三十五年（前212年），始皇下令开信道路，从九原通到云阳，凿开大山，填平深谷，开通一条笔直的大道。这个时候始皇认为咸阳人口众多，先王的宫廷太小：“我听说周文王建都于丰，武王建都于镐，丰、镐一带，正是帝王建都的地方。”于是在渭水以南的上林苑中兴建宫殿。先兴建的是前殿阿房宫，东西长五百步，南北宽五十丈，殿上可以坐一万人，殿下可以竖起五丈高的旗杆。四周环绕可以驾车驰骋的阁道，从殿下一直通到南山。在南山顶修建观楼为标记。在空中架设复道，从阿房宫可以渡过渭水，与咸阳相连，以此象征天极阁道越过银河直通营室。阿房宫还没有完工，完工后，想要另取一个好听的名字。这座宫殿是在阿房建造的，所以天下人称其为阿房宫。隐官服役的罪犯七十多万人，分批去修建阿房宫，或者修建丽山陵墓。从北山采下石头，从蜀地、楚地运来木材，都送到阿房宫。关中的宫殿一共有三百座，关外有四百多座。于是在东海边的朐县境内立下石碑，以此为秦地东方的门户。因而迁徙三万户百姓到丽邑居住，五万户到云阳居住，都免除十年的徭役。

秦始皇大营宫室，选自《帝鉴图说》

卢生劝始皇说：“我们寻找灵药和仙人总是找不到，可能有什么东西妨碍了这件事。仙方上说，人主经常微服出巡可以躲避恶鬼，恶鬼避开了，真人就出现了。人主所居住的地方被人臣知道了，就会妨碍神仙到来。真人，进入水中不会沾湿衣服，进入火中不会烧伤身体，能够腾云驾雾，寿命与天地一样长久。现在皇帝治理天下，还不能做到清静无为。希望皇帝所居住的宫室不要让其他人知道，然后长生不死的灵药大概就能够得到了。”于是始皇说：“我很羡慕那些真人，以后我就自称‘真人’，不再自称‘朕’了。”于是他下令将咸阳附近二百里以内的二百七十座宫殿都用复道和甬道连接起来，用帷帐、钟鼓、美人充实其中，各自按照登记的位置居处，不得擅自移动。皇帝所到之处，如果有人向外说出地点，就会论罪处死。始皇帝亲临梁山宫，从山上看见丞相的随行车马众多，认为不好。有宦者告知丞相，以后丞相出门就减少了车马的数量。始皇生气地说：“一定是宦者泄露了我说过的话。”他下令追查，却没有人认罪。在这个时候，始皇下诏将当时在他身旁的人拘捕起来，全都杀掉。从此以后就没有人知道皇帝的行踪了。始皇处理事务，群臣领受命令，都在咸阳宫中进行。

侯生、卢生一起商量说：“始皇这个人，生性刚毅残暴，自以为是，以诸侯的身份起兵，兼并天下，事情都称心如意，认为古往今来没有人能比得上他。他只重用断案的官吏，断案的官吏都受到宠幸。虽然博士有七十人，却只是充数的官员而不受重用。丞相和众大臣都是接受制定好的命令，按照他的意志做事情。皇帝喜欢用刑罚杀戮来树立威严，天下的官员都害怕犯罪而想要保住俸禄，没有人敢竭尽忠诚。皇帝听不到自己的过错而日益骄横，群臣害怕威刑而欺骗皇帝来求得安身。秦朝的法律规定，不准兼用两种方术，方术不能应验就处以死刑。然而占候星象云气的有三百多人，都是好人，他们害怕禁忌而委婉地奉承皇帝，不敢直言他的过错。天下的事情无论大小都由皇帝决断，皇帝甚至用称量奏书的重量，从早到晚都有奏书呈上，其间不可以呈上，不批阅完毕就不休息。他贪恋权势到了这种地步，我们不能为他寻找仙药。”于是他们就逃走了。始皇听说方士逃走了，生气地说：“我以前收集天下的书籍，将没有用处的都销毁了。我又招揽了很多文学方术之士，想要实现天下太平的局面，方士想要炼制灵丹妙药。现在听说韩众等人逃跑不回来复命，徐巿等人耗费巨资，最后也没能找到仙药，每天只有一些小人为谋取私利向我奏报。我对卢生等人待遇优厚，现在他们却诽谤我，来加重我的不仁。那些在咸阳的儒生们，我将派人去审问，也许有人在用妖言迷惑黔首。”于是始皇派御史审问儒生们，儒生们相互指责检举，始皇就亲自挑选出触犯禁令的儒生四百六十多人，将他们全部在咸阳坑杀，让天下人都知道这件事，以此惩戒后人。始皇又征发更多的人去戍守边境。始皇的长子扶苏劝谏说：“天下刚刚平定，远方的黔首还没有安定，儒生们都是歌颂和效法孔子的人，当今圣上却用严酷的刑罚来惩治他们，我担心天下人心中不安。希望皇帝明察。”始皇很生气，派扶苏到北方的上郡去做蒙恬的监军。

三十六年（前211年），荧惑星接近心宿。有一颗星在东郡陨落，到地面上变成一块石头，黔首中有人在石头上刻“始皇帝死而地分”的文字。始皇听说后，派御史前去审问，没有人认罪，就把居住在石头附近的居民都抓起来处死，用火销熔这块石头。始皇不高兴，让博士创作《仙真人诗》，记述他出行巡游天下的事件，传令乐工谱曲演唱。秋季，一位使者从关东来，在夜晚经过华阴平舒，有人拿着玉璧拦住使者说：“替我把它送给滈池君。”他趁机说：“今年祖龙死。”使者问他其中的缘故，这个人忽然不见了，只留下他的玉璧。使者捧着玉璧上奏朝廷。始皇沉默了很长时间，说：“山鬼只不过知道一年的事情。”他退朝后说：“祖龙，是人们的首领。”始皇派御府来看玉璧，竟然是二十八年出行渡江时落入水中的那一块。于是始皇命人占卜，卦象显示出游迁徙就会吉利。于是他命令迁徙北河、榆中三万户百姓，赏赐爵位一级。

三十七年（前210年）十月癸丑日，始皇出外巡游。左丞相李斯跟随，右丞相冯去疾留守。始皇的小儿子胡亥非常羡慕，请求随行，始皇答应了。十一月，始皇一行人走到云梦泽，朝九疑山方向遥祭虞舜。在长江上顺流而下，观览籍柯，渡过海渚。途经丹阳，来到钱唐。面向浙江，波涛汹涌，于是向西行进一百二十里，从狭窄的地方渡过。始皇登上会稽山，祭祀大禹，望祭南海，并且在山上立石碑赞颂秦朝的功德。碑文说：

皇帝创建伟业，平定统一海内，仁德恩惠长久。在位三十七年，亲自巡视天下，遍览遥远之地。此时登上会稽，体察民间风俗，黔首虔诚庄重。群臣歌功颂德，回顾创业始末，追溯英明决策。秦国圣人治国，首创法令刑律，彰明旧有典章。初定制度规范，审核官吏职事，以此创建常法。六王独断专行，贪婪乖戾傲慢，率领民众图强。肆意暴虐行凶，骄纵自以为是，屡次挑起战乱。暗中派遣间谍，谋求合纵抗秦，做法邪僻放纵。对内虚伪狡诈，对外侵扰边境，终于引来灾难。皇帝兴起义兵，征伐平定暴虐，剿灭乱臣贼子。圣德宏大缜密，天下四海之内，蒙受无限恩泽。皇帝兼并天下，处理各项事务，远近井然有序。运筹治理万物，查验事情本质，各自确立名分。无论高低贵贱，不管善恶黑白，丝毫没有隐瞒。假意宣扬道义，生子改嫁他人，背叛亡夫不忠。内外隔离开来，禁止过度放纵，男女洁身自爱。丈夫与人通奸，杀他也不犯罪，男人遵守规范。妻子与人私奔，子不认她为母，风气正直清白。大治移风易俗，天下接受教化，得到良好治理。人人奉公守法，平和安定敦厚，无人不遵法令。黔首修身养性，乐于遵守法制，共同保有太平。后世遵纪守法，以此长治久安，车船不会倾覆。群臣赞颂伟业，请求刻石立碑，铭文永垂后世。

始皇返回时途经吴县，乘船渡过长江。沿海岸而上，向北来到琅邪。方士徐巿等人到海中寻找神药，多年过去仍未找到，耗费大量财物，担心受到惩罚，就欺骗始皇说：“蓬莱的神药是可以找到的，然而我总被一条大鲨鱼所困扰，所以不能到达蓬莱，希望派一些擅长射箭的人与我同行，见到大鲨鱼就用连弩射它。”始皇在梦中与海神交战，海神长着人的相貌。始皇命人占卜此梦，博士说：“水神是看不到的，他以大鱼和蛟龙为征兆。现在陛下虔诚地祷告和祭祀，却梦见这样一个凶神，应当将其除掉，然后善神就能出现了。”于是始皇命令海上的人携带捕杀大鱼的器具，并且自己带上连弩等待大鱼出现时射它。从琅邪向北行进到荣成山，都没有遇见大鱼。到了之罘山，终于看见大鱼，射死了一条。于是始皇沿海岸西行。

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