却说燕王入京后，只有魏国公徐辉祖带兵抵抗了一阵，兵败后也逃跑了。此后文武百官都跪倒在燕王的马前接驾，燕王接见完毕，又去见周王和齐王，三人相见时互相慰问，泪流满面。燕王随即回军营召集百官开会。兵部尚书茹瑺来到燕王跟前，叩头请燕王登基。

燕王说：“皇上呢？”

茹瑺说：“宫内起了大火，皇上想必已经驾崩。”

燕王蹙着眉头说：“我无缘无故被诬陷，不得已发兵自救，一心想着为国锄奸，安定社稷，只想效仿周公名垂后世，没想到皇上不能体谅我的苦心，就这样轻生了。我已经得罪了天地祖宗，哪敢再登大位，请各位另选才德兼备的亲王继承大统吧。”

茹瑺又磕了一个头，说：“大王顺天应人，怎么能说是得罪？”

话音未落，一班文武大臣全都跪了下来，黑压压的一地，齐声说：“天下是太祖的天下，殿下现在是太祖最大的儿子，论辈分论功德，都应该由大王登上大位。”

燕王又再三推辞，大臣们继续恳求。燕王只好决定明天再议。

第二天一早，群臣们又来规劝，燕王这才起驾进城。

编修杨荣问燕王：“殿下今天是先吊谒皇陵呢，还是先即位？”燕王决定先去谒陵，并命众将守住城门，悬赏通缉齐泰、黄子澄、方孝孺等人。

谒陵完毕，燕王回京安抚军民，并告诉众臣：“群臣合力劝我登基，我无德无能，不敢僭越，但众人坚持，我也只好顺应民意。今后各位也要和我同心协力治理天下，否则我一定不会手软！”群臣只能唯唯听命，燕王随后在奉天殿即位，接受了王公大臣们的朝贺。

终于得偿所愿。

建文帝还在位的时候，街上有个道士满大街游逛，还信口唱了首歌：“莫逐燕，逐燕日高飞，高飞上帝畿。”当时京城里的人不知道唱的是什么意思，不久道士就杳无音讯。

后来燕王即位，人们方知道士的预言成真，都以为是神仙来报信。

燕王即位后，下令清宫三日。宫里的宫女、太监多半都被杀了，但以前得罪过建文帝的却都没事。

燕王接着找来内府的宫人，问他们建文帝所在何处。宫人们也不知道，只好找来马皇后烧得乌黑的残骸，说是建文帝的尸首。从灰烬中扒拉出来的尸骸浑身漆黑，四肢残缺不全，根本分不出是男是女，只让人觉得惨不忍睹。

燕王也不禁哭着说：“傻孩子，你怎么这么傻呢？”当时侍读王景站在一旁，燕王问他该以什么礼数下葬，王景说以天子之礼殓葬。燕王点头，随即命人将马皇后的尸体，当作建文帝的尸体给葬了。

这时，有一个人满身缟素直奔朝堂之上，伏在地上就开始大哭起来，哭声震天。燕王听到后，喝令左右侍卫，速速将其拿下，镇抚伍云拿住了他，扣押到燕王跟前。

燕王凝视着那人说：“你就是方孝孺？朕正要捉拿你呢，你却自己来送死了。”

方孝孺挣扎着大声说：“事已至此，死有什么好怕的？”

燕王说：“你想死，朕偏不让你死，你能怎么样？”说完，便命左右将方孝孺逮捕下狱。

原来，当初，燕王大举南下的时候，僧人道衍送燕王到郊外，曾跪下对燕王说：“臣有秘事要嘱托。”

燕王问他什么事，道衍说：“南朝有位文学博士叫方孝孺，此人很有学问，倘若殿下成功入主京师，千万不要杀了他。若杀了他，天下读书的种子可就从此断了。”燕王点头，并将此事记在了心里，所以索要罪人的时候，虽然将方孝孺列在了第一个，却一直想保全他，让他臣服于自己。

燕王还找来方孝孺的门徒廖镛、廖铭等人到狱中相劝，方孝孺怒斥他们：“混账！你们跟了我这么多年，难道不知道大义是什么吗？”廖镛等人回去禀报燕王，燕王也不以为意。

不久朝廷要起草即位诏书，大臣们都举荐方孝孺，燕王放他出狱。方孝孺依旧穿着一身孝服来到大殿，神情悲恸。

燕王对他说：“先生这是何苦呢！朕只是仿效周公辅佐成王来了。”

方孝孺问：“那成王呢？”

燕王说：“他自焚死了。”

方孝孺又问：“那怎么不立成王的儿子？”

燕王说：“国家需要的是长君。”

方孝孺说：“那为什么不立成王的弟弟？”

燕王语塞，一时无话可说，只得勉强说道：“这是朕的家事，先生不必过问。”

方孝孺还想再说，这时，左右侍卫递上纸笔，燕王委婉地劝诫方孝孺说：“先生是一代鸿儒，如今朕要即位，还要劳烦先生起草诏书，请先生不要推辞！”

方孝孺将笔扔在地上，边哭边骂：“要杀就杀，诏书我是不可能起草的。”

燕王的火气一下子上来了，厉声问他：“你自己不怕死，难道就不顾及你的九族了吗？”

方孝孺也厉声回道：“就算是灭我十族，我也不怕。”

说到这里，方孝孺又拾起笔写了四个大字，扔给燕王：“这就是你的草诏！”

只见纸上“燕贼篡位”四个大字触目惊心。

燕王不由得大怒：“你敢说我是贼？”燕王恨其嘴硬，于是当即叫人将方孝孺的嘴角割开，撕至耳根，并下诏缉拿方孝孺九族，加上朋友和门生就是十族。

每捉拿一个人，就带来给方孝孺看，方孝孺丝毫不为所动，头都不抬一下。燕王于是将他们全部杀了。

后来燕王将方孝孺推出聚宝门外处以极刑。方孝孺慷慨赴死，死前还作了一首绝命词：

天降乱离兮，孰知其由？奸臣得计分，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉！庶不我尤。

方孝孺的弟弟方孝友也被抓了来，最后和方孝孺一起死在了聚宝门外。

临刑前，方孝孺看着弟弟潸然泪下，方孝友则随口作了一首诗：

阿兄何必泪潸潸，

取义成仁在此间。

华表柱头千载后，

旅魂依旧到家山。

当时的人都称他们为难兄难弟。

方孝孺的妻子郑氏和两个儿子方中宪、方中愈都自尽而死。两个女儿还未满十五岁，被人抓住投到河里溺死了。宗族亲友还有门下学生全部被连坐，一共八百七十三人，就连廖镛、廖铭等人也未能幸免。

齐泰、黄子澄先后被抓，燕王亲自审讯他俩，两人誓死不屈，最后一同被凌迟处死。

还有兵部尚书铁铉。他在逃跑路上被逮到，押送到京城时，毅然背对燕王，不肯臣服。燕王强令他转过身来，铁铉誓死不从，于是燕王命人将他的耳朵、鼻子割下，煎熟了喂到铁铉嘴里，问他味道是否鲜美？铁铉大声回答说：“忠臣孝子的肉当然鲜美！”

燕王更加恼怒，命人在大殿上将铁铉凌迟，铁铉至死都骂不绝口，燕王又命人在大殿上架起油锅，将铁铉的尸体投进去，顷刻间铁铉的尸身就成了尸炭。燕王让人将铁铉的尸身翻转成正面朝上，但尸体总是反面朝上。燕王于是命人用十多根铁棒夹住铁铉的残骸，强令尸身翻转，面朝北面，并笑着说：“你现在肯来朝拜我了？”

话音未落，锅中突然翻起热油，四处飞溅，烫伤了左右人的手足。众人慌忙丢下铁棒纷纷避让，谁知铁铉的尸身沉浮了几下后依旧反面朝上。燕王见此情景大惊失色，赶快命人安葬了铁铉。

户部侍郎卓敬，右副都御史练子宁，礼部尚书陈迪，刑部尚书暴昭、侯泰，大理寺少卿胡闰，苏州知府姚善，御史茅大芳等人都陆续被抓，不是被打掉了牙齿，就是被割了舌头，甚至断手断脚，有的被杀死以后，还要诛灭他们三族。

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