当时，粮食连年歉收，百姓饥困，加上兵连祸结，曹操上表，欲颁布“禁酒令”。孔融多次写信，就禁酒之事，与曹操争辩，信中多有侮慢之辞。孔融已经看出，曹操实为当世奸雄，对曹操在朝中的为所欲为难以容忍，在言辞中，对曹操多有不敬，多次忤逆。有一次上奏，孔融谏言在许昌周围按照古制划出京畿之地，京畿千里之内，不宜再封建诸侯。曹操对孔融的谏言心存疑忌，对孔融本人，也开始心存忌惮。然而，孔融是圣人的后裔，名重天下，曹操对孔融，表面上仍持宽容大度，对孔融提出的谏言，则时刻保持警惕，担心孔融会阻挡自己谋取大业。山阳郡人郗虑，秉承曹操旨意，以纤细罪过，奏请罢免孔融。为此，二人结下怨恨。曹操故意写信给孔融，刺激孔融：“人们常说，在唐尧虞舜之际，有克己让位之臣。当时，麒麟、凤凰来仪，民间颂声四起。后世人虽然德行浇薄，仍然有杀身为君，破家为国之举。及至世道衰落，睚眦之怨必报，一餐之惠必酬，仍然有心念国家之士人。如晁错舍身为国，却被袁盎谗言，而遭到杀害；屈原悲悼怀王，却遭到子椒、子兰谮毁，招致流放；彭宠叛乱，起自朱浮恶语中伤；邓禹威望受损，失于宗歆、冯愔相互争斗。由此来看，喜怒爱怨，祸福所由，不可不慎重对待！在往昔，廉颇、蔺相如是小国之臣，尚能够克己奉公，相忍为国；寇恂、贾复是乱世英豪，还能够屈身事君，显示谦让之德；光武帝不记哥哥伯升被杀之仇；齐桓公赦免管仲射钩之恨（注：管仲射中桓公的衣钩）。胸怀大志，谋大事者，岂能够斤斤计较于纤细小过！在以往，听说二君有执法公平之美誉，即使有小过节，也应当重修旧好。怨毒越积越深，只能是相互伤害，令闻者惨怛在心，中夜而起，不能平静。此前，国都被迫东迁，文举浩叹鸿豫名实相副，经学贯通，拜师于郑玄，熟谙司马兵法，鸿豫亦称颂文举知识渊博，博闻洽记。今日，为何与当初之善举，背道而驰。孤与文举并非旧友，与鸿豫也无私恩，然而，孤真心希望成人之美，不愿意看到二人相互伤害。因此，孤以为，还是要多想想对方的好处。孤深知，二君之间发生摩擦，完全是小人在其中挑唆所致。孤作为人臣，进不能使海内接受教化，退不能建立仁德，和睦士人。然而，孤训练战士，杀身为国，惩治浮华不实之徒，还是有办法的。”

孔融回信：“承蒙惠书赐教，告诉臣考虑问题还有欠妥之处。孔融与鸿豫，二人家乡相距不远，可谓比邻，很早就已经认识。孔融曾赞赏鸿豫有嘉美之德，欲以宽厚之心相待。然而，臣以忠信为国，不敢求其掩饰臣的过失，臣即使有罪，也不愿连累鸿豫。此前，臣遭受贬黜，臣能够欣然接受。在往昔，赵宣子极力举荐韩厥，不久，宣子车夫由于犯罪，被韩厥诛杀，宣子并不因此而愤怒，反而更加厚遇韩厥。更何况，臣未曾有宣子的威望与功德，怎么敢对执法官员抱有怨恨之心！臣对于朝廷的忠诚，比不上三闾大夫屈原，臣向朝廷建言献策，比不上铮臣晁错，而臣已经窃据尊位，有尸位素餐之嫌。臣幸而得以免罪，殊感庆幸。然而，对于臣的议论，早已经远近皆知，为此，臣深感忧虑。朱浮、彭宠、寇恂、贾复，皆为当世之英豪，虽然彼此之间因好恶不同而结怨，却能够忠心为国，分担忧患。至于卑微之人，犹如昆虫之间相互厮杀，只能是自取灭亡，臣窃不敢做这种蠢事。想当年，晋国国君赞赏大臣，为大事而争执，师旷却以为，与其相互争执，不如在德义上相互竞争。臣性情舒缓，为人散漫，不敢与人无故争拗，即使蒙受胯下之辱，榆次之恨，臣也会反躬自省，不会以为这是在受到贬损。臣只能看作不当心被蚊虻叮咬一口。卫国贤士子产说，人心不同，犹如千人千面，有些人矜夸权势，以取胜为荣，不会以为宋国人接待四海宾客，大炉售酒，为的是不让醇酒变酸。至于宋国人屈穀，用大葫芦做比喻，虽大，虽硬，却并无内涵，只能作为无用之物。其他事情，谨奉指教，不敢稍有差池。郗虑是臣此前熟悉的官属，孔融加以举荐，犹如赵衰拔擢郄縠，卫国大夫公叔不轻视自己提拔的家臣僎。臣感同身受。臣已领会，丞相爱护臣与郗虑是相同的，对臣的教诲，皆发自内心。臣不会因为私怨，而置若罔闻，自绝于贤臣！更何况郗虑是臣的旧友。在此，臣袒露腹心，愿与郗虑重修旧好。丞相苦言相劝，臣终身诵之。”

过了一年多，献帝再拜孔融为太中大夫。孔融性情宽厚，很少有忌讳，喜欢结交士人，劝诱激励后进。及至孔融调任闲职，家中宾客，日渐盈门。孔融为此常感叹：“座上客常满，樽中酒不空，我还有何忧虑。”孔融与蔡邕的关系甚好，蔡邕去世，有一位虎贲勇士长得像蔡邕，孔融每次饮酒，当酒酣耳热时，即召此人同坐。孔融说：“虽无蔡伯喈之贤德，却有蔡伯喈之容貌。”在听到他人的善行时，如何有超过自己的地方，即使只有一言可采纳，孔融也一定会予以褒奖。孔融当面告知他人的短处，背后多称颂他人的长处。在推荐贤士时，孔融一定会尽量肯定他人的优点。孔融认为，知而不言，就是自己的过失。海内士人对孔融，皆心服口服。

曹操对孔融多有忌惮，积怨成恨，再加上郗虑给孔融罗织罪名，曹操遂指使丞相府祭酒路粹弹劾孔融：“少府孔融，此前在北海国相任上，看到汉室板荡，召集徒众，图谋不轨。孔融常自称：‘我是圣人后裔，祖上春秋时在宋国，被宋国大夫华督杀害，其后裔来到鲁国，诞生圣人孔子。享有天下者，为何一定是刘氏。’孔融曾经与孙权密谋，肆意诽谤朝廷。还有，孔融身为朝廷九卿，不遵守朝廷礼仪，微服私行，冒犯宫廷禁忌。孔融曾经与白衣士人祢衡私下交谈，言辞放肆，说什么：‘父亲生下儿子，有什么亲不亲？说实在的，不过就是父亲泄欲的结果罢了。至于母亲，不也同样如此？无非是把婴儿寄存在肚子里，到时候，不出来也不行啊。’孔融与祢衡相互吹捧，祢衡称孔融‘仲尼不死’，孔融称祢衡‘颜回复生’。真可谓大逆不道，应该处以极刑。”奏书递上，孔融被捕入狱，杀头示众，死时年仅五十六岁。妻子儿女随后遇害。

当时，女儿年仅七岁，儿子年仅九岁，因为年幼，暂时得以保全，寄居在他人家。有一天，二人下棋，孔融被捕，二人继续下棋，不为所动。身旁人讲：“父亲被抓，你们二人竟然无动于衷，怎么能这样？”二人答；“倾巢之下，安有完卵！”主人送来肉汁，儿子口渴，饮了一口。女儿说：“今日之祸，还能活吗？品尝肉汁，又能品出什么味道？”哥哥听了，大哭不止，遂不再饮。有人将此事告诉曹操，曹操遂下定决心，把这两个孩子一起处死。临刑前，女儿对哥哥讲；“如果死者有知，可以见到父母，也算了却心愿！”女儿伸出脖颈就刑，面不改色，在场的人莫不伤心。

最初，京兆人脂习，字元升，与孔融是好朋友，多次告诫孔融性情不要太过刚直。及至孔融遇害，许昌无人敢为孔融收尸，脂习前往刑场，抚尸大恸。脂习说：“文举舍我而死，我活在世上，还有什么意思？”曹操听说后，勃然大怒，逮捕脂习。后又将脂习释放。

魏文帝曹丕继位，很喜欢孔融的文章，每次读完后，常叹息不已。曹丕说：“可以与扬雄、班固相媲美。”曹丕诏令天下，凡收藏有孔融文章者，上缴朝廷，可以赏赐金、帛。孔融生前著有诗、颂、碑文、论议、六言、策文、表、檄、教令、书记，留存有二十五篇。魏文帝曹丕认为脂习有西汉初名臣栾布的节操，拜脂习为中散大夫。

评论如下：在西汉，谏议大夫郑昌讲过：“山上有猛虎，百姓不敢上山樵采。”孔父正言厉色，立于朝堂，奸臣不敢有弒杀君主的邪念；晏婴一身正气，立于朝堂，田氏不敢在齐国为非作歹。像孔融这样，凛然正气，直言进谏，足以阻止曹氏生前有篡位的野心。因此，取代汉室，拥有天下，直至曹丕才完成“禅位”。这已经是曹操去世后的事情。孔融的浩然壮举，义正词严，起了很大作用。然而，孔融性情太过刚直，宁折不弯，只能舍生取义！孔融的品行，懔懔然，皜皜然，如白璧无瑕，可以与琨玉、秋霜相媲美。

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