太祖处死胡惟庸后，又将陈宁等人一并处置了，同时宣布废除中书省，以后不再设丞相。

涂节虽然自首，但太祖还是因为他曾参与了谋划而赐予他死刑。

太祖以专权枉法之罪杀了胡惟庸后，胡案就成为他打击异己的武器，以致受牵连而被杀者达三万多人。李善长、陆仲亨和费聚三人是太祖的患难之交，他不忍心看着他们死，所以就没有加罪于他们。后来，听说云奇伤重身亡，太祖非常惋惜，追封他为右少监，赐葬在钟山。翰林学士承旨宋濂那时已经罢官，但他的二儿子宋璲和长孙宋慎都被胡惟庸案连坐，宋濂因此而被牵连，被押送到京城，准备投进大牢不日处死。

马皇后进谏太祖说：“百姓家里给儿子请个老师都非常敬重，况且宋濂亲自教过皇子，难道不能赦免他吗？”

太祖说：“他是逆党，怎么能赦免？”

马皇后又说：“宋濂早就告老还乡了，他一定不知道这件事。”

太祖生气地说：“你一个妇道人家知道什么？”

马皇后低头不语。

后来，马皇后服侍太祖用膳时没有准备酒肉，太祖问为什么，马皇后流着泪说：“臣妾想到宋先生将要被斩首心里难过，愿意代皇子们服丧。”太祖听了扔下筷子，当即赦免了宋濂，并安排他去茂州。可惜宋濂走到夔州时就因病逝世了，享年七十二岁。

宋濂教导太子十一年，言传身教，兢兢业业。他一生从文，严于律己。日本使者曾用百金换他一篇文章，宋濂都不答应。当时，海外各国派使者前来访明的时候，一定会先问宋濂身体是否还好。所以，宋濂死时，朝野上下和海内外各国都为他感到痛惜。

洪武十四年秋，太祖任命傅友德为征南将军、蓝玉为左副将军、沐英为右副将军，率兵三十万征讨云南。

云南又叫滇地。汉武帝时，有一朵彩云出现在南方，汉武帝派人去查探，发现在洱河，因此在那里增设了云南郡。唐朝以后，云南被段兴智占据，国号大理。后来，元世祖南下擒住了段兴智，然后封自己的第五个儿子忽哥赤为云南王，让段氏子孙协助镇守边疆。元顺帝时期，把匝剌瓦尔密被明玉珍攻击逃去了金马山，后来大理的援军赶到，击退了明玉珍。接着一直到元朝灭亡，云南都一直由元人统治着。

太祖觉得云南地处偏僻，不想用兵攻打，就特命翰林院待制王祎前去招降，谁知元顺帝反而向王祎征粮，胁迫他投降，王祎不肯，竟惨遭杀害。

王祎殉职后，太祖又派湖广行省参政吴云前去招降，结果又被杀害。太祖无可奈何，只好下令让傅友德等人南征。

傅友德来到湖广，调都督郭英、胡海、陈桓等人带五万人从四川永宁进入乌撤，自己则率领大军由辰沅抵达贵州，一路上攻克了普定、普安。元朝的梁王把匝剌瓦尔密派遣司徒平章达里麻率兵十万镇守在曲靖抵抗明军。

沐英向傅友德献计说：“元兵认为我们远道而来，深入一定需要时日，如果我们加快脚步的话就可以出其不意，攻其不备，到时就一定能破敌。”傅友德点头表示赞同，随即下令日夜赶路。

快到曲靖的时候，天忽然起了大雾，四周一片茫然。明军冒着大雾继续前进，一直赶到白石江。白石江在曲靖东北地区，距离城池不过几里地。达里麻这才得知消息，急忙带着精锐部队过江拦截。傅友德又采用了沐英的计策，让大军做出要过河的样子，暗中却让人从下流过江，袭击达里麻的后方。达里麻大吃一惊，急忙又派人抵挡后面。

沐英见敌人有变，知道他们已经中计，于是下令立刻渡江，向前杀去。元军腹背受敌，自然抵挡不住，被逼退了几里路。明军紧追不舍，沐英亲自冲到最前面，直奔达里麻跟前。只听沐英大喝一声，挺起枪就朝达里麻刺了过去，达里麻被他一吓，竟然摔倒马下，被明军生擒。

这场战役一共俘虏两万多人，沿途两公里都是战死的士兵。傅友德后来将俘虏的士兵全部放了，让他们回去自谋生计，云南百姓因此对傅友德的队伍好感倍增。

傅友德派蓝玉、沐英等人去云南，自己则带着兵马赶往乌撤声援郭英。元梁王把匝剌瓦尔密得知达里麻战败的消息后无心守城，直接逃到了罗佐山。恰逢右丞相驴儿刚从曲靖回来，他告诉梁王明军的士气有多么多么强盛，梁王听后绝望的感慨道：“生是元朝人，死也是元朝臣。”说完，他将自己身上的龙袍脱下用火烧了，又逼妻子跳进滇池自溺而死，自己则和左丞相达的，右丞相驴儿向北方拜了一拜，最后刎颈自杀了。

元朝藩王里，数梁王死的最为壮烈，所以《明史·梁王列传》里特别记载了这一段。

蓝玉、沐英来到板桥时，右丞相观音保出来投降，蓝玉整军入城，又攻下了临安等地。这时郭英、胡海、陈桓等人已经进入到赤水河，他们伐木造船，准备半夜渡江。傅友德带着大军赶来支援，元右丞相实卜内心慌乱，立即逃走了。傅友德等人随即攻下了乌撤一带。后来实卜见乌撤没有城墙，又带人前来围攻。傅友德依山为营，让士兵先不要出击，等实卜的士气弱了再出战，这是彼竭我盈之计。实卜打不过大军，只好掉头离去。途中正好遇上芒部土酋前来支援，实卜于是又折回来发起进攻。这下可惹恼了明军，他们立即将土酋的队伍打得抱头鼠窜，实卜又落荒而逃，不敢再回来了。

傅友德接着又拿下了七星关，附近的蛮人部落，如东川、乌蒙、芒部等统统都望风归降。

云南境内，大部分地方都已经平定了，除了大理。

洪武十五年闰二月，蓝玉、沐英率军从云南进攻大理，土酋段世，带兵把守下关，守御甚是牢固。沐英仔细观察了形势，料定硬碰硬很难拿下，于是就别出奇兵，对王弼、胡海两将各授密计。

原来大理城依山傍水，不仅前有点苍山，后有洱海，而且还有上下（龙首、龙尾）二关，号称天险，易守难攻。

王弼和胡海领命分道而去，依计而行。王弼秘密进入上关，胡海悄悄登上点苍山，全都避开大道，从小道攀缘而上。段世是头蛮牛，只知道防着下关，谁知王弼、胡海已经带人绕到自己背后，从里面杀出来了，沐英也乘机从外面杀入，两路夹击，不久就将段世活捉。段世被擒，大理城随即被攻下。沐英接着又派人攻取了鹤庆、丽江，破了石门关和金齿。云南因而全部被平定。

沐英和蓝玉一起回到云南，和傅友德等人在滇池会军，联名向太祖报捷，并筹办善后事宜。不久，接到太祖的诏谕，令傅友德、蓝玉等人班师回朝，留下沐英镇守云南。傅友德等人告辞离去。

沐英治理云南十分尽力，他设立乌撒、毕节二卫，开垦荒地屯驻兵马，赋税合理，百姓安居乐业，对他赞不绝口。太祖念沐英有功，于是命沐氏子孙世世代代镇守云南。

当时云南边境有一个平缅部，和金齿接壤，以前和中国历朝历代都没有联系，直到元朝派人去招降，当地的土酋才被封为宣慰司。元末的宣慰司叫思伦发，他听说金齿向明军投降了后，就也跟着投降了，太祖命他继续做宣慰使，并管辖麓川地区。

日子久了，思伦发渐渐桀骜不驯了起来，居然还想要造反。

思伦发有次带着十多万人入侵景东，都督冯诚不幸战败，连千户王昇也战死了。沐英正准备亲自出兵讨伐时，太祖传来诏谕说，让他守住要害之地，以逸待劳就可以了。沐英听命，随即在楚雄到景东的路上每隔一百里设一处营，重兵把守，严加防范。思伦发见无缝可钻，只好折了回去，接下来一两年都没有动静。

后来，思伦发又进攻摩沙勒寨，沐英令都指挥宁正迎战，结果大破敌军，思伦发引以为耻，竟然带着全部的三十万人前来攻打定边。沐英接到急报，派出三万精兵日夜兼程赶去迎战。当都督冯诚正在敌人营前严阵以待时，敌营内忽然有一万人驱赶着三十多头大象奔了出来，扬起一片尘土。

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