满洲兵也不敢小视孙承宗，于是只在关外戒严，不敢轻易入犯。

明朝廷得到了稍许安定后，便开始审讯熊廷弼、王化贞一案。

刑部尚书王纪认为熊廷弼镇守辽东有功，足以赎罪。内阁大臣沈纮却弹劾王纪袒护罪臣，理应同坐。明明是魏忠贤指使的。王纪心中不服，弹劾沈纮卑鄙龌龊，酷似宋朝的蔡京。熹宗开始还下旨调停，让两人同仇敌忾，不得互相攻击，后来却听信魏忠贤的挑唆，将王纪降职。

王纪离开后，叶向高上奏说：“王纪、沈纮互相攻击，为什么只惩罚王纪，不惩罚沈纮？这样怎么让人信服？”内阁大臣朱国祚也上奏说王纪无罪，沈纮心里不安，只好称病回乡。魏忠贤因此更恨朱国祚和叶向高了，屡次想陷害两人，朱国祚明哲保身，连上十三道奏折请求辞官，一直到第十三道时才得到恩准。史继偕也跟着一起辞了官。

天启元年，四川永宁土司奢崇明作乱。奢崇明表面恭谦，暗地里却是个阴险狡诈之人，他有一个儿子名叫奢寅，也是个桀骜不驯的主。

父子俩在朝廷招兵支援辽东的时候，上奏请求支援辽东，先派头目樊龙、樊虎带人赶赴重庆。巡抚徐可求清点士兵的时候，见到有老弱病残夹带在里面，就想要淘汰一些人。樊龙不服，坚持要求按原来的人数支付饷银，徐可求呵斥了他几句，樊龙居然就用槊刺杀了徐可求，并杀死道府总兵官二十多人，霸占了重庆府城。

当时四川一带过惯了平静日子，守备也日渐松弛，就因为这样，所以各路官员都被他们轻轻松松给杀了。听到重庆的警报，附近的军民也纷纷逃逸，樊龙等人乘势出兵攻下了合江、纳溪，然后报告奢崇明父子，请他们立即支援。奢崇明父子也踊跃赶来，率领部下以及一些杂蛮，一共几万人一起攻破了泸州、遵义、兴文，四川大震。

播州杨应龙的余孽和各地的奸人、亡命之徒纷纷起来响应，奢崇明日益猖獗，还自称大梁，设立了丞相等各级官职，挥兵进攻成都。蜀王朱至澍是太祖第十一个儿子朱椿的第八世孙，世袭番地，见城内的守兵寥寥无几，靠镇远营的七百人怎么抵挡得住？蜀王急忙调集远近的士兵，结果也只有一千多人。

正巧左布政使朱燮元正奉旨入朝，来到城北，蜀王久仰朱燮元的大名，现在正是军务吃紧的时候，怎么能再错失良机？蜀王忙带着百姓去追朱燮元。朱燮元见百姓的态度都非常恳切，就慷慨地入城誓师，激励将士，接着与右布政使周著、按察使林宰等人鼓励兵民，让他们分别登城固守。

朱燮元正在调集援兵的时候，没想到敌寇已经攻来了，把成都围得严严实实。朱燮元于是严加防范，督令士兵不停地放炮和扔石头，昼夜不停，敌寇的盾牌被炮火击毁，竹子做的云梯被石头击断，不但屡次进攻都不能得手，反而还死伤了好几百人。那时正是冬天，战壕里的水干涸了，敌寇就用柴草堆满壕沟，在上面筑起竹屋，借以躲避炮火和石头，并暗中派弓箭手向城头射箭。而朱燮元也想到了这一招，他早就预备好了竹帘，架起来就可以挡住敌人的弓箭。半夜，朱燮元派壮士出城，纵火烧毁了敌寇建在战壕上的竹屋，这下里面躲着的敌寇不是被烧死就是被摔死，为了防止他们故技重施，朱燮元派人将战壕都注满了水，敌寇无计可施，只好向城内射箭，煽动百姓做内应。有两百多人被敌寇诱惑了，最后都被朱燮元一一查出，将脑袋砍了下来挂在城头示众。敌寇又从四面架起望楼，和城墙差不多高，结果也被朱燮元派去的壮士烧毁了。

就这样一直相持了十多天，朱燮元保护的这座孤城依旧屹立不倒。

而各地的援兵也纷纷到齐，其中有一个巾帼英雄，她就是石驻宣抚司女总兵秦良玉。

秦良玉是忠州人，曾嫁给宣抚使马千乘，马千乘病死后，秦良玉因为通晓兵事，就代替丈夫做了统领。奢崇明一直仰慕秦良玉的英名，起兵的时候曾派人给秦良玉送去厚礼，想请她暗中帮忙。

谁知，秦良玉却冲着来使说，“你不知道我秦家世代忠贞还是怎么的？我哥哥秦邦屏、秦邦翰奉旨支援辽东，都战死沙场，只有我弟弟秦民屏负伤归来，现在他伤好了，我会继续带着他誓死报国！你们这些贼人，竟敢拿这种脏东西来坏我的名声！”英气勃发，丝毫不比男儿气势弱。

说完，秦良玉就将来使献上的金银全部扔了回去。

来使见秦良玉不肯答应，忽然变了脸色，竟出言不逊地攻击起秦良玉来。秦良玉也毫不客气，拔出佩剑，一下子将来使砍成两段，别提多爽快了。

秦良玉当下率领手下的精兵，及弟弟秦民屏、侄子秦翼明等人偷偷赶到了重庆，然后将兵马分成两路，一路由秦翼明带领，屯守在南坪关，截断敌寇的退路，并留下一千多人守护忠州；秦良玉自己则率领三千精兵沿江而上，直抵成都，在离城几里的地方安营扎寨。奢崇明父子见成都的援兵赶来，也陆续招募党羽，分头阻拦。并且督促贼众加大攻城的力度，从初冬到暮冬，眼看着一年都快要结束了，城外的敌寇仍然围攻不辍。城中的百姓不仅腊月没有祭祀，连春节也没有庆祝，一心一意抗击外敌，誓死与成都共存亡。之所以能如此，全在于朱燮元防守有方。

春节过后不久，敌寇的攻势渐渐松懈了下来，朱燮元这才松了一口气，心想着终于可以下城去休息一下了。谁知刚走下城楼，就听见城上的守卒大喊道：“旱船来了！请主帅速速登城！”朱燮元忙又返回城楼，朝下一看，只见数千名敌寇拥着一个像大船一样的东西，从林中大喊着冲了出来。

这“船”高约一丈多，长约五百尺，比城楼还高出一截呢！里面筑有好几层楼，楼上站着一个人，披头散发执着剑，中间还载着好几百人，个个拿着弓弩和毒箭。大船由牛牵引着，眼看着就要靠近城楼了。

守城的老弱妇孺见此情景顿时大哭了起来，朱燮元连忙安慰她们：“不妨不妨，这是吕公车，可以攻破的。”随即便向守卒下令道：“我已经贮备好了巨木，一直搁置在城下，现在无论大小一并取来！”

守卒连忙将城下的巨木运来，朱燮元亲自指点，以长木为杆，短木为轴，轴上已有粗绳，只要转动绳索拉动长杆，便可发射大炮。大炮中有千斤巨石，飞射出去，好似弹丸。这边装好大炮以后，那边的吕公车刚好抵达城下。

第一炮轰过去，击毁了车旁边的云楼；第二炮轰过去，不偏不倚，正好将中间那名披头散发的头目打倒。这名头目是全车的指挥，他一死车里的人一下子全都慌了手脚，不知该如何操作吕公车。朱燮元继续指挥守卒用大炮打牛，牛被击中以后纷纷掉头向回跑，将敌寇自己的队伍给冲散了。朱燮元抓住机会乘势出击，大杀了一阵后立即回城据守。

虽然吃了败仗，可奢崇明父子还是不肯退去。不一会儿，裨将刘养鲲入报说，敌寇将领罗乾象派部署孔之谭来投诚，说愿意弃暗投明。朱燮元叫孔之谭回去，令罗乾象前来。等到罗乾象来了之后，朱燮元便在城楼上和他喝酒，一直喝到酩酊大醉。然后朱燮元又招呼罗乾象在自己床上就寝，两人的鼾声此起彼伏，一夜无梦。

第二天，罗乾象见朱燮元对自己如此信任，感激不尽，发誓要以死相报。朱燮元于是和他约好，让他诱奢崇明登城，自己则设伏以待。罗乾象离开后，果然当晚就带着奢崇明登上了城楼，不久有一个人攀着云梯而上，这时，守兵也开始不对劲起来。奢崇明料知有备，立马转身逃去，等到，伏兵追出来的时候，只抓住了奢崇明的几名随从。罗乾象随即一把火将奢崇明的营帐全烧了，奢崇明父子在仓皇中逃去了泸州，成都之围随即被解，罗乾象也率众人前来投降。

朱燮元随即向朝廷报捷，朝廷提拔他为四川巡抚，后来朱燮元又接连收复四十多座州县，乘胜攻打重庆。

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