当时，边章、韩遂在陇山以西作乱。第二年春天，灵帝诏令皇甫嵩返回长安，守护皇家陵园。边章等攻入三辅，烧杀抢掠，朝廷命令皇甫嵩讨伐边章。

最初，皇甫嵩讨伐张角，途经邺城，看到中常侍赵忠在邺城的宅邸非常豪华，已经僭越礼制，奏请朝廷，罚没赵忠的私宅。还有，中常侍张让私下里找到皇甫嵩，索贿五千万，皇甫嵩没有答应。赵、张二人因怨生恨，上奏朝廷，说皇甫嵩连年征战，劳而无功，花费巨大。当年秋天，灵帝召回皇甫嵩，收缴左车骑将军印绶，削去食邑六千户，重新封为都乡侯，享受食邑二千户。

灵帝中平五年，凉州贼寇王国围困陈仓，灵帝再次拜皇甫嵩为左将军，同时督查前将军董卓，各自率领两万人，剿灭贼寇。董卓欲急速进兵，赶赴陈仓，皇甫嵩不同意。董卓说：“聪明者，不会错过良机，勇敢者，不应徘徊犹豫。如果急速前去营救，城池还可以保全，一旦贻误战机，城池很快就会被攻破。存亡之道，在此一举。”皇甫嵩答：“不然。百战百胜，不如不战而屈人之兵。先动者，未必能制敌于死命，以逸待劳，方为制敌之良策。我方首先做到不可战胜，敌方，只能为我所胜。敌方固守，不足以自守，我方攻打，绰绰有余。有余者，兵动于九天，不足者，必陷于九地。陈仓虽小，城防坚固，并未陷于九地之绝境。王国兵强势众，攻打我方城池，一定要有九天之势，才能够成功。如今，敌方并没有九天之势，还要强行攻打陈仓，必定会陷于九地之困。陈仓决心固守，势必难以攻克，王国将陷于进退维谷。陈仓不能攻克，我军发起进攻，即可获取全胜之功，不必匆忙营救！”没有采纳董卓的建议。王国围困陈仓，从冬天到春天，长达八十余日，陈仓城坚固，始终不能攻破。贼势力竭，显出疲惫之态，只好撤围，皇甫嵩趁势进攻。董卓谏言：“不可。兵法讲，穷寇勿追，退敌勿迫。穷追王国，这是在压迫退兵，犹如追击穷寇。困兽犹斗，蜂虿有毒，更何况敌军依然强大！”皇甫嵩答：“不然。此前我们没有出击，是因为要避其锋芒。如今，我军以强势，穷追衰败之寇。敌军疲惫，并非安然撤退。王国退走，军心已经失去斗志。以精兵对阵疲惫之敌，穷追贼寇，一定能大获全胜。”皇甫嵩单独追击，让董卓担任后卫。连战连胜，大败贼寇，斩杀一万余人，王国败走而死。董卓先后失策，顿感惭愧，从此忌恨皇甫嵩。

第二年，董卓受拜为并州牧。灵帝下诏把董卓率领的军队交予皇甫嵩指挥，董卓不肯从命。皇甫嵩的侄儿皇甫郦此时在军中，劝说皇甫嵩：“本朝政治已经失去控制，天下已成倒悬之势。能够安定危亡，拯救国家者，只有大人与董卓。如今，大人与董卓结下怨恨，势不两立。朝廷诏命董卓的军队归大人指挥，而董卓竟然抗命，上书朝廷，要亲自带兵。而今，京师混乱，董卓心存异志，踌躇不进，更显出心怀不轨。而且，董卓为人凶残暴戾，目无亲人，将士们不肯亲附。大人担任统帅，依仗国威，加以讨伐，对上显示忠义之心，对下除去凶顽之徒，这是齐桓公、晋文公当年做的事情。”皇甫嵩回答：“董卓独断专行，固然有罪，臣不奏明皇上，就独断专杀，甚为不妥。不如向朝廷奏明，由朝廷裁决。”于是上书，将董卓拒交兵权的事情，奏报朝廷。灵帝叱责董卓，董卓对皇甫嵩更加怨恨。及至董卓篡夺朝政，献帝初平元年，董卓征召皇甫嵩，拜为城门校尉，欲杀害皇甫嵩。皇甫嵩将要赴任，将军幕府长史梁衍劝说皇甫嵩：“汉室衰微，宦官祸乱朝纲，董卓进京，受命诛杀宦官，然而不能尽忠报国，反而寇掠京师，妄存废立之心。如今征召将军，大则将军会有性命之忧，小则将军会蒙受董卓羞辱。而今，董卓依然在洛阳，天子在西京长安。以将军统率的兵力，派出三万精兵，迎接皇帝，奉诏令讨伐逆贼，向海内发出檄文，征调精兵。袁氏从东逼迫董卓，将军从西压迫董卓，可将其一举擒获。”皇甫嵩没有听从，随后上路。有关官员秉承董卓的旨意弹劾皇甫嵩，皇甫嵩被革职，投入监狱，命在旦夕。

皇甫嵩的儿子皇甫坚寿与董卓的关系很好，皇甫坚寿从长安逃回洛阳，投奔董卓。董卓设宴，大会群臣，皇甫坚寿向董卓祝酒，径直走向前，慷慨陈词，晓以大义，而后跪下，叩头不止，痛哭失声。在座者无不动容，也纷纷离席，向董卓求情。董卓起身，拉着皇甫坚寿一起坐下。然后，董卓下令释放皇甫嵩，又拜皇甫嵩为议郎，后又改任御史中丞。及至董卓来到长安，朝中公卿在路旁迎候董卓。董卓暗示御史中丞以下官员，前来谒见，以此折服皇甫嵩。董卓望着皇甫嵩，拍手大笑道：“义真，服不服？”皇甫嵩笑着向董卓谢罪，董卓这才消除心头的怨恨。

及至董卓被杀，献帝拜皇甫嵩为征西将军，转任车骑将军，当年秋天，拜皇甫嵩为太尉，当年冬天，流星坠落，献帝罢免皇甫嵩，又拜为光禄大夫，改任太常。不久，李傕作乱，皇甫嵩病重，在家中病逝。献帝赐予皇甫嵩骠骑将军印绶，任命皇甫氏家族一人为郎官。

皇甫嵩为人谨慎，做事劬劳勤勉，就政事多次上表、谏言，陈述利弊，对朝政有裨益的奏疏，有五百余件。皇甫嵩将手稿焚毁，不肯让外人知道。皇甫嵩礼贤下士，门前不滞留客人。当时人称颂这一点，因此也愿意亲附。

皇甫坚寿是一位显达士人，后来担任侍中，中途辞职，病逝。

朱儁，字公伟，会稽郡上虞县人。年少时，朱儁丧父，母亲靠贩卖蚕丝养活家人。朱儁以笃孝，在当地享有名气。后来，朱儁在县衙做负责文书的佐吏，轻财好义，受到乡邻们的尊敬。当时，同郡人周规受到三公府征召，将要启程，向郡府借钱一百万，作为治装费。此事过后，郡府突然催要借款，周规家境贫困，一时间无法筹措。朱儁把母亲的缯帛拿出来，解了周规的燃眉之急，母亲因此而失去养家的本钱，很生气，责备朱儁。朱儁回答：“小有损失，却能有益于他人，先贫后富，这是必然之理。”

上虞县长山阳郡人度尚，看到朱儁轻财好义，颇为钦佩，把朱儁推荐给郡太守韦毅。后来，朱儁在郡府稍有升迁。再后来，会稽郡太守尹端，擢拔朱儁为郡府主簿。灵帝熹平二年，尹端讨伐贼寇许昭，战事不利，被州部弹劾，判处死刑。朱儁换穿穷人的衣服，暗地里活动，带着几百斤黄金前往京师，贿赂主管奏章的官吏，刊定弹劾奏章，尹端的死刑改判为在左校服苦役。尹端对减免死刑颇感意外，非常高兴，但不知其中原委，朱儁也从未向尹端提起此事。

后来，郡太守徐珪举荐朱儁为孝廉，担任兰陵县令。在任上，朱儁政绩优异，东海国相上表朝廷，予以肯定。恰逢交阯州贼寇蜂起，交阯州牧、郡太守懦弱无能，不能制止。交阯郡贼寇梁龙等，聚集一万余人，与南海郡太守孔芝一起，反叛朝廷，攻破郡、县。灵帝光和元年，灵帝拜朱儁为交阯州部刺史，诏令朱儁路过家乡时招募勇士，授予调兵的权力。朱俊招募五千人，分两路进入交阯州。进入州界，朱儁按兵不动，先派遣使者到地方探听虚实，掌握贼寇动向，同时，向当地百姓宣示朝廷恩威，以撼动贼寇。然后，朱儁与交阯州属下七个郡，联合进兵，镇压贼寇，斩杀梁龙，投降的贼寇有数万人，旬月之间，平定叛乱。灵帝以战功封朱儁为都亭侯，享受食邑一千五百户，又赏赐黄金五十斤，征召朱儁回京师，拜为谏议大夫。

及至黄巾军造反，朝中公卿大多推荐朱儁，说朱儁有谋略。灵帝拜朱儁为右中郎将，持符节，与左中郎将皇甫嵩一起，奔赴颍川郡、汝南郡、陈国镇压黄巾军，贼寇全部荡平。在奏书中，皇甫嵩谈起此次用兵的过程，将功劳归于朱儁，灵帝加封朱儁为西乡侯，又拜为镇贼中郎将。

当时，南阳郡的黄巾军首领张曼成起兵，号称“神上使”，率领数万人，杀害郡太守褚贡，驻扎在宛城下一百余日。后任太守秦颉杀了张曼成，贼寇又推举赵弘为统帅，聚集的人数越来越多，达十余万，盘踞在宛城一带。朱儁与荆州刺史徐璆、秦颉合兵一处，有一万八千战士，进攻赵弘。从六月至八月，战事不利。有关官员上奏，欲征召朱儁回京师。司空张温上疏：“在往昔，秦王重用白起，燕王重用乐毅，都是历经数年，才克敌制胜，以竟全功。朱儁征讨颍川郡，是因为此前朱儁用兵，卓有成效。朝廷诏命朱儁，领军南征，已经布置完毕，临阵换将，此乃兵家大忌。应该假以时日，责令朱儁，早日克敌建功。”灵帝这才收回成命。朱儁加紧用兵，斩杀赵弘。贼寇的副帅韩忠又盘踞在宛城，抗拒朱儁。朱儁兵少，不能很快取胜，于是在宛城下修筑营垒，堆起土山，与宛城相望。朱儁命令军中擂鼓，攻击西南面，贼寇慌忙向西南奔去。朱儁亲自率领五千精锐士卒攻击东北，登上城墙，突入城内。韩忠率领残兵退守小城，惶急间请求投降。司马张超、徐璆、秦颉认为，应该答应韩忠。朱儁说：“兵法讲，形同而势异。在往昔，刘、项对峙，海内没有天子，因此，用厚赏招降来归者。如今，海内一统，仅有黄巾军为寇，招降纳叛，无以劝善，只能留下遗患，只有彻底剿灭贼寇，才能惩治恶贼。接受贼寇投降，贼寇仍怀有反叛之心，有利，则进攻，扰乱地方，失利，则乞降，获得奖赏。这样，贼寇将会长期逍遥法外，这不是平叛良策。”朱儁加紧进剿，激战数日，不能取胜。朱儁登上土山眺望，对张超等人讲：“我知道了，贼寇如今受到包围，内部已经分化瓦解，欲乞降，却又得不到受理，欲突围，又难以奏效，看来要决一死战。万人一心，尚且难以抵挡，更何况贼寇还有十万余众！其危害甚大，不如暂时撤围。韩忠贼寇见此情景，必然会蜂拥而出，一旦出城，贼寇则斗志全消，此乃破敌良策。”随后，汉军解围，韩忠果然出战，朱儁乘势掩杀，大败韩忠。汉军乘胜，追击数十里，斩杀一万余人。韩忠投降，秦颉异常愤恨，杀了韩忠。投降的黄巾军惶恐不安，又推举孙夏为统帅，依然盘踞在宛城。朱儁加紧进攻，孙夏败走，朱儁追至西鄂精山，再次大败孙夏，斩杀一万余人，贼寇随后瓦解。第二年春天，灵帝派遣使者，持符节拜朱儁为右车骑将军，朱儁率军凯旋。此后，朱儁担任光禄大夫，增加食邑五千户。灵帝又封朱儁为钱塘侯，享受特进位。因为母亲去世，朱儁辞去官职，为母亲服孝。灵帝从家中起用朱儁，拜为将作大匠，转任少府、太仆。

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