孙策听说曹公与袁绍相持在官渡，就策划偷袭许都；还没有行动，却被刺客杀死了。汝南郡投降的叛乱首领刘辟等人再度背叛，响应袁绍，攻掠许都一带。袁绍让刘备去援助刘辟，曹公派曹仁击溃他们。刘备逃走，刘辟的大本营也被攻破。

袁绍的几千辆运粮车到达；曹公采纳荀攸的计谋，派徐晃、史涣去截击。打败护送军队，把粮车一把火烧光。曹公与袁绍相持了几个月，虽然接连交战都杀了敌将，但是人少粮尽，士兵疲乏。曹公对搬运物资的人们说：“再过十五天我给你们打败袁绍，就不再劳累你们了！”

冬十月，袁绍又派车辆运送粮食；让淳于琼等五员将领带一万多军队护送，车队住宿在袁绍大营北面四十里处。袁绍的谋臣许攸贪财，袁绍不能满足他；许攸就跑来投靠曹公，因此劝说曹公去袭击淳于琼等护送的运粮车队。曹公左右的人对许攸产生怀疑，但是荀攸、贾诩两位谋臣则鼓励曹公这么干。曹公就留下曹洪守卫大本营，亲自率领步兵和骑兵五千人，乘黑夜出发。到达目的地时正好天亮，淳于琼等人望见曹公的兵少，在大营门外摆开阵势应战。曹公催兵急攻，淳于琼连忙退回营垒坚守，曹公继续进攻敌营。这时袁绍派来救援的骑兵也赶到了。左右的人中有的说：“敌人骑兵逐渐逼近，请您分兵去抵挡。”曹公发怒说：“敌人骑兵到了身背后，再向我报告！”于是士兵们都拼死战斗，把淳于琼等人打得大败，把他们全部杀死。

起初，袁绍听说曹公去袭击淳于琼，对大儿子袁谭说：“就算让他击溃淳于琼等人，我只要攻下他的大本营，他就没有归宿的地方了！”于是派遣张郃、高览进攻曹洪。张郃等人听说淳于琼被击败，就前来投降，这一来袁绍的人马完全崩溃。袁绍与袁谭丢下军队逃跑，渡过黄河，曹公派兵追赶没有赶上。缴获了袁绍所有的军事物资、图册文书、金银珍宝，俘虏了他的部下。曹公从缴获的文书当中，发现了许都官员和自己军队的人写给袁绍的信件，他下令把这些信件全部烧掉而不予追查。这时，冀州各郡原来受袁绍指挥的官员，纷纷前来献城投降。

此前，东汉桓帝时有黄星出现在楚、宋二国故地的分野。辽东郡的殷馗精通天文，预言：“五十年之后会有真命君主崛起在梁国和沛国之间，他的锋芒不可阻挡。”从那时到现在正好五十年，而曹公把袁绍击败，从此天下无敌了。

建安六年（公元 201）夏四月，曹公在黄河一线炫耀武力。出击袁绍在仓亭的驻军，取得胜利。袁绍回到冀州，重新收集被打散的士兵，攻击平定各个叛乱的郡县。

九月，曹公回到许都。在袁绍还没有被打垮的时候，他曾派刘备去攻掠汝南郡；汝南的叛乱首领共都等人响应刘备。曹公派蔡扬进攻共都，作战不利，被对方打败。曹公亲自南征刘备，刘备听说曹公要来，逃去投靠刘表；共都等人也都逃散。

建安七年（公元 202）春正月，曹公领兵到达故乡谯县。下达指令说：“我发动义军，是为天下铲除暴乱。可是故乡的人民，而今都快死光了。在县境内走一整天，也看不到一个过去认识的人，使我悲哀伤心得很！自我发动义军以来，将士中死绝了后代的，要寻找他们的亲戚充当继承人；分给田地，公家提供耕牛，设立学校请老师来教育他们。为活着的人修建祠庙，使他们有地方祭祀祖先。如果死者有灵，我死之后见到这些魂灵还会有什么遗憾啊！”

于是前往浚仪县，修治了睢阳渠；派使者用牛、羊、猪三牲祭祀桥玄。接着又领兵前往官渡。

袁绍自从军队被击溃之后，发病吐血；夏五月就死了，他的小儿子袁尚接替了他的权位。大儿子袁谭自称车骑将军，驻扎在黎阳。

秋九月，曹公出兵征讨他们，接连交战；袁谭、袁尚多次战败，退入黎阳城固守。

建安八年（公元 203）春三月，曹公挥兵攻击黎阳的外城；袁谭与袁尚出城应战，被打得大败，只好趁黑夜逃往邺城。

夏四月，曹公向邺城进军，五月，回许都，留贾信驻扎在黎阳。五月二十五日己酉，曹公下达指令：“兵书《司马法》上有‘将军作战败退要处死刑’的说法。所以赵括的母亲，请求赵王不要因儿子赵括打了败仗而连累自己受刑罚：可见古代的将军，如果在外面打了败仗，在家的亲属会连带受罪。自从我发号施令指挥将领出征以来，只是奖赏有功的人而不惩罚有罪的人，这不是国家正规的制度。我宣布：今后将领们出征，军队被打垮的要抵罪，作战失利的要削除官职爵位。”

秋七月，曹公又下达指令：“自从发生董卓之乱以来，已经十五年了。年轻的人看不到仁义礼让的风尚，我对此很感痛心。我命令：各个郡国，都要发展文化教育；居民满五百户的县，要建立学校，从各乡当中挑选优秀人才来接受教育。这样也许可以使古代圣王之道不至于荒废，从而有益于天下。”八月，曹公出兵征讨刘表，进军到西平县。当初曹公离开邺城南下回许都之后，袁谭和袁尚开始争夺冀州。袁谭被打败，逃到平原县城固守。袁尚挥兵猛攻平原，袁谭只好派辛毗到曹公处投降并搬救兵。将领们对此表示怀疑，荀攸则鼓励曹公答应下来；曹公就领兵退回，然后北上。

冬十月，曹公抵达黎阳，为儿子曹整聘娶袁谭的女儿为妻。袁尚听说曹公北上，赶忙解除了对平原城的包围，回到自己的大本营邺县。东平的吕旷、吕翔这时候背叛袁尚，驻扎在阳平县；带领部下投降曹公，两人被封为列侯。

建安九年（公元 204）春正月，曹公挥兵北渡黄河，又阻拦淇水，导入白沟，形成运送粮食的水上通道。二月，袁尚又出兵进攻袁谭，留下苏由、审配守卫邺县。曹公进军到洹水，苏由前来投降。大军抵达后，立即进攻邺县，筑土山，挖地道。袁尚的武安县长尹楷驻扎在毛城，以保持通往上党郡的运粮道路畅通。

夏四月，曹公留曹洪进攻邺县；自己率兵袭击毛楷，把对方击败后回来。袁尚的部将沮鹄据守邯郸，曹公又出兵攻克。易阳县令韩范、涉县县长梁岐献城投降，曹公赐他们关内侯的爵位。五月，曹公下令把先前筑的土山和挖的地道全部平掉，另外在邺县外围修筑围墙和深沟，然后挖开漳河引水淹城。城中被围困的人饿死一大半。

秋七月，袁尚赶回来援救，将领们都认为：“这是返回根据地的军队，人人都会拼死作战，不如避开他们。”曹公回答说：“袁尚如果从大路赶来，倒是应当避开；如果沿着西山赶来的话，就会成为我们的俘虏！”袁尚果然沿着西山赶来，并且临近滏水扎营。夜里袁尚派兵冲击曹公军队对邺县的包围圈；曹公予以迎头痛击赶走敌军，又指挥军队包围袁尚的军营。包围圈还没有合拢，袁尚害怕了，派了过去的豫州刺史阴夔和幕僚陈琳，前来请求投降；曹公拒绝他的请求，加紧包围。袁尚只好在夜晚逃跑，据守祁山。曹公派兵追击，袁尚的部将马延、张！临阵投降，袁尚军队彻底崩溃，他本人向北逃到中山国，曹公缴获了敌军的军用物资。得到袁尚的印绶、节杖和黄钺，并且让对方来投降的人拿起印绶等器物向袁尚的家属展示。这一下使得邺县城中的人精神崩溃士气沮丧。八月，审配的侄儿审荣，在夜晚打开所守卫的东门，让曹公军队进城。审配带领人马来迎战，失败，被活捉。曹公把他处死，邺县完全平定。曹公亲自到袁绍的墓前祭奠，痛哭流涕。又慰问袁绍的妻子，归还了袁家的奴仆和珍宝，还赠送了各种丝织品和绵絮，并由官府发粮食供养。

最初，袁绍与曹公共同起兵声讨董卓，袁绍问曹公：“如果事情不成功，哪里可以作为据守的地方呢？”曹公问：“您的意见以为如何？”袁绍说：“我南据黄河，北靠燕、代；兼有少数族的兵众，向南争夺天下。大概可以成功了吧？”曹公说：“我要任用天下一切有智慧有能力的人，用道义来统率他们。这样无论在什么地方都能取得成功。”

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