九月，曹公下达指令说：“黄河以北地区遭受袁氏带来的祸难。我宣布：这一地区的老百姓不用缴纳今年的田租、户调。”又下令加重有关惩治豪强兼并的法律，老百姓们非常高兴。献帝让曹公兼任冀州牧，曹公便辞掉原来担任的兖州牧职务。

在曹公围攻邺县的时候，袁谭趁机攻取甘陵、安平、勃海、河间四个郡国的地盘。袁尚失败，逃往中山。袁谭对他发起攻击，袁尚又逃往故安县，袁谭就吞并了袁尚留下的人马。

曹公给袁谭写信，责备他违背了盟约，宣布与他断绝婚姻关系。在把袁谭的女儿退还之后，就要兴师问罪。袁谭心中害怕，从平原城撤退，逃到南皮县坚守。十二月，曹公率军进入平原郡，一一进攻平定各县。

建安十年（公元205）春正月，曹公发起进攻，攻克南皮县城。杀死袁谭及其妻室儿女，冀州完全平定。曹公下达指令：“所有随同袁氏做恶者，都给他们以改过自新的机会。”又下令不准老百姓报私仇，禁止厚葬；违犯者一律以法律制裁。

这一月，袁绍二儿子袁熙的大将焦触、张南等叛变，反转来袭击袁熙、袁尚；迫使袁熙、袁尚逃去投奔三郡的乌丸族首领。焦触等人献城投降，被封为列侯。

起初曹公出兵讨伐袁谭时，曾有被征调来敲破河面冰层的百姓逃亡，曹公下令不准接受逃亡者的自首，要一律处死。不久，有逃亡的百姓来到曹公府署门口投案，曹公对他们说：“接受你们自首就违反了过去的命令，按命令处死你们我又不忍心；赶快回去好生躲藏起来，不要让执法官抓获！”这些百姓流泪离去，后来仍然被逮住处死了。

夏四月，黑山叛乱首领张燕带领他的十多万人马前来投降，曹公封他为列侯。故安的赵犊、霍奴等人起兵杀死幽州刺史和涿郡太守。三郡乌丸族的武装进攻了驻扎在犷平县的军事长官鲜于辅。

秋八月，曹公出征，斩了赵犊等人之后，又渡过潞河援救犷平；乌丸族武装逃跑出塞外。

九月，曹公下达指令说：“拉帮结派谋取私利，这是圣人孔子所憎恶的事。听说冀州的风俗，亲生父子也会分属不同的帮派，诋毁对方，赞誉同党。从前直不疑没有哥哥，当时却有人说他与嫂子私通；第五伯鱼结婚三次都娶的孤女，却有人说他殴打岳父；王凤专权跋扈，谷永说他比得上申伯；王商言论忠直，张匡说他不守正道。这些都是黑白颠倒而欺天骗君的行为。我要整顿风俗，类似以上四者的恶习不铲除，我感到是一种羞耻！”

冬十月，曹公回到邺城。

当初，袁绍让外甥高幹兼任并州牧。曹公打下邺县，高幹投降，曹公让他当并州刺史。高幹听说曹公讨伐乌丸，就在并州举兵反叛。抓了上党郡太守，又出兵扼守壶关口。曹公派乐进、李典出击，高幹退守壶关县城。

建安十一年（公元 206）春正月，曹公亲自讨伐高幹。高幹听说后，留另外的将领守城，自己则逃到匈奴族中，向匈奴的单于求救。单于却不接纳他。曹公围困壶关城三个月，终于攻下。高幹向南逃往荆州，途中被上洛都尉王琰逮捕砍头。

秋八月，曹公向东出兵讨伐从海上窜入的叛乱首领管承。到达淳于县后，派乐进、李典把叛乱军队击溃；管承逃到海岛上。曹公下令把东海郡的襄贲、郯、戚三县划归琅邪国以扩大其辖地，同时撤销了昌虑郡。

三郡的乌丸族趁着天下大乱，出兵攻破幽州，虏掠了汉族居民十多万户。袁绍把乌丸族的首领都封给单于的名号；并且把本族人的女儿说成是自己的女儿，嫁给他们。辽西郡的乌丸单于蹋顿势力最为强大，受到袁绍的厚待。所以袁尚兄弟去投靠他，他多次率兵进入塞内造成危害。

曹公准备出兵讨伐乌丸，先开凿河渠，从呼沲河到泒水，名叫平虏渠。又从泃河入海处开凿河渠到潞河，名叫泉州渠，以便与大海相通。

建安十二年（公元 207）春二月，曹公从淳于回到邺县。二月初五日丁酉，曹公下达指令说：“我发动义军诛锄暴乱，到现今已经十九年；只要出兵征讨就必定取胜，这难道是我个人的功劳吗？这是贤能士大夫们尽力的结果。天下还没有完全平定，我应当与贤能士大夫们共同来平定它；而我现在却独自享有功劳，我怎么能够心安理得呢？要赶快对大家评定功劳进行封赏。”于是大封功臣二十多人，都封为列侯；其余的人按照功劳大小的次序也得到封赏；还宣布对阵亡人员的子女免予征收租税和摊派徭役，优待的轻重程度各有差别。

曹公将要北上征讨三郡乌丸，将领们都说：“袁尚，不过是一个逃走的敌人而已。少数族的人贪婪而不看重亲戚关系，怎么会替袁尚出力呢？现今要深入北方去征讨乌丸，刘备必定劝说刘表来偷袭许都；万一局势发生变化，后悔就来不及了！”唯有郭嘉预料刘表定然不会信任刘备而采纳其建议，鼓励曹公出征。

夏五月，曹公大军到达无终县。

秋七月，这一带突发大水，靠海地区的道路无法通行；这时田畴主动请求担任向导，得到曹公的同意。于是田畴带领大军出卢龙塞，塞外的道路断绝不通。军队挖山填谷，跋涉了五百多里，历经白檀县、平冈县；穿过鲜卑族单于的驻地，向东直指柳城县。在距柳城还有二百里地的时候，敌人察觉了。袁尚、袁熙会同蹋顿、辽西郡乌丸单于楼班、右北平郡乌丸单于能臣抵之等，带领了几万骑兵来迎战。

八月，曹公大军爬上白狼山，突然与敌人遭遇。对方的气势很盛。而曹公军队运送军用物资的车辆在后面，前锋部队中穿上甲胄的士兵不多；在左右随从的人员都很害怕。曹公登上高处，看到敌人的阵形不整齐，就挥兵发动攻击，并派张辽充当先锋；敌军完全崩溃；当场斩杀了蹋顿和乌丸族著名首领以下多人，前来投降的少数族和汉族共有二十多万人。辽东属国的乌丸族单于速仆丸和辽西郡、右北平郡的乌丸族首领，都丢下本部落的人，会同袁尚、袁熙逃往辽东郡，这时他们还有骑兵几千人。

起初，辽东郡太守公孙康仗恃地处偏远而不服从朝廷的统治。曹公击败乌丸之后，有人劝说曹公趁机讨伐公孙康，即可抓到袁尚兄弟。曹公说：“我正要让公孙康自己主动砍下袁尚、袁熙的脑袋送来，不需要劳烦我的士兵前去了！”

九月，曹公领兵从柳城凯旋，公孙康果然就杀了袁尚、袁熙和速仆丸，用驿车把他们的头颅快速送呈曹公。将领中有人问：“您带兵回转而公孙康却把袁尚、袁熙的脑袋砍下送来，这是为什么？”曹公回答说：“公孙康素来畏惧袁尚等人，我如果逼得太急他们就会合力抵抗，我放松之后他们就会自相残杀；形势就是如此。”

十一月，大军抵达易水，代郡乌丸族的代理单于普富卢、上郡乌丸族的代理单于那楼，带着著名的乌丸族首领们前来祝贺。

建安十三年（公元 208）春正月，曹公回到邺县，修建玄武池以训练水军。汉朝撤销三公的官职，设置丞相、御史大夫。

夏六月，朝廷任命曹公为丞相。

秋七月，曹公南下征伐刘表。八月，刘表死；他的儿子刘琮继承了他的职位，驻扎在襄阳。而刘备则驻扎在樊城。九月，曹公大军抵达新野县，刘琮前来投降，刘备逃往夏口。曹公进军到江陵县，向荆州的官员百姓下达指令，要给他们开创新生活的机会。于是评定荆州官员归服朝廷的功劳，封以侯爵的有十五人。任命刘表的大将文聘为江夏郡太守，还让他统带原来手下的军队；又任用荆州的名士韩嵩、邓义等人。益州牧刘璋在这时也开始接受朝廷分派的征调壮丁任务，遣送士兵来补充曹公的军队。

十二月，孙权为了声援刘备而出兵进攻合肥县城。曹公从江陵出发征讨刘备，到达巴丘时，派张憙援救合肥。孙权听说张憙来到，撤兵退走。曹公大军抵达赤壁，与刘备交战，失利；这时曹公军中传染病流行，官员士兵病死很多。他决定带兵回去，于是，刘备就占有了荆州在长江以南的各郡。

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