后来，司空府征召孔融，孔融担任司空府掾史，又受拜为中军候，就职三日，升任虎贲中郎将。恰逢董卓废黜少帝，拥立刘协（汉献帝），每当回答董卓的提问，孔融常有匡正朝纲的言辞，因此又忤逆了董卓，转任议郎。当时，黄巾军寇掠多个州郡，北海国首当其冲，董卓暗示三公府举荐孔融为北海国相。

孔融到任，集合士人、百姓，讲军习武，传递公文，联络相邻州郡。黄巾军贼寇张饶等率领二十余万众从冀州返回，孔融迎头痛击，结果反被张饶打败。之后，孔融收拾残兵，退守朱虚县。稍后，孔融召集被黄巾军误导的官吏、百姓，有男女四万余人，重新建造城邑，建立学校，用儒术向百姓推行教化。孔融举荐贤良郑玄、彭璆、邴原等。北海国人甄子然、临孝存，在当地享有名气，已经去世，孔融遗憾没有结识二人，命令当地在社庙祭祀时，同时祭祀二人。其余者，凡做过一些善事，孔融都会以礼相待。北海国有些人没有后嗣，或四方游士，在战乱中死亡，孔融责令地方为他们准备棺木，收殓安葬。当时，黄巾军多次进出北海国，四处袭扰。孔融组织军队屯驻在都昌县，又被黄巾军围困。惶急中，孔融派遣东莱县人太史慈，向平原国相刘备求救。刘备惊讶地问：“孔北海知道还有刘备？”随即派出三千人，前来救援，黄巾军退走。

当时，袁绍、曹操的势力很强盛，孔融没有依附他们的想法。相府左丞（注：左丞应该为官名）名祖，有结交袁、曹的意图，也劝谏孔融，与他们联络。孔融深知袁绍、曹操有图谋汉室的邪念，不愿意与他们交往，听了相府左丞的谏言，勃然大怒，杀了祖。

孔融自负有才气，志在为汉室靖难。然而，孔融的抱负虽大，能力却有限，所谋之事，无一件成功。在北海国相任上六年，刘备上表，推荐孔融为青州刺史。献帝建安元年，袁谭猛攻青州，从春天至夏天，孔融身边的战士，只剩下数百人。箭矢如雨点般落下，剑戟戈矛相撞，孔融依然靠着几案，埋首读书，谈笑自若。当夜，袁谭攻破城池，孔融这才出逃，逃往东山，妻子儿女被袁谭擒获。

及至献帝迁都许昌，征召孔融，拜为将作大匠，转任少府。每次朝会或参与对策，孔融都会旁征博引，坚持正道直行。朝中其他公卿大夫，碌碌无为，只是附议挂名而已。

最初，太傅马日磾奉诏出使崤山以东，及至到达淮南，马日磾多次向袁术表示愿意归附袁术。袁术待马日磾却甚为轻薄、侮慢，甚至夺去马日磾持有的朝廷符节。马日磾不得不恳求离开，袁术又不肯放行，欲逼迫马日磾在军中担任军师。马日磾深感耻辱，懊悔不已，呕血死在袁术处。及至马日磾的棺柩送回许昌，朝臣在廷议时，讨论以厚礼为马日磾送葬。孔融进言：“马日磾以上公之尊，持符节，奉诏命出使地方，督查官员，安定东部州郡，却私下曲意逢迎奸臣，为奸臣所牵制，袁术送达朝廷的奏章，总是以马日磾为首署名。马日磾附下罔上，以奸诈服侍皇上。在往昔，齐国大夫出使晋军谋和，不屈不挠；楚国贤士宜僚，面对反臣威逼利诱，面不改色。马日磾身为朝廷大臣，岂能以受到威胁，作为托辞！而且，袁术僭越礼制，谋逆朝廷，非一朝一夕之事，马日磾却追随袁术，在袁术处盘桓一年。按照汉律，与有罪之人相处三日以上，即为知情人。《春秋》记载，鲁国大夫叔孙得臣去世，因为没有揭发襄仲谋杀太子的恶行，遭贬黜，书中不记载去世日期。郑国人讨伐幽公之乱，劈开子家的棺木。圣上哀怜旧臣，不忍心追究马日磾的责任，也不应再为马日磾增加礼仪。”朝廷采纳孔融的谏言。

当时，在廷议时，有许多大臣提出恢复肉刑。孔融提出谏言：“在古时，人们相互之间以敦厚为尚，善恶区别不大，吏治清明，刑罚较轻，施政中没有大的过失，百姓有罪受到惩治皆为咎由自取。随着世代进入末世，社会上道德沦丧，败坏风俗的事情，不胜枚举。朝廷施政，干预民俗，颁布刑法，惩治有罪之人。因此说：‘上失其道，民众不重视法律，时间很久了。’再要按照古时的刑法惩治罪犯，甚至伤残肢体，这不是与时俱进的举措。纣王斩断人的胫骨，天下人称纣王为无道之君。九州州牧管辖的地方，有一千八百个君主，如果每个君主对一个犯人实施刖邢，那么，天下就会有一千八百个纣王。要想民众风俗向化，岂不是很难？而且，受刑之人，不堪忍受痛苦，常有生不如死的感觉。这些人，大多趋向于继续作恶，不会再走向正途。春秋时，齐国太子少傅夙沙乱齐；宋国大夫伊戾诬陷太子，导致太子自杀；秦国宦官赵高，汉初叛王英布，都是当时的大恶之人，也都受过刑罚，刑罚并不能阻止他们作恶，也不能促使他们走向为善之路。犯过罪的人，即使有楚国大夫鬻拳的忠诚，有玉工卞和的诚信，有兵家孙膑的智慧，有楚国宫中侍臣巷伯的冤屈，有司马迁的卓越才华，有西汉学者刘向的学问，一旦经受刀锯之下的酷刑，蒙受奇耻大辱，将永世难忘。就像殷商帝王太甲，常会想起遭受流放时的痛苦。反观秦穆公原谅战败的将军，主动承担责任，最终成为霸主；南睢形销骨立，卫武公在宴会上反思错误。西汉将军陈汤在都赖河斩杀郅支单于，西汉将军魏尚为国戍边，像这样的例子，不胜枚举。汉室建国，允许罪犯改过自新，也是从人性角度出发。所以说，崇尚仁德之君，谋虑深远，裁短取长，不宜草率改变成法。”献帝赞赏孔融的见解，没有恢复肉刑。

在当时，荆州牧刘表不能谨奉职守，没有向朝廷供献财物，而且有许多僭越行为，譬如说郊祀天地，违逆朝廷诏命。献帝下诏，将刘表僭越之事，交由朝臣们廷议。孔融上疏：“臣听说，荆州牧刘表桀骜不驯，为人悖逆，所作所为，多有不轨。譬如说郊祀天地，拟议建立社稷。虽然刘表昏聩，僭越礼制，穷凶极恶，罪不容诛，然而对于朝廷，还是有所忌讳。这是为何？万乘之君，天子至尊，陛下身为圣躬，汉室仍享有神器，朝堂上台阶至高至远，官阶所限，犹如天宫，高不可攀，日月难以逾越。每当不佞之臣，图谋神器，就会暴露在光天化日之下，一定会遭到天下豪杰的声讨，这足以杜塞邪臣之妄想。邪臣即使有不臣的想法，也会隐而不发。这就是贾谊所说的‘投鼠忌器’。当年，齐桓公讨伐楚国，以楚国不向王室贡献包茅为借口。王师败绩，史书中不记录晋人战胜之威，这是为尊者讳，以表明王师无敌。此前，已经揭露袁术僭越皇权的罪恶，而今，再强调刘表僭越之事，是强调皇权不可侵犯，图谋不轨之臣，不可存丝毫妄想。据查，刘表飞扬跋扈，擅自斩杀列侯；违背皇帝诏命，拦截地方贡献朝廷的财物；勾结贼寇，佯称自卫，实为谋逆；与邪臣狼狈为奸，专谋不臣之邪念。刘表罪恶昭彰，法不容诛！其狼子野心，昭然若揭。臣愚以为，应该暂且放下刘表郊祀天地之事，以利于国防。”

献帝建安五年，南阳王刘冯、东海王刘祗去世，献帝悲悼他们过早去世，欲为他们在四季设祭，就此事咨询孔融。孔融答：“陛下圣恩隆厚，志在敦睦宗族，感时愈加思念，追悼二王亡灵，颁发哀愍之文，考察前朝典籍，欲修订礼制。臣观察前朝旧例，梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王去世，没有后嗣，同父异母兄弟，即景帝、武帝、昭帝、明帝四帝，没有听说过为他们修建祭庙祭祀。如果仅为临时祭祀所设，则不能列入传记。臣愚以为，诸侯王去世，年龄尚幼，慈父悲悼，以成人之礼对待，加以谥号，只宜作为皇上恩典，祭祀完毕，以后不再祭祀。至于一年期限，这不符合礼制祭祀亡灵的意思，违背先帝制定的法规，不宜安排。”

最初，曹操攻下邺城，袁绍的儿媳大多遭到霸占，曹操的儿子曹丕，私自纳娶袁熙的妻子甄氏。孔融就此事写信给曹操：“武王伐纣，把妲己赐予周公。”曹操看了信，大惑不解。再后来，曹操就此事询问孔融，出自何典。孔融答：“按照今天曹氏娶袁氏儿媳之事揣测，以此类推，也可以说，想当然罢了。”后来，曹操征伐乌桓，孔融又借机嘲讽曹操：“大军远征，海外寂寞无聊。在往昔，肃慎族不向王室贡献楛木箭矢，丁零族盗取苏武的牛羊，丞相可并案处理。”

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