却说日本退兵后，朝鲜随即被平定，既已被平定，明朝廷自然少不了要论功行赏。于是就发放了十万两银子犒赏士兵。首功给了陈璘，次功给了刘綎，最后是麻贵。陈璘、刘綎一同被提拔为都督同知，麻贵被升任右都督，邢玠被晋封太子太保。万世德毫无战功，居然也被升任右副都御史。董一元、杨镐被官复原职。而有奖就有惩，其中沈维敬被扔到市集，石星冤死狱中，被俘虏的平秀政、平正成等人被凌迟处死。至此，日本入侵朝鲜一事才总算了结了。

万历年间，泰宁卫的酋长炒花屡次侵略辽东，和大明交锋多次，互有损失。

炒花是巴速亥的堂弟，巴速亥被李成梁杀死后，儿子巴土儿和炒花想起了以前的矛盾，就屡次来找大明的麻烦，先后被李成梁击退。李成梁去职后，总兵董一元接替了他的职务，巴土儿、炒花等人又聚集土默特部大举入侵。

董一元在镇武堡设下伏兵，用老弱病残兵诱敌深入，大破敌军。巴土儿中了暗箭，负伤逃走，没多久就死了。炒花不甘心战败，就唆使青海酋长火落赤、永邵卜等人相继骚扰边境。幸好甘肃参将达云偷偷绕到敌人后背，杀了青海兵一个措手不及，十个敌兵里死了八九个，被称为当时的第一战功。达云升任总兵官，镇守西陲，从此外寇再也不敢来入犯了。

李如松班师回朝后，言官交相弹劾他，说他和亲辱国，神宗一概没有回复。恰好那时辽东总兵董一元调赴朝鲜，神宗就特派李如松继任，李如松感激神宗，率轻骑出塞，正好碰上土默特部前来骚扰。李如松迎头痛击，很快斩杀了大部分敌人，接着李如松乘胜紧逼，大有直捣黄龙的气势。

可是敌人的援兵也来得很快，李如松又被四面八方赶来的敌兵困住了，孤掌难鸣，很快弹尽粮绝，活活战死沙场。

朝廷命李如梅接任，李如梅又太过小心，生怕重蹈哥哥的覆辙，迟迟不敢进兵，结果被人以拥兵畏敌的罪名上奏弹劾，不久就被罢官了。

后来朝廷又任命李成梁镇守辽东，李成梁威名赫赫，但是已经七十六岁了，他上任后下令与番人休战互市，番人也乐得不打仗，因此在李成梁镇守辽东的八年里，还算是比较和平的局面。

日本侵略朝鲜的时候，播州宣慰使杨应龙毛遂自荐，说自己愿意率领五千人征讨日本，朝廷准奏了，杨应龙于是率领众人启程。后来因为日本和中国议和，杨应龙只好又怏怏不乐地回来了。

这个杨应龙并非真心想报效朝廷，他的祖宗名叫杨端，曾在唐朝乾符年间占有了播州，对中国俯首称臣。明朝洪武初年，杨端的子孙派人向太祖进贡，明太祖于是封他做了宣慰使，一直传到杨应龙这一代。因为征讨蛮夷有功，杨应龙恃宠而骄，贵州巡抚叶梦熊和巡按陈效上奏弹劾杨应龙，朝廷因为边境最近发生了许多事，没空来查问。杨应龙因此更加肆无忌惮了起来，不仅杀人无数，他所居住的府第还装饰有龙凤的图案，并擅自使用了几个太监。

杨应龙有个小老婆叫田雌凤，长得十分妖媚，很得杨应龙宠爱。田雌凤和正妻张氏不和，就哄着杨应龙将张氏给砍死了，并杀了她全家，真是残忍至极。张氏的叔叔张时照上奏揭发杨应龙的罪状，叶梦熊也请朝廷发兵征讨，杨应龙急忙赶到重庆自首，表示愿意出两万金赎罪。法司不答应，杨应龙这才提出征讨日本来抵罪。

后来日本议和，朝廷特派都御史王继光巡抚四川，为的就是抓捕杨应龙。杨应龙好不容易逃过一劫，怎么可能再次上钩？官兵一再追捕，杨应龙不停地反抗，杀死了许多官兵。王继光看不下去了，决定前去征讨，随即火速赶到重庆，与总兵刘承嗣、参将郭成等人分三道进兵，越过娄山关来到白石口。杨应龙假装投降，暗中却招募苗兵偷袭军营，都司王之翰因此全军覆没。各路官兵只好匆匆撤还。王继光遭到这么一次挫败，官位自然不保，朝廷当下褫夺了他的官职，改任谭继恩为四川巡抚，并调兵部侍郎邢玠总督贵州。

邢玠命重庆太守王士琦去招降杨应龙，让他主动请罪。杨应龙于是身穿囚服在郊外迎接，将罪责推给部下黄元、阿羔、阿苗等十二个人，将他们绑起来献给了王士琦，并愿意出四万金赎罪，先交出儿子杨可栋做人质，等钱到了再赎回去。王士琦一口答应，带着杨可栋回到了重庆，并将黄元等人在市集斩首。杨可栋被软禁在重庆，可没几天就生起了病来，在床上半死不活地躺了几天后居然一命呜呼。

杨应龙知道后痛心疾首，领了儿子的棺木回去后索性开始耍起赖来。王士琦催他交赎金，杨应龙却说：“我儿子还能复活吗？要是我儿子复活的话，我一定给你赎金。”王士琦无可奈何，只好作罢。后来杨应龙又聚集苗人据险自守，烧毁草塘、余庆两司，并围攻黄平、重安，沿途杀害百姓和官吏，奸淫掳掠无恶不作。

这时贵州巡抚一职正好空缺，朝廷改任了江东之，江东之一上任，立即令都司杨国柱、指挥李廷栋率三千人围剿杨应龙。到了飞练堡，杨应龙之子杨朝栋和弟弟杨兆龙等人带兵迎战，战了没多久就开始纷纷倒退。杨国柱等人追到天邦囤，却被杨朝栋、杨兆龙等人从两翼包抄，左右夹击，三千人很快被杀得精光，杨国柱、李廷栋也统统战死。

江东之因此被夺职，由郭子章接任。朝廷又特派前四川巡按李化龙为兵部侍郎，总督川、湖、贵州三省的军务。李化龙约刘綎、麻贵、陈璘、董一元一同前来助攻。

杨应龙听说大军要来了，先带了八万人入犯綦江。綦江城的守兵不满三千人，怎么敌得过杨应龙？杨应龙带人将綦江城包围了好几圈，四周都安上云梯，参将房嘉宠杀死妻儿后和游击张良贤舍命防守，最终还是因为寡不敌众，在巷战中身亡。

杨应龙抢劫了綦江城的府库犒赏军师，还残忍地屠城示威，将尸体扔进江里，江水都被血给染红了。接着杨应龙退居三溪，又勾结生苗和黑脚苗等人作为自己的靠山。

李化龙赶到重庆，打探到杨应龙已经攻破了龙泉司，于是将兵马分成八路，登坛誓师，八路大军陆续出发。官兵这边，四川的兵马分为四路，总兵刘綎从綦江攻入；马孔英从南川攻入；吴广从合江攻入；副将曹希彬受吴广节制，从永宁攻入。贵州的兵马分为三路，总兵董元镇从乌江出发；参将朱鹤龄受董元镇节制，率宣慰使安疆臣从沙溪出发；总兵李应祥从兴隆出发。剩下一路楚师分成两翼，由总兵陈璘带领，陈良玭为副总兵。陈璘从偏桥进攻，陈良玭从龙泉进攻。

每路兵马大约三万人，十分之三的人是官兵，十分之七的人是土司。李化龙带领中军分头策应，并写信给贵州巡抚郭子章，让他屯驻在贵阳，湖广巡抚支可大镇守沅州，防止叛军四处流窜。

部署好以后，刘綎从綦江出发进攻三峒。三峒地势尤为险峻，被称为是奇险之地，叛党头目穆炤等人就据守在那里。刘綎手执大刀过关斩将，依次将穆炤等人剿灭。杨应龙久仰刘綎的威名，嘱咐杨朝栋带着苗兵从小路袭击，正巧与刘綎相遇。

刘綎一跃而出，首先出来对战，一柄亮晃晃的大刀在他手中飞舞，苗兵不是被砍死就是被砍伤，众人抵挡不住，纷纷大惊失色地说：“刘大刀到了！刘大刀到了！”杨朝栋不知道厉害，依然持着戈来战。刘綎只大喝了一声，杨朝栋居然吓得手软脚软，说时迟那时快，杨朝栋的戈和刘綎的大刀碰撞到了一起，火光四射，杨朝栋手中的戈头已经被斫缺，慌忙丢掉兵器逃命去了。刘綎又杀了一阵，苗兵多半毙命，刘綎乘胜拿下了桑木关、乌江关、河渡关、娄山关，在白石驻扎下来。

杨应龙急得不得了，决定率领苗兵和刘綎决一死战，让部下杨珠绕到后山偷袭刘綎。刘綎首先击退了杨应龙，又派游击周敦吉和守备周以德杀退了杨珠，接着一直追到养马城。

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