到了神宗末年，朝中党派纷争不断，有宣昆党、齐党、楚党、浙党等名目。汤宾尹、顾天埈是宣昆党的首领，亓诗教、周永春、韩浚、张延登是齐党的首领，官应震、吴亮嗣、田生金是楚党的首领，姚宗文、刘廷元是浙党的首领，四党联合起来视东林党为仇敌。后来叶向高、赵南星、高攀龙等人掌管朝纲，四党的气焰方才渐渐衰落下去。

歙县人汪文言和叶向高志同道合，被叶向高引入内阁做了中书。韩爌、赵南星、左光斗、魏大中等人都和汪文言往来甚密。当时桐城人阮大铖与左光斗是同乡，左光斗打算举荐他为吏科给事中，赵南星、高攀龙等人认为阮大铖为人浮躁，不能胜任，将他改去了工科，另外任用了魏大中为吏科给事。阮大铖因而和左光斗、魏大中有了隔阂，暗中托傅櫆弹劾汪文言与左光斗、魏大中朋比为奸，魏忠贤于是假传圣旨下令将汪文言逮捕下狱。

吏、工两部虽然地位相等，但还是有分别的，阮大铖却因此谋害左光斗、魏大中，真是小人之心。幸好镇抚司刘侨听从了御史黄尊素的话，只将汪文言杖责除名，没有牵扯到左光斗和魏大中。魏忠贤正恨东林党人，本想借此机会铲除几个，偏偏刘侨破坏了他的大好机会，魏忠贤于是将刘侨削籍除名，改用许显纯继任。御史梁梦环知道魏忠贤的意思，就又上奏弹劾汪文言，魏忠贤于是再次将汪文言逮捕下狱，令许显纯审理此案。

许显纯是魏忠贤门下有名的走狗，自然会极力顺从魏忠贤的意思，不但拷打汪文言，还把赵南星、杨涟、左光斗、原巡抚凤阳都御史李三才等二十多人也牵连在内。神宗在位期间，李三才曾出抚凤阳，镇淮十年，颇得民心。但李三才因为为人豪放、不拘小节、党同伐异，因此触怒了魏忠贤。不过李三才倒也会见机行事，屡次请求辞官，十五次递上奏折朝廷都不许，李三才于是自行离开了。

王绍徽的《点将录》中也写进了李三才，绰号叫“托塔天王”。魏忠贤曾将《点将录》呈给熹宗看，熹宗看到托塔天王四个字，不明白什么意思。魏忠贤就在一旁解释说：“古时候有托塔李天王，能随心所欲地移塔。李三才善于蛊惑人心，能使人人归附，不是和托塔天王一样吗？”熹宗听了只是微笑着没有说话。

这次李三才被牵扯进案子，魏忠贤就诬陷他受贿，目无法纪。可是贿赂哪里来的呢？魏忠贤想了又想，就把移宫案加在了这几个人身上。

大理寺丞徐大化给魏忠贤献策说：“李选侍移宫一事皇上也是赞成的，哪来的赃物？倒不如说他收了杨镐、熊廷弼等人的贿赂，那还说得过去。而且封疆一事关系重大，就算把他们都杀了，后人也不会质疑呀！”

魏忠贤大喜，便嘱咐徐大化照计上奏，一面令许显纯照奏审问。

许显纯对汪文言加以酷刑，让他诬陷杨涟、熊廷弼等人，汪文言始终不肯，直到后来再也忍受不了了，方才看着许显纯说：“我说的和你想的总是不一样，你到底想怎么样？我依你就是了。”

许显纯这才下令停止行刑，汪文言忍痛跳起来，扑倒案上厉声说：“冤枉啊！杨涟和熊廷弼坦白无私，怎么可能贪赃受贿？我宁死也不敢诬陷他们。”

说完，汪文言扑倒在地上。

许显纯知道他不肯招供，索性自己拿起纸笔，打算捏造汪文言的供词。这时，汪文言张开眼睛说：“你不要乱写！他日我可是要与你对质的。”

许显纯被他这么一说，倒也不敢再下笔，只好令狱卒将汪文言带了下去。

当晚，汪文言被打死，许显纯伪造了供词呈上去，说杨涟和熊廷弼每人贪赃两万两金银，魏大中贪赃三千，御史袁化中贪赃六千，太仆少卿周朝瑞贪赃一万，陕西副使顾大章贪赃四万。魏忠贤拿到伪证，立即派人抓捕六人下狱，由许显纯审讯，滥用私刑拷打。六人被打得血肉模糊，还是都不肯承认。

左光斗在狱中说：“魏忠贤想杀我们，不外乎两个法子，一个就是我们不肯招供，被活活打死，或者半夜派狱卒将我们偷偷害死，等我们死了以后，以病死上报。据我看，同样是一死，不如暂时妥协，等我们被移交法司定罪的时候再辩白，这样的话或许还能重见天日。”周朝瑞、魏大中等人也深以为然。于是再审时，几人都承认了。

可是魏忠贤阴险得很，不但不将他们移交法司，还让许显纯继续追赃，左光斗几人这才后悔自己失算，可是已经来不及了。就算移交给法司，又怎么可能有重见天日的机会？

过了几天，杨涟、左光斗、魏大中都被狱卒害死了，左光斗、魏大中死的时候全身体无完肤，杨涟死得更惨，先是土囊压身，接着是铁钉穿耳，魏忠贤最后仅用血衣将他包裹扔进了棺材。

又过了一个月，袁化中、周朝瑞也被害死，只有顾大章还活着。魏忠贤觉得东林党大势已去，就将顾大章移交给镇抚司定罪。顾大章已经死得差不多了，料知自己活不长，便把弟弟顾大韶叫来狱中和他诀别，凄惨地说：“我岂可再次入狱？今天就和弟弟永别了。”顾大韶哭着出去后，顾大章就悬梁自尽了。

在杨涟等人被捕后，狱中忽然生出了黄芝，光彩夺目，正好有六瓣。顾大章感叹说：“黄芝本来是祥物，屈辱生长在这里，不就是我六人的象征吗？”

后来的确如顾大章所言，后人将他们六人称为“六君子”。

六人死后，魏忠贤继续让抚按追赃，左光斗的哥哥左光霁被连累自尽，左光斗的母亲在痛苦中去世，家毁人亡。魏大中的长子魏学洢知道父亲去世的消息后悲痛欲绝，强打精神将棺材拉到故乡埋葬，之后每天哭泣，不吃饭也不喝水，就这样去世了。赵南星、李三才也被削籍，不久，赵南星又被派去很远的地方戍边，后来病死在那里。

吏部尚书崔景荣心怀不忍，在六君子还没有死的时候，曾请魏广微谏阻。魏广微还算有些良心未泯，听信了崔景荣的话，上了一道解救的奏折，结果惹得魏忠贤大怒。魏忠贤将魏广微召入私宅，当面呵斥，魏广微汗流浃背，忙拿出崔景荣的手书，表明心迹，可魏忠贤还是大骂不止。

魏广微出来之后，连忙上奏辞官，崔景荣也和他一起先后去职。内阁大臣中像朱国桢、朱延禧等人虽然不曾反对过魏忠贤，但也不肯极力奉承，只好相继离开，魏忠贤于是引用了周如磐、丁绍轼、黄立极为礼部尚书，冯铨为礼部侍郎，入内阁办事。

丁绍轼与冯铨都和熊廷弼有过节，就以杨镐和熊廷弼等人贪赃坐罪，不杀熊廷弼不足以服众为名，将熊廷弼斩首，并将首级拿到边境示威。可怜一员朝廷良将，竟然因为触怒了太监就死得如此不明不白。

御史梁梦环上奏说熊廷弼贪污了十七万两金银，刘徽又说熊廷弼的百万家产都应该充军，魏忠贤一概照准，命锦衣卫搜熊廷弼的家。熊廷弼的儿子熊兆珪受不了迫害，只好自刎，整个家族被洗劫一空。蔡应阳为熊廷弼喊冤，被魏忠贤严惩，孙文豸、顾同寅作诗歌颂熊廷弼，被以诽谤罪斩首。编修陈仁锡、修撰文震孟因为与熊廷弼同乡，也都被削籍。真是：

逆予者死顺予生，

辗转钩连大狱成。

一部古今廿四史，

几曾似此敢横行。

我不屑于指责小人，却不忍心谈及六君子。古人说：“国家有道，要正言正行；国家无道，要正直，但说话要随和谨慎。”古人还说：“大臣侍奉君主要靠道义，要是没有用就适可而止。”或许，现在正是忠臣志士应该隐居山林的时候。天下之事物极必反，也许静待时日，将来会有贤君出世，到时候再出来也不迟。现在群臣一时激愤，酿成大狱，等怀宗继位的时候朝野已经没有人可用了，那国家不就亡了吗？君子自取灭亡事小，但要是因为自己导致了亡国，那罪过就大了。有人说明朝不是灭在奸党手里，而是亡在正人君子手里。这句话虽然言之过甚，但是责备当时君子的意思却没错。

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