袁绍率大军南进抵达黎阳，派大将颜良在白马县进攻太祖的东郡太守刘延。沮授又进谏说：“颜良心胸狭窄而性情急躁，虽然作战骁勇，却不能让他独当一面！”袁绍不听。太祖亲自领兵救援刘延，与颜良激战，将其击败杀死。袁绍渡过黄河，在延津以南修筑壁垒；然后派刘备和文丑出阵挑战。太祖出兵应战，斩了文丑。太祖出战两次，每次都杀了对方的大将，使袁绍军队大受震动。

太祖引军退守官渡。沮授又劝袁绍说：“我们的军队数量虽多，但是在果敢坚强上却不及对方。而对方粮食短缺，经济实力远不如我们。因此，对方希望速战速决，可对我方而言则利于打持久战：我们应当稳扎稳打，和对方拖延时间。”袁绍又不听从。

他随即传令全军连接营寨，形成整体逐渐向前推进，一直逼到官渡。两军交锋，太祖一方失利，退回壁垒坚守。袁绍挥兵实施包围，然后建造木制高台，垒起土山，从台上和山顶向对方营中发射弩箭；逼得对方的士兵行动时都要持盾牌遮挡身体，心中非常恐惧。太祖赶忙采取对策赶制出一种发石车，用它抛射石块打击对方的木制高台，高台全都被摧毁，袁军把这种发石车叫做“霹雳车”。袁绍又命令士兵们挖掘地道通到对方军营地下，准备突然冒出地面实施攻击；太祖则在军营内挖掘了又深又长的壕沟把袁军的地道截断。同时派出奇兵深入敌后袭击袁绍的运粮车队，把运送的全部军粮放火烧光。

太祖与袁绍两军长时间对峙，充当劳工的百姓们极度疲乏，不少人反叛而响应袁绍，太祖军中粮食日渐减少。碰上这时袁绍派将军淳于琼等人，带一万多兵马北上去迎接运粮车队；沮授进言说：“可以再派蒋奇将军，另带一支分队在运粮车队的外围护卫，以防备曹操的截击。”袁绍又是不予采纳。淳于琼接到运粮车队，驻扎在乌巢，离袁绍的大本营有四十里。太祖留下曹洪负责守卫大营；自己亲自带领精锐步兵和骑兵五千人，在夜色的掩蔽下悄悄前去偷袭淳于琼。袁绍闻讯后派出骑兵援救，反被对方击溃。太祖大破淳于琼军，把淳于琼等敌将全部斩杀。

太祖引军回还，尚未到达大营，已有袁绍手下的将军高览、张郃等人带着部下人马前来投降。至此，袁绍军队全线崩溃。袁绍与长子袁谭只身从乱军中溜出渡过黄河逃回冀州。其余的将士假装投降，被太祖下令全部活埋。沮授没能跟上袁绍渡过黄河，被人擒获，押解到太祖那里，太祖爱惜他的才能而给予优待。沮授后来打主意逃回袁绍那里，结果被发觉而处死。

起初，袁绍率大军南下，谋士田丰曾劝阻他说：“曹操善于用兵，变化多端；他的军队虽然不多，但是切不可轻视！不如和他打持久战。将军您占据了西山和黄河的险固地势，拥有冀、青、幽、并四个州的民众；如果对外结交天下英雄，对内发展农业生产和训练军队；然后挑选精锐部队，组成多支奇兵，瞄准对方的薄弱地带轮流出击，骚扰黄河以南地区；对方救援右边则击其左边，救援左边则又攻其右边；使之疲于奔命，百姓不能安居乐业，我们不费大力而对方已经疲惫不堪：用不了两年，可以坐着不动就把对方战胜了。而今将军您丢下事先在朝堂上就能制定出的克敌制胜策略不用，却要以冒险一战来决定成败存亡；万一这一仗打不赢，后悔也来不及了！”袁绍不听他的劝说。田丰恳切陈辞，袁绍勃然大怒，认为田丰是有意动摇军心，下令给田丰戴上镣铐囚禁起来。

袁绍军队溃败之后，有人对田丰说：“这一下您必然会受到看重了！”田丰却说：“如果大军打了胜仗，我倒一定能够活命；如今大军被击溃，我恐怕是活不成了。”袁绍回到邺城后，对左右的人说：“我没有采纳田丰的计策，果然要被他耻笑了！”竟把田丰杀死。袁绍为人外表宽厚风雅，有度量，喜怒不露于形色；然而内心却多猜忌，就像这件事情上的表现一样。

冀州不少城邑起兵背叛袁绍，袁绍又一一进攻加以平定。

自从官渡大败之后袁绍就开始生病，建安七年（公元 202），他在极度忧郁中死去。

袁绍生前宠爱他的小儿子袁尚。袁尚长得很英俊，他一直想立袁尚为继承人而没有公开宣布。审配、逢纪与辛评、郭图相互争权：审配、逢纪和袁尚结成一帮，辛评、郭图则和袁谭结成一帮。其他人大多认为袁谭是长子，应当立他为继承人。审配等人担心袁谭被立为继承人后辛评他们会陷害自己，便根据袁绍生前的意向，拥立袁尚接替袁绍的权位；袁谭从青州赶回大本营邺城，未能成为继承人，就自称车骑将军。从此兄弟二人产生矛盾。

官渡之战后太祖继续出兵北上进攻袁谭、袁尚。袁谭驻扎在黎阳阻击曹军，但袁尚只拨给他很少的军队，还派自己的亲信逢纪随同监视。袁谭请求多调拨一些兵马，审配等人向袁尚建议不给；袁谭大怒，杀死逢纪。太祖渡过黄河向黎阳进攻，袁谭向袁尚告急求援。袁尚想发兵救援，但又怕派去的军队被袁谭据为己有；于是留下审配镇守邺城，自己亲自带兵援救袁谭。自建安七年（公元202）九月到第二年的三月，双方大战于黎阳城外，最后袁军不支，只好退入城中据守。太祖部署军队包围黎阳城，袁军乘黑夜逃走。太祖跟踪追击到邺县，把成熟的小麦抢收一空，又攻克了阴安县城；然后才撤军返回许县。

此后太祖南下征讨荆州的刘表。大军到了西平，袁谭、袁尚两兄弟在邺城自相火并，袁谭被打败逃到平原县。袁尚包围了平原县城并发起猛攻，袁谭被迫派辛评的弟弟辛毗赶到太祖那里求救。太祖立即转头向北援救袁谭，十月间到达黎阳。袁尚得知消息，赶紧撤除包围退守邺县。袁尚的部将吕旷、吕翔投奔太祖；袁谭私下刻了将军的印章授给吕旷和吕翔以拉拢他们。太祖知道袁谭狡诈，为自己的儿子聘娶袁谭的女儿，以此安抚和稳定袁谭；然后撤军回许县。

袁尚得知太祖退兵，留下审配和苏由镇守邺县，自己又率兵围攻驻在平原的袁谭。太祖抓住时机北上进攻袁尚的大本营邺县。队伍到达邺城附近的洹水，距邺城只有五十里。这时苏由想充当内应，帮助太祖攻下邺县；机密泄露，与审配在城中展开激战。苏由战败，逃出邺县投奔太祖。太祖立刻发起进攻，挖掘地道通往城中；审配也命令士兵在城中掘深沟阻截。审配的部将冯礼打开突门，放进太祖的士兵三百多人；审配发觉后，从城墙上推下大石块砸向突门中间的栅门，栅门落下关闭，进入城中的三百多士兵被全部歼灭。太祖指挥军队包围邺县，绕邺县挖掘了一条壕沟，长达四十里。开始时挖得很浅，表示随便都能越过去。审配在城墙上望见止不住发笑，也不派兵出城阻扰。不料到夜里太祖一声令下，一夜之间曹军就把壕沟的深度和宽度都加大到两丈；并且决开漳水堤岸，引水灌满了壕沟。从五月到八月，城中由于粮食短缺有一大半的人饿死。

袁尚得知邺县危急，赶忙带了一万多人马，回救邺县。他沿西山向东前进，到达邺县西边的阳平亭，距邺城还有十七里，面临滏水。命令士兵们燃起火炬向城中联络，城中的守军也举火响应。审配出兵到城北，打算与袁尚内外配合，冲破敌军的包围。太祖立即迎头痛击，守军败退回城；袁尚也被击溃，退到漳水的河湾上扎营。太祖乘胜对袁尚实施包围。袁尚在包围圈还未形成时，派出阴夔和陈琳向太祖请降。太祖拒不接受。袁尚急忙逃到滥口。太祖一路追击，再度包围了袁尚。袁尚部将马延临阵投降，全军崩溃。袁尚狼狈逃往北面的中山。太祖缴获了袁尚的全部军用物资，又得到袁尚的印绶、节钺和衣物。太祖让士兵拿起这些东西展示给邺县城中的袁尚家属看，城中的将士顿时意志崩溃精神沮丧。

审配的侄子审荣，带兵把守东门，夜间向太祖开门投降；太祖挥兵攻入邺县，与审配在城中展开激战，最后活捉了审配。审配被擒后声音高亢气势雄壮，始终没有一句告饶的软话，见到的人无不为之感叹。太祖下令把审配斩首。

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