建安二十六年（公元 221），群臣劝先主称帝，开始先主不同意。诸葛亮劝他说：“从前吴汉、耿弇等人开初劝世祖光武皇帝登上帝位时，世祖也推辞谦让，前后多次。耿纯向他进言说：‘天下的英雄仰慕企盼，都希望您登上尊位之后能获取富贵。如果您不听从他们的建议，士大夫们就会各自回家寻找新主人，不必要再跟随您了。’世祖觉得耿纯的话深刻透彻，就同意了。如今曹丕篡夺汉帝的位置，天下没有主人。大王是刘氏后裔，接续汉代而兴起：现在登上帝位，完全是应当的。士大夫跟随大王长期勤勤恳恳吃苦耐劳的目的，也是希望建立微薄功劳然后得到像耿纯所说的奖赏啊。”

先主这才同意登位称帝。称帝后下达委任诸葛亮为丞相的文书说：“朕碰上家族的不幸，继承帝位；兢兢业业，不敢停下来享受安乐；一心想安定百姓，生怕未能做到。啊！丞相诸葛亮您要充分了解朕的心意，在帮助朕弥补过失方面不要懈怠；以便重新发扬汉朝的光辉，以照亮天下。您可要自勉啊！”

诸葛亮以丞相身份总管尚书台的公务，持有节杖。张飞死后，他又兼任司隶校尉。

章武三年（公元 223）春，先主在永安病重；从成都召来诸葛亮，把后事托付给他。对他说：“您的才能比曹丕强十倍，必定能安定国家，最终完成大业。如果继承我的儿子刘禅可以辅佐，您就辅佐他；如果他不成才，您可以自行选取处置办法。”诸葛亮流着眼泪回答说：“为臣岂敢不竭尽我作为辅佐大臣的力量，用忠贞的节操来报效，直到献出我的生命！”先主又下达诏书训示后主说：“你与丞相今后相处，要把他当作父亲来对待。”

后主建兴元年（公元 233），诸葛亮被封为武乡侯；开始正式设立丞相府署以治理国家政事。不久，又兼任益州牧；蜀汉的政事不论大小，都由他决定。这时南中地区的各郡，一齐发动叛乱。诸葛亮因为先主刚去世，所以没有立即出兵平叛；又派遣使者访问孙吴，建立和睦亲善的关系，从而成为友好相处的国家。

建兴三年（公元 225）春，诸葛亮亲自领兵南征，当年秋天，南中地区全部平定：从这里调出了大批军事物资，国家因此而富足；于是加紧训练军队，以待大举出兵北伐。

建兴五年（公元 227）春，诸葛亮带领各路军队从成都北上进驻汉中郡。临出发时，向后主上了一道奏疏说：

先皇帝开创大业还没有到一半而中途驾崩，如今天下三分，国力困乏：这确实是决定生死存亡的危急时候啊。然而在皇宫内侍卫陛下的臣僚依然毫不懈怠，在皇宫外各个官署的忠诚的志士依然以忘我精神为国效劳，他们这样做是因为怀念先皇帝给予的特殊礼遇，想在陛下身上表示报答之心。所以陛下您确实应当广泛听取臣下的意见，以显示先皇帝遗传的美德；激励有志之士的气概，不应当随随便便不尊重自己，谈话引用的比喻不合道理，从而堵塞了忠言进谏的途径。

皇宫和丞相府本是一体；所以对两处的官员进行赏罚和褒贬，不应当有偏轻偏重的差别。如果有干坏事违犯法规，以及为人忠诚善良的官员，都应当交付有关部门评论给予什么刑罚或者奖赏，从而表现陛下您公平英明的政事治理；不应当有所偏袒，使得皇宫内和皇宫外的法规出现不同。

侍中郭攸之、侍中费祎、黄门侍郎董允等，都是些优良诚实，志向思想忠诚纯洁的人，所以先帝把他们挑选来留给陛下担任侍从官员。愚臣以为皇宫的事务，无论大小，都应当咨询他们，然后再施行；必能弥补缺陷遗漏，吸收更多的有益意见。将军向宠，性情品行和善公正，通晓军事；从前被试用时，先皇帝称赞他很能干，所以众人推举他担任中部督以统领宫廷禁卫军。愚臣以为禁卫军营的事务，都向他咨询；必定能使将士和睦，各类人才都安排到适当的岗位。亲近贤臣，疏远小人，这是前汉皇朝之所以兴隆的原因；亲近小人，疏远贤臣，这是后汉皇朝之所以崩溃的根源。先皇帝在世时，每逢与愚臣谈论此事，都不会不对桓帝、灵帝的作为感到痛心和遗憾。侍中郭攸之、侍中费祎、尚书陈震、长史张裔、参军蒋琬，这都是些坚贞优良能够以死来显示节操的忠臣，但愿陛下能亲近他们信任他们，那么汉朝的重新兴隆，就指日可待了。

愚臣本是一名平民百姓，亲自在南阳郡耕种土地；最初只是想在乱世保全身体和生命，并不希求在地方长官中间显扬声名。而先皇帝没有嫌弃愚臣身份卑贱，多次劳动大驾屈尊来看我，先后到愚臣的草屋来看望了三次，向我咨询当前的政事；愚臣因此深受感动，同意为先皇帝效力；后来碰上大举伐吴失利，愚臣在军队被击溃的时候承当重任；面临危难的局势接受先皇帝遗留的命令：从当初先皇帝三到草庐至今已经二十一年了。先皇帝知道愚臣做人谨慎，所以在去世前把大事托付给我。自从接受先皇帝遗留的命令以来，愚臣日夜忧心感叹，唯恐接受的托付没有成效，从而有损于先皇帝的英明；因而才在五月间渡过泸水，深入到南中这不毛之地。而今南中地区已经平定，兵器和铠甲也备办充足；应当勉励和统率三军，北上平定中原；希望能竭尽我低下的能力，扫除奸贼恶人；振兴恢复汉朝，回到旧都洛阳。这就是愚臣用来报答先皇帝的一切，也是我忠于陛下而应尽的职责。至于对政事进行斟酌改革，充分进献忠言，应当是郭攸之、费祎、董允他们的责任。

希望陛下委托愚臣在讨伐奸贼兴复汉朝方面取得成效；如果没有成效，就追究愚臣的罪责，然后禀告先皇帝的神灵。如果没有帮助陛下培养品德的言论，就责问郭攸之、费祎、董允等人的轻忽，以公开他们的过失。但是陛下您本人也应当自己认真考虑，征询和吸取好的建议，考察和采纳正直的言论，认真回想先皇帝的遗诏。

愚臣深受大恩，所以忍不住激动之情；现今就要远离，面对我写的这封表章泪流满面，不知道该说什么了。

于是诸葛亮率众出发，前往汉中驻扎在沔水的北岸。

建兴六年（公元 228）春天，诸葛亮故意放出将要从斜谷道攻取曹魏郡县的风声，并派赵云、邓芝率领军队迷惑敌人，前往占领箕谷，曹魏的大将军曹真率领全军前来抵御。而诸葛亮却亲自统带各路军队进攻西面的祁山，蜀军阵势整齐，赏罚严格而号令明确，南安、天水、安定三郡都叛变曹魏而响应诸葛亮，关中地区大受震动。

魏明帝曹叡亲自赶到西边的长安镇守，命令大将张郃迎战诸葛亮，诸葛亮派马谡指挥各路军队充当前锋，与张郃在街亭交战。马谡违背诸葛亮的部署，举动不恰当，结果被张郃打得大败。诸葛亮只好把西县的一千多家百姓带走，撤退回汉中，依法处死马谡以向大家表示歉意。

为此诸葛亮向后主上了一道奏疏说：“为臣才能劣弱，很惭愧占据了不该我拥有的位置，亲自秉持节杖、黄钺以勉励三军；却不能向部下训示规章申明法令，也不能临事谨慎小心；以至于发生街亭战将不遵守命令，箕谷守军不听从告诫的过失。错误都是因为为臣在选任人才上没有方法；为臣对人和事的观察能力不足以充分了解人，考虑事情多有糊涂的地方。《春秋》中认为战争失利首先要追究主帅的责任，我的职务使我应当承担这次战败的责任；为臣请求把自己的官职贬低三等，以督促我改正自己的过失。”于是诸葛亮降职为右将军，代行丞相职权，依旧总领各路军队。

当年冬天，诸葛亮又从散关出兵，围攻陈仓县。曹真前往迎战，诸葛亮粮尽后退兵。魏将王双带领骑兵穷追，诸葛亮回头与之交战；大破敌人，临阵斩了王双。

建兴七年（公元 229），诸葛亮派陈式去进攻曹魏的武都、阴平二郡。曹魏的雍州刺史郭淮准备出兵进攻陈式，而诸葛亮亲自出兵推进到建威牵制；郭淮只好退回，陈式顺利平定了这两郡。

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