乔允升没法再推脱，只好与曹于汴打开布囊，按照奏折上的名字列出一张名单，然后呈给怀宗审核。怀宗亲自裁夺，将这些人分为七等。

首贼是魏忠贤、客氏，按罪凌迟处死；接下来是同谋，崔呈秀、魏良卿、侯国兴等六人，按罪立即处斩；再接下来是和魏忠贤勾结的内侍，刘志选、梁梦环、倪文焕、许显纯等十九人，按罪秋后处斩；魏广微、周应秋、阎鸣泰、杨维垣等十一人勾结内侍，魏志德等三十五人阿谀奉承，按罪一律充军；太监李寔等十五人也被发配充军；顾秉谦、冯铨、王绍徽等一百二十八人，按罪关押三年；罪情最轻的是黄立极等四十四人，他们是和内侍有关的，一律革职回乡。怀宗将这两百多名罪犯的姓名全部列出来，将他们的罪状公告天下，并令刑部照章办事，不得有误。

就这样，两百多名和魏忠贤案有关的犯人全部得到处置。

怀宗的生母刘贤妃在生前就已经失宠，死后葬在西山。怀宗当时五岁，不知道母亲的坟地在哪，后来渐渐长大，问了身边的人才知道。

怀宗即位后，追尊生母为孝纯皇后。因为东李庄妃抚养有恩，怀宗也特地奉上封号，并赐庄妃的弟弟李成栋一千顷庄田。怀宗尊大行皇帝为熹宗，尊熹宗的皇后张氏为懿安皇后，立周氏为自己的皇后，册封田氏、袁氏为妃，然后任袁崇焕为兵部尚书，督师蓟、辽。

袁崇焕来到京城，怀宗问他平辽的方略，袁崇焕说：“愿陛下允许臣自己做主，五年就可以收复全辽。”怀宗心里大喜，又询问了几句才让袁崇焕退下。

给事中许誉卿问袁崇焕说：“五年之期，真的可以实现诺言吗？”

袁崇焕说：“皇上为了辽东的事情忧心忡忡，我这是为了安慰他。”

许誉卿说：“圣上英明，怎么能随意蒙骗？要是五年之后不能收复辽东，你怎么复命呢？”袁崇焕低着头不说话了。

后来怀宗出来，袁崇焕又上前跪下说：“陛下既然将辽东的事情委托给臣，臣不敢推辞。但五年之内，请陛下让户部转运军饷、工部提供武器、吏部调配能人、兵部调兵遣将，一定要内外结合臣才能做到。”

怀宗说：“朕知道了，朕会传令四部大臣按照你说的办。”袁崇焕又建议怀宗谨慎用人，说一旦边关出现嫉贤妒能的官员就会坏事。

怀宗听了，站起来赐给袁崇焕尚方宝剑，说：“朕知道了，你不用担心。”

袁崇焕这才捧着尚方宝剑退下。

这时候，怀宗忽然接到福建巡抚熊文灿的奏折，说海盗郑芝龙已经被招降，请怀宗降恩授职。

郑芝龙是泉州人，父亲叫郑绍祖，是泉州的库吏。一次，太守蔡善继因公外出，突然被一颗石子打中了额头，于是命人追查。不一会儿卫兵抓到一个幼童复命，蔡善继便问他叫什么名字，幼童说自己是库吏郑绍祖的儿子郑芝龙。而郑绍祖知道儿子闯祸后急忙来向蔡善继请罪，正巧碰上郑芝龙从太守府出来，说自己已经被太守释放了，郑绍祖不明就里，进去向太守叩头请罪。

蔡善继笑着对他说：“郑芝龙就是你的儿子？我见他相貌非凡，将来必定会大富大贵，现在犯点小错我也不至于要降他的罪，现在已经放他回去了。”郑绍祖这才叩谢回家。后来蔡善继离职，郑绍祖也病逝了，郑芝龙一个人活不下去，竟然和弟弟郑芝虎流亡到了海岛，投到海盗颜振泉麾下，干起了烧杀抢掠的勾当。

颜振泉死后，海盗们群龙无首，想推选一个人为首领，但一时又不好决定。后来经过众人的商讨，决定由上天来决定谁做首领，于是就供起香案，在案前放了一斛米，然后把一柄剑插入米中，每个人轮流上前拜祭，剑要是从米堆里掉了出来，就推举那个拜祭的人为海盗头子。

说来也奇怪，其他海盗拜祭的时候剑一动不动，偏偏轮到郑芝龙拜祭的时候，那把剑竟然一跃而出，落地有声。

众海盗于是遵从天意，推郑芝龙为首领，纵横海上，官兵都不敢与之抗衡。

福建的长官认为蔡善继对郑芝龙有恩，就将蔡善继调到泉州，让他招抚郑芝龙。郑芝龙还记得小时候的事，表示愿意投降，可郑芝虎却不答应。没办法，郑芝龙只好继续盘踞在海岛，以打劫为生。

后来福建巡抚朱一冯上任，决意要剿灭海岛，就派都司洪先春从水路出师，把总许心素、陈文廉从陆路出师，两路夹攻，以为这下一定可以消灭郑芝龙。谁知陆军失手，只有洪先春的水师进攻海岛，白天打了一仗，胜负相当，晚上郑芝龙绕到洪先春身后偷袭，前后夹击，害得洪先春瞻前顾后，拼了命才逃脱。郑芝龙也不追赶，只抓住了一个卢游击，命人好好看待，后来又将他释放了。

朝廷撤去朱一冯，改任熊文灿。熊文灿到任后，好生安抚了郑芝龙，并许诺他说归降以后，仍然可以统辖原来的地方，不过要将海盗变成海防。郑芝龙于是率众人归降，熊文灿当即上奏朝廷。给事中颜继祖说，郑芝龙既然已经归降，就应该封他做官，让他报效朝廷。怀宗准奏，当下令熊文灿照办。熊文灿将圣旨给郑芝龙看，郑芝龙也答应了。当时海盗很多，李魁奇、钟彬、刘香老等人都是著名的海盗头子，郑芝龙先打败了李魁奇，李魁奇逃到广东，被郑芝龙追过去，一炮轰毙。

接着郑芝龙围剿钟彬，钟彬死在了逃亡的路上。熊文灿上奏请朝廷论功行赏，朝廷于是封郑芝龙为游击。郑芝龙得了官职，再次出击刘香老。刘香老做海盗很多年了，势力范围很大。郑芝龙和他在海上角逐，是旗鼓相当，针尖对麦芒。刘香老觉得郑芝龙是个劲敌，不如改去广东。朝廷升任熊文灿为两粤总督，熊文灿还是用老办法招抚，命守道樊云蒸、巡道康永祖、参将夏之本、张一杰等人一同前往招抚。偏偏刘香老不从，还把四人扣住了，急得熊文灿上蹿下跳，忙调郑芝龙到广东相助，一起进攻田尾远洋。

刘香老见福建和广东联手，料定自己不是对手，就胁迫樊云蒸出来制止来兵。樊云蒸在船头大喊说：“我誓死报国！你们要努力奋战，将他们一举歼灭！千万不要错失良机啊！”说完，樊云蒸就被海盗杀死了。

参将复之本、张一杰等人知道自身难保，索性夺过刀奋战。郑芝龙见敌船大乱，马上飞身一跃，跳到敌船上面，部下也依次跳了上去，一下子把所有的海盗杀得精光，把康永祖、夏之本、张一杰救了出来。刘香老再也支撑不住，只好纵火自焚，与自己坐的那条船同归于尽。真是：

海上横行已有年，

一朝命绝总难全。

杀人寻亦遭人杀，

果报循环自有天。

刘香老自尽后，海盗顿时偃旗息鼓，郑芝龙因此得以升任副总兵，至于后事如何，我们下章再叙。

魏忠贤恶贯满盈，让人恨得咬牙切齿，但他不及王莽的伪恭，不及曹操的奸诈，无勇也无谋，只是一个太监。所以崇祯帝初登大位就能不假手于他人，将魏忠贤诛杀，可见当时的朝野之上，除了杨涟、左光斗等人外，其他人大多都卑鄙龌龊，毫无廉耻之心。魏忠贤得势，他们就依附魏忠贤，魏忠贤失势，他们就弹劾魏忠贤，杨维垣就是个典型的例子。可惜杨涟、左光斗等人正直有余，却不会委曲求全，所以都遭到陷害。郑芝龙是个海盗，不容易被驯服，但他也不是完全不能为我所用，从他击杀群盗来看，他也算是一位善战的将士，但是他也只能做裨将，不能给他特权，若他一直都只是游击副总兵，也就不至于发生后来的事了。