多吉少。做事情，还是要多加考虑。”有一位州部从事，喜欢意气用事，竟然流着眼泪送上毒药，让王允喝下。王允厉声喝道：“作为朝廷大臣，获罪于朝廷，我应该伏罪受死，以谢天下，岂有服毒自杀之理！”把装着毒药的杯子扔在地上，奋身而起，出门坐上槛车，被关押进廷尉署监狱。灵帝身边的侍臣，催促灵帝赶快判处王允死刑，朝中群臣莫不叹息。大将军何进、太尉袁隗、司徒杨赐共同上疏谏言：“君王对内，要有反省自身，重视不同意见的气度，这样，忠臣才肯竭尽忠诚。除此以外，君王还要有惜才之心，义士才肯砥砺节操。文帝当年采纳冯唐的谏言，晋悼公宽宥魏绛的罪行。王允被朝廷选拔，授以专命，诛杀逆臣，安抚百姓，不到一个月，州内恢复平静。正要评定官员的功劳，予以封赏，却因为处事不当，王允被判处死刑。罪责轻，处罚重，众人对此议论纷纷。臣等备位宰相，不敢保持缄默。臣等以为，王允应该交由三公府审问，再做出判决，以此昭显其忠贞之心。”奏书递上，王允以减死罪论处。当年冬天，大赦天下，王允不在赦免之列，三公再次为王允求情，一直到第二年，王允才被释放出狱。当时，宦官把持朝政，专横恣肆，有睚眦怨恨，就会置人于死地。王允担心被害，于是更换姓名，在河内郡、陈留郡之间辗转度日。

及至灵帝驾崩，王允前往京师奔丧。当时，大将军何进欲诛杀宦官，召王允来商量。之后，何进奏请太后，拜王允为将军幕府从事中郎，又担任河南郡大尹。献帝即位，拜王允为太仆，兼领尚书令。

献帝初平元年，王允代替杨彪担任司徒（丞相），仍然兼领尚书令职事。及至董卓胁迫献帝迁都长安，王允将兰台、石室的图书、秘籍、重要典籍、纬书，尽量整理，运往长安。到长安后，王允又分门别类，收集汉朝建国以来建立的典章制度，凡当下可用者，悉数奏闻献帝。这些经书典籍最终得以保全，王允厥功至伟。当时，董卓还留在洛阳，朝中政事无论大小，献帝皆委托于王允。王允屈意迎合董卓，矫饰其心志，每次决定政事，尽可能符合董卓的旨意。董卓也常推心置腹，与王允商讨政事，对王允没有丝毫怀疑。国家虽然陷于动荡，王允在夹缝中勉力维护汉室，献帝无论大小政事，宫内宫外，也都依仗王允。

王允看到董卓荼毒华夏，罪恶滔天，谋逆之心已经显露无遗，暗中与司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人密谋诛杀董卓。王允向献帝上表，推荐护羌校尉杨瓒，代行左将军职事，又拜执金吾士孙瑞为南阳郡太守，诏令二人率领汉军从武关出击，以讨伐袁术为名分路讨伐董卓，再护送天子东归洛阳。董卓心存疑忌，将二人留在长安。王允又推荐士孙瑞担任仆射，杨瓒担任尚书。

献帝初平二年，董卓来到长安，在朝堂上检录护送献帝入关的功臣，封王允为温侯，享受食邑五千户。王允坚辞，不肯接受。士孙瑞劝说王允：“保持谦和，谨守简约，也要看准时间。公与董太师同朝为臣，受到封赏，公固守节操辞让爵位，还如何韬光养晦与董太师周旋？”王允采纳士孙瑞的谏言，只接受二千户食邑。

献帝初平三年春天，阴雨连绵，一连下了六十余日，王允与士孙瑞、杨瓒登上高台祭天，祈求放晴，同时，在台上密谋。士孙瑞说：“从岁末以来，太阳昏暗无光，阴雨连绵，月亮侵犯执法星宿，彗星、孛星频繁出现，白昼阴沉，夜晚明亮，雾气交相侵袭，这些征候表明，所谋之事应该早日完成。从内部发难，容易成功，事不宜迟，公要早下决心。”王允同意士孙瑞的看法，于是，暗中收买董卓的部将吕布，作为内应。恰逢董卓入宫朝贺献帝病愈，吕布乘机杀了董卓，详情记载在《董卓传》。

最初，王允打算赦免董卓的部下，吕布也多次劝说王允。后来，王允又心存疑虑：“此辈无罪，只是跟随主子谋乱。如果定为谋逆罪，而后再予以赦免，恐怕他们会起叛心，这不是安绥的办法。”吕布谏言，将董卓搜刮的金钱财物，赏赐给朝中公卿、将校，王允没有答应。而且，王允从内心看不起吕布，只是以剑客看待。吕布同样自负，认为诛杀董卓有功，多次自我吹嘘，看到王允对自己的态度，颇感失望，心中渐有不平之意。

王允性情刚烈，嫉恶如仇。最初，王允畏惧董卓，不得不屈身侍奉，内心欲诛杀董卓。董卓被杀，王允认为从此以后，天下可保无事，不会再有大的磨难。因此，与朝臣、将军们交往时，不再有温润和蔼的面色，依仗重臣身份，又受到皇帝信任，不再考虑权宜之计，致使朝廷群臣不肯依附王允。

董卓手下将领及担任官职者，多为凉州人，王允打算将董卓的军队解散。有人对王允讲：“凉州人素来忌惮袁氏，畏惧崤山以东的军队。一旦解散，则会人人自危。可以任命皇甫义真为将军，令其率领董卓的部下，留在陕地，慢慢安抚。而后，与函谷关以东的军队协商，以观其变。”王允说：“不行，关东举义兵的，都是我的追随者。如果让这些凉州兵驻扎在陕地，据险而守，那么，凉州兵安稳了，关东的军队就会起疑心，此议不妥。”当时，百姓中有传言，说要将董卓的部下凉州人全部诛杀。凉州人惶恐不安，在关中者，皆拥兵自重。有人甚至说：“丁彦思、蔡伯喈只因为与董公的关系较近，结果受到株连，被杀。如今，王允还不肯放过我们，还要解除我们的兵权，今日解除兵权，明日就会成为砧板上的鱼肉。”董卓的部将李傕、郭汜等，此前率领军队驻扎在函谷关以东，此时也感觉到自身难保，共谋造反，率领军队攻打长安。长安城破，吕布落荒逃走，在逃走前，吕布勒马停在青琐门外，招呼王允：“公与我一起走吧？”王允答：“如果能得到社稷神灵护佑，安定国家，这是我的心愿。如果不能，我只有舍身赴死。陛下年龄尚幼，还需要我怙恃。面临危局，苟且偷生，我不能这样做。代我谢过关东诸公，让他们一定要以国家为念。”

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