这时候马孔英从南州杀到了，曹希彬也从永宁杀到了，几路大军一起围攻海云囤，直逼海龙囤。

海龙囤是杨应龙的老巢，地势高峻，防守严密，除非是飞鸟和猿猴才能进去。三道雄师一时都没想到办法攻进去，只好在屯外安营扎寨。不久陈璘攻破了青蛇囤；安疆臣夺取了落濛关，吴广从崖门关直捣黄龙，截住了杨应龙的退路，杨应龙想尽各种办法还是连战连败，终于无计可施了，和儿子杨朝栋抱头大哭，一面派人死守，一面派人诈降。

总督李化龙根本不理会杨应龙的诈降书，下令不日攻城。没多久，八路官兵云集在城下，开始轮番进攻。杨应龙所恃是杨珠，杨珠恃勇出战的时候，却不幸被大炮击毙，杨应龙顿时就气短了。

接下来是几天的大雨，将士们在泥潭里来往走动，过得十分辛苦。好在没过几天，天气就放晴了，刘綎一跃而上攻克了土城，杨应龙急忙悬赏招募死士应战，却没有一个人前来效命。

杨应龙提着刀出来巡视，发现四周火光齐天，官兵正从四面八方登城进来，杨应龙只好对家人说：“我不能再照顾你们了。”随即带着两个爱妾自缢身亡。官兵找到了杨应龙的尸体，生擒了杨朝栋、杨兆龙等一百多人，其中就有杨应龙的小妾田雌凤。

总督李化龙给朝廷发去捷报，朝廷下旨将杨应龙凌迟，将杨朝栋、杨兆龙斩首，将播地分为遵义、平越两府，遵义属四川管辖，平越属贵州管辖。将士们终于凯旋。

外事稍稍平定，朝中又开始争论国本的问题。

万历二十一年的时候，王锡爵入宫上奏，请求神宗设立东宫，践行之前的诺言。神宗回答他说：“朕虽然有今年春天册立东宫的意思，但朕昨天读到祖训，应该立嫡不立庶。皇后的年龄还不算大，要是生了儿子该怎么处置呢？朕打算先将长子和两个皇子一起封为王，等几年后皇后真的没有生出儿子，再册立也不迟呀！”因为王恭妃生下长子朱常洛，郑贵妃生下皇子朱常洵，周端妃后来也生下皇子朱常浩，所以神宗才想出了三王并封这一招。

王锡爵又给神宗提出了一条权宜之计，那就是让皇后抚养长子，援引汉明帝时期的马皇后、唐玄宗时期的王皇后、宋真宗时期的刘皇后抚养宫人之子的例子，作为立储的准备。这个提议虽然不好，但王锡爵也是煞费苦心。神宗不答应，仍然坚持三王并封，并下旨让有司商议具体事宜。

圣旨下来后，朝廷引起了轩然大波。礼部尚书罗万化，给事中史孟麟等人纷纷指责王锡爵没有尽力挽回。

王锡爵说：“三王并封是皇上决定的，各位为什么怪我？”

工部郎中岳元声当时也在座，立即起身对王锡爵说：“阁下未曾请求并封，但为什么要援引亲王入继的典故？要知道，中宫如果生下儿子，那长子自然要避位，何来的假如？你不尽力促成现在的事，反而提出更麻烦的事，这难道不是你的错？”一番话说得王锡爵哑口无言，不得已只好邀赵志皋、张位等人联名上奏，请神宗收回成命。神宗仍然不肯。

后来王锡爵以罢官恳求神宗收回成命，神宗这才取消了并封。王锡爵又申请教长子读书，神宗于是命长子朱常洛出阁讲学，辅政大臣轮流值班。一切都仿照东宫的旧例。

第二年，王锡爵再次请求回乡，神宗只好特命礼部尚书陈于陞、南京礼部尚书沈一贯入内阁商讨机务。陈于陞入内阁之后，与赵志皋、张位等人是同辈，相处十分默契，但神宗深居简出，拒绝纳谏，陈于陞就是值班一整天都没机会见到神宗一面，更别说密谈国政了。

当时京城发生地震，淮河水也决堤泛滥，湖广、福建发生大饥荒，甚至乾清宫与坤宁宫也突然发生了大火，仁圣皇太后陈氏受惊驾崩。天灾人祸纷至沓来，神宗却全然不自知，还派太监四处去开矿，要是没有挖到矿就勒索百姓补偿开矿的费用。有钱人家就诬陷他盗矿；良田美宅就说房屋下面有矿脉，派兵强行围捕，还霸占良家妇女。后来神宗又增设各省的税使，让他们到处征收苛捐杂税，连民间的米、盐、鸡、猪都要征税，毫无法纪可言。

全国的百姓都被折磨得痛苦极了，陈于陞殚精竭虑想要改变这种状况，屡次请求面见神宗，却始终不见有答复，但是神宗又不许陈于陞罢官。后来陈于陞终于积劳成疾，郁郁而死，赵志皋也因病去世。神宗起用前礼部尚书沈鲤，朱赓入内阁办事，以沈一贯为内阁首辅。

宫中立储一事始终没有得到解决，郑贵妃依旧专宠，王皇后又身体不好，宫中的人都在猜测，要是王皇后有什么不测，郑贵妃必然会成为新皇后，到时她的儿子朱常洵自然就会被立为太子。

黄辉是长子朱常洛的讲官，他从内侍那里得知消息后，偷偷对给事中王德完说：“这是国家大政，早一天晚一天情况都可能会不一样。如果国体有变，将来写进史册，后人一定会说朝廷无人，先生担负着众任，岂能不说？”

王德完点了点头，随即上了一份奏折，由神宗亲自御览。神宗看后不禁大怒，当即下旨逮捕王德完下狱，用刑拷打。尚书李戴、御史周盘等人替王德完求情，竟都遭到斥责。幸好之前因病告假的辅臣沈一贯，在得知此事后也连忙上奏请世宗网开一面。神宗方才只命人将王德完杖责一百下后削籍回乡。随后神宗又下旨说：“朕来年自然会册立长子的，大臣们就不要再来烦朕了。”

到了万历二十八年，皇长子朱常洛已经快二十岁了。这期间，朝廷大臣不知向神宗请求了多少次册立皇长子为太子，郑国泰甚至还请求先为朱常洛完婚，然后再册立。然而，神宗对此一概不理。

又过了一年，内阁大臣沈一贯上奏说立储和完婚二事势在必行。神宗依然还是有些迟疑，这时，郑贵妃又拿着盒子来找神宗。神宗取过玉盒放在手里摩挲了好一会儿，方才揭去封印。打开玉盒一看，神宗竟然发现自己亲笔写的誓书已经被蛀虫蛀得一塌糊涂，最奇怪的是，蛀虫把“常洵”这两个字咬得一笔不剩。

神宗不禁呆住了，自言自语地说：“天命有归，朕不能再违背天意了。”这话一出口，郑贵妃就知道神宗要反悔了，顿时就气得在地上打起滚来，跟泼妇一样，神宗还来不及安慰，郑贵妃接着又破口大骂起来，神宗听不下去，大踏步走出西宫，召来沈一贯入内起草诏书，宣布立朱常洛为皇太子。

沈一贯很快就将诏书起草完毕，神宗随即便将诏书颁发礼部，下旨即日册立。谁知第二天，神宗又下旨说要改期，后经沈一贯力劝，终于还是在万历二十九年十月十五日举行了立储大典。真是：

谏草频陈为立储，

深宫奈已有盟书。

堪嗟当日诸良佐，

不及重缄一蠹鱼。

内政和外事互不相干，杨应龙叛变，都是因为宠妾田雌凤，神宗迟迟不立储，也是因为有个郑贵妃，由此可见女人是一切祸水的来源。杨应龙因为一个小妾引来杀身之祸，一个土官尚且如此，更何况是拥有天下的君主？神宗一直对立储一事置若罔闻，最后看到被蛀虫蛀空的誓书才决定立长子为皇太子。这是天意不能明示，只好派蛀虫来点醒。不然，玉盒封得那么严密，蛀虫从何而来呢？不过，或许是史家故意这么写的也未可知。