光武帝派太中大夫伏隆持符节出使青、徐二州，招降下辖郡国。青州、徐州的各路盗贼听说刘永失败，全部惊惶恐惧请求归降。张步派他的属吏孙昱跟随伏隆到京师上奏章，献上鳆鱼。伏隆，是伏湛的儿子。

堵乡人董��在宛县反叛，逮捕南阳太守刘。扬化将军坚镡攻打宛县，攻下城池。董��逃回堵乡。

吴汉攻略南阳下辖各县，所到之处多有劫掠侵扰的暴行。破虏将军邓奉告假回新野，为吴汉劫掠他的乡里感到愤怒，于是反叛，打败吴汉的军队，驻扎在淯阳，和各路盗贼联合起来。

九月壬戌日，光武帝从内黄返回京师。

陕县盗贼苏况攻破弘农，光武帝派景丹征讨。正逢景丹去世，就派征虏将军祭遵攻打弘农、柏华、蛮中等地的贼寇，把他们全部荡平。

赤眉军想要率军向西去陇县，隗嚣派将军杨广迎击，将其打败，又乘胜追击到乌氏、泾阳一带并再次将其打败。赤眉军抵达阳城番须地区，赶上天降大雪，把沟壑山谷都填满了，士兵大多被冻死。于是又返回，挖掘皇陵，盗取其中的财宝。凡是用玉衣装殓的尸体，大都像生前一样，贼寇于是侮辱了吕后的尸体。邓禹派兵在郁夷攻打赤眉军，反而被打败。邓禹于是撤到云阳。赤眉军又进入长安。延岑驻扎在杜陵，赤眉军的将领逢安攻打延岑。邓禹因为逢安的精兵在城外，就领兵袭击长安。正逢谢禄的救兵赶到，邓禹战败逃跑。延岑攻打逢安，大败敌军，战死的人有十几万人。

廖湛率领十八万赤眉军攻打汉中王刘嘉。刘嘉和赤眉军在谷口交战，大败敌军，刘嘉亲手杀死廖湛，于是军队到云阳筹备军粮。刘嘉妻子的哥哥新野人来歙，是光武帝姑姑的儿子。光武帝派邓禹招降刘嘉，刘嘉凭借来歙的关系到邓禹处投降。李宝态度傲慢，邓禹将他斩首。

冬季十一月，光武帝任命廷尉岑彭为征南大将军。光武帝在大会群臣时指着王常对群臣说：“这个人率领下江众将领辅佐汉朝，心像金石一样坚定，是真正的忠臣。”当天，光武帝就任命王常为汉忠将军，派他和岑彭率领建义大将军朱祜等七位将军征讨邓奉、董��。岑彭等人先攻打堵乡贼，邓奉出兵援救。朱祜战败，被邓奉俘获。

铜马、青犊、尤来等各路盗贼共同拥立孙登为皇帝。孙登的部将乐玄杀死孙登，率领部众五万多人归降。

邓禹自从冯愔反叛后，威信和名声日渐降低，再加上缺乏军粮，屡次作战不利，归附他的人逐渐离散。赤眉军、延岑军在三辅地区行凶作乱，郡县的大家族各自集结兵众自保，邓禹无法平定。光武帝于是派偏将军冯异取代邓禹讨伐盗贼，他亲自送冯异到河南，对冯异说：“三辅地区遭受王莽、更始帝时的灾难，再加上赤眉军、延岑军的丑行，百姓涂炭，无处投诉。将军现在奉命讨伐各路叛贼，对投降的营寨，把他们的首领送到京师，遣散小民，让他们回家耕田种桑，推毁他们的营寨，让他们无法重新聚集。出征讨伐不一定要夺取土地、屠戮城池，关键就在于平息叛乱安抚百姓。众将领不是不善于作战，然而喜欢掳掠。你本可以驾驭部众，要时常告诫自己，不要给当地郡县增添困扰！”冯异叩头接受命令，率军向西进发，在所到之处传扬威望和信誉，很多盗贼都来投降。

臣司马光说：从前周朝人称颂周武王的恩德说：“宣扬恩德令人追忆，天下安定为我所思。”这是说君王用兵的目的，就在于宣扬威望和恩德来安定民众罢了。看光武帝夺取关中的方法，所采用的就是这个道理。这难道不是美好的吗！

光武帝又下诏征召邓禹返回，说：“千万不要跟穷途末路的敌人争斗！赤眉军断粮，自然会来东方。我们用填饱肚子的兵士等待忍饥挨饿的盗贼，用安逸的状态等待疲劳的敌人，用马鞭就能抽打他们，众将领不必担心。不要再轻率进攻了！”

光武帝任命伏隆为光禄大夫，又派他出使张步，任命张步为东莱太守，和新任命的青州牧、太守、都尉一同向东进军。朝廷下诏授权伏隆可以自行任命令、长及以下官吏。

十二月戊午日，朝廷诏令被王莽废黜的宗室列侯，全部恢复原来的封国。

三辅地区发生严重的饥荒，出现人吃人的惨状，城郭全部空虚，白骨遍布郊野，活下来的人常常聚在一起修筑营寨自保，各自加固壁垒，藏匿郊野的物资。赤眉军掳掠不到东西，于是领兵东归，部众还有二十多万人，一路上又有逃散。光武帝派破奸将军侯进等人驻扎在新安，派建威大将军耿弇等人驻扎在宜阳，来截断赤眉军的归路，他命令众将领说：“贼寇如果向东逃跑，可以率领宜阳的军队与新安的军队会合；贼寇如果向南逃跑，可以率领新安的军队与宜阳的军队会合。”冯异在华阴遭遇赤眉军，两军相互对抗六十多天，交战几十次，降服了赤眉军五千多人。