董仲舒在诸侯国担任国相，从《春秋》中的灾异变化，推演阴阳运行，因此在求雨时，制止各种阳，放纵各种阴，阻止下雨时则用相反的方法；在江都国推行这种方法，很灵验。中途改任朝廷的中大夫。此前辽东郡的高庙、长陵（高帝的陵寝）园中的祠庙发生火灾，董仲舒在家中推演，说明火灾原因，写出奏书，还没有呈递上去，主父偃来看望董仲舒，看到了奏书，心生妒忌，遂将董仲舒的奏书送给武帝看。武帝召集各位儒生讨论，董仲舒的学生吕步舒不知道这是老师写的，认为奏书中的内容荒谬。武帝于是将董仲舒逮捕，交予有关部门，按照汉朝法律判处死罪，武帝下诏予以赦免。以后董仲舒再也不敢随便谈论关于灾异的事情。

董仲舒为人廉洁、正直。当时武帝正在对周边的蛮夷用兵，公孙弘对于《春秋》的研究不如董仲舒，但公孙弘善于阿谀逢迎武帝，在朝中担任公卿。董仲舒认为公孙弘只懂得阿谀谄媚，公孙弘嫉恨董仲舒，胶西王刘端是武帝的哥哥，作为诸侯王，也是骄横无比，几次害死诸侯国中的二千石官员。公孙弘于是向武帝推荐：“只有董仲舒到胶西国担任国相，才能够履行好职务。”胶西王刘端知道董仲舒是一位大儒，优待董仲舒，董仲舒担心时间久了也会获罪，最后还是以有病奏请免职。前后在两个诸侯国担任国相，两位诸侯王都是骄横跋扈，董仲舒以自己的正直率身垂范，为下属做出表率，多次向诸侯王提出诤言，在诸侯国内推行教化，两个诸侯国治理的都很好。等到离任回家，没有考虑过添置家产，只是著书治学，以此作为生活中追求的目标。

董仲舒在家中，朝廷如果有大的决策，仍然会派出使者、或者廷尉张汤亲自到家中来咨询，董仲舒的回答都能够在典籍中找出依据。武帝刚继位时，魏其侯窦婴、武安侯田蚡在朝中先后担任丞相，开始推崇儒学。到了董仲舒回答武帝的策问，汉朝正式确立以孔子的儒家学说作为国学，罢黜百家，在各郡县设立文学官员，各州郡开始举荐茂材孝廉。这些措施，均来自于董仲舒在策问中提出的谏言。董仲舒年老后，在家中寿终正寝。家眷后来迁至茂陵（武帝的陵寝）县居住，董仲舒的儿子及孙子均是以学问做到大官。

董仲舒的著述，解释经学主旨的，向朝廷递上去的奏书，担任诸侯国相时颁发的教令，共有一百二十二篇。解说《春秋》时发生的事情，以及成败得失，《闻举》、《玉杯》、《蕃露》、《清明》、《竹林》这一类的文章，有几十篇，达十几万言，都流传了下来。选其中能够切中时弊的对策，收录在传记中。

赞辞如下：刘向认为：“董仲舒有王佐之才，商代的伊尹，周代的吕望也不过如此，至于管仲、晏婴，只能辅佐春秋五霸，他们还有距离。”刘向的儿子刘歆则认为：“伊尹、吕望，辅佐圣人，没有他们，圣王的事业难以获得成功。颜渊死后，孔子说：‘唉！天要亡我啊。’意思是说颜渊称得上是王佐之才，其他的弟子宰我、子贡、子游、子夏还不行。董仲舒恰逢汉朝继承秦朝毁弃百家学说之后，《六经》遭遇厄运，董仲舒发愤读书，潜心钻研，为以后的学者奠定了儒学的至尊地位，是儒学的领袖，可是仔细考察董仲舒的老师、朋友，溯其渊源，应该还不如孔子的学生子游、子夏。认为管仲、晏婴比不上董仲舒，伊尹、吕望也超不过董仲舒，这些话有些过誉。”到了刘向的曾孙刘龚，刘龚也善于评价人物，刘龚同意刘歆的观点。