冬季十月，公孙述派刺客谎称逃亡的奴仆，归降岑彭，在夜里，将岑彭刺杀。太中大夫监军郑兴接管他的军队，来等待吴汉赶到后移交。岑彭治军严格，丝毫不侵犯民众。邛谷王任贵听说岑彭的威望和信誉，从几千里外派使者出迎投降。正逢岑彭已经被杀害，光武帝把任贵所献的礼品都赐给岑彭的妻子儿女。蜀人为岑彭建立祠庙来祭祀他。

马成等人攻下河池，终于平定武都。先零等各部羌人几万人，聚集起来劫掠侵扰，据守浩亹隘。马成和马援深入其地讨伐，大败敌军，把投降的羌人迁徙安置在天水、陇西、扶风。

这个时候，朝臣认为金城破羌以西地区，路途遥远盗贼众多，经商议想要放弃。马援上书说：“破羌县以西地区，城池大多坚固，易于固守。那里土地肥沃，河流灌溉通畅。如果让羌人占有湟中，就会不断受到侵害，不能放弃。”光武帝同意了。民众回归的有三千多人，马援为他们设置长官，修缮城郭，筑起坞堡，开凿沟渠，鼓励耕田放牧，郡内人民安居乐业。又招抚塞外的氐人、羌人，让他们都来归附，马援奏请朝廷恢复他们侯王君长称号。光武帝全部批准。于是他命马成班师。

十二月，吴汉从夷陵率领三万人逆长江而上，征讨公孙述。

郭伋担任并州牧，经过京师，光武帝询问他为政的得失，他说：“选拔补充各级官吏，应该从全国范围选取贤能和俊杰，不应专用陛下的南阳同乡。”这时担任官职的大多都是光武帝的同乡故旧，所以郭伋谈到这一点。