大学士申时行得知情况后，和六卿大臣联名上奏，请求神宗从宽处置。刑部尚书潘季驯也上奏说，张居正的母亲已年过八十，朝不保夕，还请皇上格外开恩，让张居正的母亲能够安度晚年。神宗方才特许留下一所空宅子，良田十顷，用来赡养张居正的母亲。张居正被削去官阶，玺书和诏命全部被夺回，子孙也一律被派到远方戍边。

神宗还将张居正的罪责写成诏书颁布天下：

张居正诬蔑亲藩，箝制言官，蔽塞朕聪，私占废辽宅田，假名丈量遮饰，骚动海内。迹其平日所为，无非专权乱政，罔上负恩，本当斫棺戮尸，因念效劳有年，姑免尽法。伊弟张居易，伊子张嗣修等，俱令烟瘴地面充军，以为将来之谋国不忠者戒！

张居易曾是都指挥，张嗣修曾是编修，现在全部被革职戍边，一座气派的相府就这样变成了落花付诸东流水，回想起来真是令人感到唏嘘啊！这就是所谓的富贵如浮云。真是：

炎凉世态不胜哀，

落穽还防下石来。

稍有人心应代愤，

好凭只手把天回。

神宗临幸宫娥暗结珠胎，李太后诘问还不敢说实话，可见神宗对李太后敬畏到了什么程度。张居正死后，神宗夺其官阶，抄其家产，贬戍其子弟，而且任由太监张诚勒索张家钱财，株连张居正的亲人，甚至逼死张居正的儿子张敬修，这些神宗竟然统统不追究。古人说：“一人犯错应该只追究一人，不应该连坐和牵扯到其家人子女。”神宗学习经筵那么久，怎么能不知道？况且张居正当国十年，也不是全无功绩。神宗赏赐张居正的时候根本不论他的功到底值多少赏赐，后来治罪的时候也根本不看张居正到底犯了多大的罪。凉、薄、寡、恩四个字，就是神宗一生的写照。张居正生前拥有无上的尊荣，死后功名利禄却全部成为泡影，真是值得那些追名逐利的人引以为鉴。