徐光启还写了《日躔历指》《测天约说》《日躔表》《割圜八线表》《黄道升度》《黄赤道距度表》《通率表》等书，他翻译的《几何原本》一书，至今仍流传在世，早已经成为名著。

利玛窦于崇祯三年病死在京城，怀宗将他赐葬在阜城门外，利玛窦的墓前有一方晷石，上面刻着铭词作为纪念，铭词共十六个字，分为四句，前两句是“美日寸影，勿尔空过”，后两句是“所见万品，与时并流”。

徐光启于崇祯六年逝世。清帝入关后，汤若望等人仍然在清朝廷做钦天监，这是后话，这里就不详述了。

袁崇焕奉命赶赴辽东，修城筑堡，屯田练兵，规划了一年多后，取得了很大的成效。只是毛文龙镇守东江，时间久了，免不了有些桀骜难驯，不服袁崇焕的管制。袁崇焕早就想除去毛文龙，正好毛文龙前来谒见，袁崇焕于是以礼相待。

谁知毛文龙丝毫不谦让，居然和袁崇焕对坐谈天、分庭抗礼。

袁崇焕大致谈了几句后就下了逐客令，接着借阅兵为名径直来到东江，在双岛停泊战船。毛文龙照例前来迎接，袁崇焕却格外谦和，留他在船上宴饮。

两人说了很久才谈到军务，袁崇焕说自己打算改编营制，另设监司。毛文龙听了心里一沉，认为东江岛本来荒凉，全仗自己招集难民，苦心经营才有了今天的局面。现在袁崇焕硬要插手东江岛，毛文龙怎么会肯？他当即将前因后果说了一遍，并说岛上的百姓都是恩义相连，不便另行编制。

袁崇焕微笑着说：“我也知道您劳苦功高，但如今内忧外患，朝中大臣又未必会体谅我的苦衷，我是奉皇上的特旨不得已才来此，为了您着想，您还是辞职回乡好好清闲几年吧。”袁崇焕现在还是不想杀毛文龙。

毛文龙听了勃然大怒道：“我也有这个意思，但是后金的事情还没有办好，眼前通晓边务的人又很少。照我看，先平后金，再夺朝鲜，到时候扬名立万了，我再归去也不迟啊！”

说到这里，毛文龙放声大笑起来。袁崇焕默然无语，勉强和他喝了几杯后，就命左右收拾残局，毛文龙也随即告辞。

临别前，袁崇焕约毛文龙，第二天去山上比试射箭，毛文龙欣然接受了袁崇焕的挑战。

第二天一早，袁崇焕召来将校，向他授予密计，然后趁着晨光熹微率众人上山，一面派人去催毛文龙。

毛文龙还在呼呼大睡，听说袁崇焕派人来请了，只好起床梳洗，等吃过早点，袁崇焕已经派人来催过好几次了。毛文龙当下穿好衣服带好帽子，匆匆带着护卫上山。

袁崇焕早就在等着毛文龙了，毛文龙刚想上前参见，却被袁崇焕握住了手，笑容可掬地说：“不必多礼！一起上山吧！”毛文龙于是跟袁崇焕一起上山，两人并行向山上攀登而去。

护卫想跟上去，却被袁崇焕的手下拦住了，不让他们随行。

当袁崇焕和毛文龙走到半山腰的时候，袁崇焕突然对毛文龙说：“我明天就要回去了，今天是特地来向你辞行的。您杀敌平寇，屡建奇功，理应受我一拜。”

说着，袁崇焕竟真的拜了下去，吓得毛文龙连忙答礼。拜完之后，袁崇焕又拉着毛文龙同行。

然而，到了帐中，袁崇焕却忽然脸色一变，说：“谢参将何在？”

谢尚政应声而出，袁崇焕将毛文龙一推，说：“我将此人交给你了。”

这时，谢尚政身后跳出好几个健将，将毛文龙拿下了。

毛文龙大喊道：“我犯了什么罪？”

袁崇焕说：“你的罪不下十条，本部院奉命到此改编营制，你却抗旨不遵。违背我还是小事，但你眼里没有皇上，这一条就足以将你斩首了。”

毛文龙现在就像案板上的鱼肉，任人宰割，只好叩头求饶。

袁崇焕说：“不要再白费口舌了，你已经死罪难逃。”说完，面朝北边跪下行三跪九叩礼，接着，请出尚方宝剑交给谢尚政，令他将毛文龙推出去斩首。

不一会儿，谢尚政就捧着毛文龙的首级进来了，袁崇焕随即传令下山，他对毛文龙的部下说：“我只追究毛文龙一人，其他人无罪。”接着传唤毛文龙之子毛承祚到面前，对他说：“你父亲背叛朝廷，所以我才将他正法。你本来无罪，好好镇守此处吧！虽然我因为公事杀了你父亲，私下里却很想念他。要是你能立功的话，我一定极力保荐你。”

说到这里，袁崇焕又召来副将陈继盛，让他辅佐毛承祚镇守东江，又将毛文龙原来的部下分为四协，最后还到毛文龙灵前哭奠了一番，这才下船回去。

袁崇焕的所作所为全是做作，如何让人敬服？

接着袁崇焕将斩杀毛文龙一事上奏了朝廷。怀宗虽然惊疑，但想到毛文龙已死，袁崇焕又刚刚上任，只好将此事作罢。

毛文龙有两个义儿，一个叫孔有德，一个叫耿仲明。两人素来深受毛文龙的恩惠，到了此时，便想为毛文龙报仇。他们将“忠君爱国”抛到脑后，竟然私自和清兵通和言好，表示愿意做清兵的前驱铲除袁崇焕。

这么好的事，清兵自然求之不得，于是就让他们继续留在东江，表面上归顺明朝，暗地里却相助后金，作为牵制袁崇焕的后盾。清太宗自己则率大军，让蒙古喀尔沁的布尔噶图做向导，兵分两路大举攻入龙井关，一路进攻洪山口，一路进攻大安口，两地全都手到擒来，清太宗长驱直入，浩浩荡荡地杀到遵化。

朝廷派山海关调兵支援，袁崇焕奉命出师，派总兵赵率教为先锋，自己则率大军做后应。赵率教连夜赶往遵化，来到三屯营的时候，发现清兵已经把三屯营围得水泄不通。可赵率教不顾利害，凭着一腔忠愤就杀入了清兵的阵营。清兵先闪出一条路让赵率教入阵，接着从两翼围拢，把赵率教困在了中心。

赵率教左冲右突，杀死了很多清兵，但清兵越来越多，赵率教的孤军却越战越少。赵率教满心以为三屯营的士兵会来相救，谁知三屯营的守将朱国彦因为害怕有清兵混入，竟然紧闭营门，拒绝支援赵率教。赵率教好不容易杀到三屯营，声嘶力竭地喊了半天朱国彦也不开营门，弄得赵率教进退无路，只好向西高喊道：“臣尽力了！”然后举剑向脖子上一横，当即殉国，全军覆没。

接着，清兵又乘胜进攻三屯营，朱国彦知道自己守不住，竟与妻子张氏一起悬梁自尽，前后都是一死，之前为何不救赵率教呢？

三屯营失陷，遵化自然也被围攻。

巡抚王元雅率领保定推官李献明、永平推官何天球、遵化知县徐泽、前任知县武起潜等人在城内死守了好几天。怎奈清兵人多势大，援兵又久久不来，这么大一个孤城哪里守得住？只好眼睁睁地看着城池被陷。

朝廷众臣听到遵化失守，全都大惊失色，吏部侍郎成基命请怀宗任用孙承宗督兵御敌，怀宗深以为然，随即任命孙承宗为兵部尚书，兼中极殿大学士，去通州视师；并命成基命为礼部尚书，兼东阁大学士。孙承宗奉命带着二十七个人来到通州，与保定巡抚解经传、总兵杨国栋等人整修防具，修缮城防，做好共同抵御清兵的准备。

当时勤王诏书已经下达，宣府、大同等地都派兵前来支援，但是各路兵马见了清兵都畏缩不前，甚至半途而废。清太宗接连攻破了蓟州、三河、顺义，直扑大明京城。

幸好总兵满桂被袁崇焕派来德胜门，在德胜门外扎下大营。满桂也是一员猛将，见到清兵到来，立即率领五千骑兵与清兵交战起来，打了半天都不分胜负，直到城上的守将发炮助威，清兵才溃败而去，但满桂手下的士兵也被炮弹轰死了几百名，连满桂自己也受了伤。

怀宗正派太监送来羊酒慰劳满桂，让他入城休息。忽然听说袁崇焕率领大军，和总兵祖大寿、何可纲等人前来护驾，怀宗大喜，立刻在平台召见了袁崇焕，对他好言嘉奖。

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