孝元皇帝刘奭，是宣帝的嫡长子，元帝的母亲是恭哀许皇后。宣帝身份卑微时，在民间生下刘奭。刘奭在二岁时，宣帝继承大统，登上皇位；刘奭在八岁时，被立为皇太子。待到刘奭长大成人，性格显得柔弱而好儒学。刘奭看到宣帝重用的大臣，均是一些精通法律的文吏，以刑名来治理国家，大臣杨恽、盖宽饶等人，因为说了一些不合时宜的话，被判为有罪而杀头。于是在家宴间隙，刘奭向宣帝进言：“陛下持刑太重，应该多用些儒生。”宣帝听了此番话，勃然变色，宣帝说：“汉家治理国家有自己的一套制度，霸道与王道兼而用之，怎么可以仅采用儒家的仁德，以周礼来治理国家！况且俗儒不通时务，喜欢以古非今，用名实来迷惑世人。等到处理具体问题时，需要临机应变，却不知道该如何应对，对他们怎么能委以重任！”宣帝叹道：“将来乱我汉家天下的，一定是太子！”因此就有了疏远太子、亲近淮阳王刘钦的想法。宣帝说：“淮阳王刘钦明察事理，好法家学说，做事情像我。”淮阳王母亲张倢伃在当时也正在受到宣帝的宠幸。宣帝有了让淮阳王刘钦代替太子的想法，但是又想到自己在年少时得到过许家很多照顾，宣帝是在卑微时继承帝位，最终没有为此而改变主意。

黄龙元年（公元前49年）十二月，宣帝驾崩。癸巳，太子刘奭继承皇帝位，谒高庙。尊上官皇太后为太皇太后，尊邛成王皇后为皇太后。

元帝初元元年（公元前48年）春天正月辛丑，元帝将孝宣皇帝安葬在杜陵。赏赐诸侯王、公主、列侯黄金，赏赐二千石以下官吏钱帛，多少不等。而后大赦天下。三月，元帝封邛成皇太后的哥哥侍中中郎将王舜为安平侯。丙午，元帝立王氏为皇后。将三辅、太常、郡、诸侯国掌握的国家公田和苑囿拿出来，帮助贫苦农民发展生产，对家产不足千钱的贫民，由政府贷给种子、粮食。元帝封外祖父平恩戴侯许广汉同父异母弟的儿子中常侍许嘉为平恩侯，奉祀戴侯的家庙。

元帝初元元年夏天四月，元帝下诏说：“朕继承先帝的伟业，得以奉祀宗庙，常有战战兢兢之感。近些时，地震多次发生，这是上天在向朕提出警示，要找一下原因。现在正是农忙时节，朕担心百姓失业，当面嘱托光禄大夫褒等十二人到各郡、诸侯国巡查，慰问老年人，慰问鳏寡孤独者，慰问生活无着的贫苦百姓，招贤纳士，举荐贤良，留意风俗教化。诸侯国相、郡太守与二千石官吏要兢兢业业，恪尽职守，向百姓宣明教化，亲近百姓，天地间的关系和谐了，就不会再有值得烦忧的事情。《尚书》中不是说‘股肱大臣得力，诸事不必担心！’布告天下，让百姓知道朕的心意。”又下诏说：“崤山以东各郡、诸侯国今年的粮食收成不好，百姓中多有饥困者。诏令郡、诸侯国受灾严重的地区免除今年赋税。属于少府管辖的江海湖沼园池，开放给平民百姓，不要收取赋税。赏赐宗室有属籍的成员一匹到八匹马，赏赐三老、孝子布帛五匹，悌者、力田布帛三匹，赏赐鳏寡孤独者布帛二匹，官吏、百姓，每五十户，赏赐牛酒。”

元帝初元元年六月，百姓因为瘟疫，有很多人患病，元帝诏令太官令减少膳食用费，减少乐府中的冗员，减少苑囿中的马匹，用以赈济贫苦百姓。

元帝初元元年秋天八月，朝廷在上郡属国安置的匈奴，有一万余人重新逃回匈奴。

九月，崤山以东有十一个郡、诸侯国发生洪灾，出现大面积饥荒，有人吃人的情况出现，元帝调集其他郡县的钱、粮进行赈济。元帝下诏说：“近日阴阳不调，黎民百姓遭遇饥寒，民不聊生，是朕的德能不够，不应该住在先帝宫室。诏令不常用的皇家宫馆，不要再进行维护，太仆令减少粮食喂马，水衡令减省上林苑中猛兽的食肉量。”

元帝初元二年（公元前47年）春天正月，元帝巡幸抵达甘泉宫，郊祀泰一庙。赏赐云阳县的百姓民爵一级，女子每百户，赏赐牛酒。

二月立弟弟刘竟为清河王。

三月，立广陵国厉王刘胥的太子刘霸为诸侯王。

元帝下诏黄门令不再管辖乘舆狗马，将水衡令管辖的苑囿、宜春下苑、少府佽飞令管辖的外池、严蘌（yù）池、田地交于贫民耕种、使用。元帝下诏说：“人们常说，贤圣的君王在位，阴阳协调，风调雨顺，日月光明，星辰安静，天下安宁，百姓得以享受天年。现在朕继承帝位，位在诸侯王、列侯之上，明不能烛，德不能绥，灾祸连年不断。二月戊午，陇西郡发生地震，震毁太上皇祭庙中的殿宇墙壁和木器饰品，毁坏豲道城中的官府和百姓的房屋，地震压死了人。山崩地裂，水泉涌出。天降灾祸，朕和大臣们对此非常震惊。国家出了问题，才会有这样的灾祸。朕日夜战战兢兢，思虑灾祸发生的原因，内心哀痛，问题究竟出在哪里？近几年粮食连年歉收，百姓饥困，啼饥号寒，有些人触犯法律，朕深感哀伤。震灾严重的地区，免除今年赋税。大赦天下。有可以取消、或者减省、以及对百姓有利的措施，要提出来，不要隐瞒。丞相、御史大夫、中二千石官员举荐茂材，举荐考核政绩优秀，敢于直言，提出谏言的士人，朕还要亲自考查。”

元帝初元二年夏天四月丁巳，元帝立刘骜为皇太子。赐御史大夫关内侯爵，赐中二千石官员右庶长爵，天下百姓继承父业的长子，赐民爵一级，赐列侯每人二十万钱，赐五大夫每人十万钱。

元帝初元二年六月，崤山以东各郡、诸侯国发生饥荒，齐地有人吃人的情况。秋天七月，元帝下诏说：“连年灾荒，民有菜色，令人哀痛。已经诏命官吏开放粮仓，打开府库，赈济百姓，赐予贫寒者衣物。今年秋季的麦苗长势不好。一年中两次发生地震。北海郡大水泛滥，淹没溺毙人民。阴阳不调，问题究竟出在哪里？公卿大臣，你们忧虑吗？提出朕做得不够的地方，不要隐瞒。”

元帝初元二年冬天，元帝下诏说：“国家兴旺，应该尊师重教。前将军萧望之曾经辅导朕八年，指导朕学习经书，功勋卓著。赐萧望之关内侯爵，食邑八百户，特准许每月只在初一、十五上朝。”

元帝初元二年十二月，中书令弘恭、石显等谮毁萧望之，萧望之被迫自杀。

元帝初元三年（公元前46年）春天，元帝诏令：诸侯国相的职务在郡太守以下。

珠崖郡山南县造反，大臣们廷议。待诏贾捐之谏言，应该放弃珠崖郡，当务之急是赈济受灾饥困的百姓。于是朝廷撤销了珠崖郡。

元帝初元三年夏天四月乙未晦，茂陵县白鹤馆发生火灾。元帝下诏说：“前些时，孝武陵园发生火灾，朕战栗恐惧。不知为什么会发生这样的灾祸，责任在朕躬。大臣们不肯讲出朕的过失，以至于有这样的事情发生，怎么办呢！百姓频频遭受厄运，不能及时地得到赈济，酷吏还要对他们进行摧残，用法律条文来网罗他们，致使有些人不能善终，朕可怜他们。大赦天下。”

元帝初元三年夏天，大旱。元帝立长沙国炀王刘旦的弟弟刘宗为诸侯王。封原海昏侯刘贺的儿子刘代宗为列侯。

元帝初元三年六月，元帝下诏说：“人们常说，安民之道，源于阴阳。这一向阴阳错谬，风雨不调。是朕的仁德不够，希望群臣敢于讲出朕的过失。可是不然，朝中群臣为人世故，不肯直言，朕很哀伤。想到百姓还在忍受着饥寒之苦，还要远离父母妻子，去做与农事无关的事情，警卫没有人居住的宫殿，这些都不附和阴阳之道。撤销甘泉宫、建章宫卫士，让他们回家务农。百官要俭省费用。逐条上奏，不要隐瞒。有关部门要负责，不要违背时令，做不应该做的事情。丞相、御史大夫举荐天下懂得阴阳灾异的人，各举荐三人。”提出建议的人多起来，他们被引见给元帝，所提谏言顺着元帝的想法说话。

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