等到有关部门上奏请求立正宫皇后，明帝还没有开口，皇太后说：“马贵人品德冠绝后宫，是最合适的人选。”马皇后主政后宫之后，自己愈发谦虚庄重，喜欢读书。她经常穿粗帛衣服，裙边不加装饰。每月初一和十五两天众嫔妃和公主入宫朝觐，望见皇后衣着简单粗率，以为是丝绸衣服，走近一看，才笑起来。皇后说：“这种丝绸特别适合染色，因此就用它做衣服了。”群臣奏事有难以解决的，明帝曾多次用来考试皇后的才识，皇后的分析总是很合理，都能反映其情况，然而从来没有凭借家族势力干预政事。明帝从此对她既宠爱又敬重，感情始终没有衰减。

明帝思念建立中兴大业的功臣，于是命人在南宫云台绘制二十八位将领的画像，以邓禹为首，以下是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万脩、盖延、邳肜、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆。后来又增补王常、李通、窦融、卓茂，共计三十二人。马援因为是后宫外戚，唯独不在此列。

夏季四月辛酉日，明帝封皇子刘建为千乘王，封刘羡为广平王。

六月丁卯日，有异星出现在天船北方。

明帝大规模兴建北宫。当时正逢旱灾，尚书仆射会稽人锺离意来到皇宫门前，摘去冠帽，上疏说：“从前商汤遇到旱灾，用六件事责问自己说：‘是实施政令没有节制吗？是役使民众过于频繁吗？是宫殿台阁正在修建吗？是女人干政过于厉害吗？是贪污贿赂大行其道吗？是奸佞小人过于猖狂吗？’我私下里看到正在大修北宫，农民错过最适合耕作的时节。自古以来圣王忧患的不是宫室狭小，而是担心人民不安。应该暂且停工，以顺应天意。”明帝下旨答复说：“商汤提到的六件事，错误只在我一人。可以戴上冠帽、穿上鞋子，不要请罪！”他又敕令大匠停止营建这些宫殿，减少不必要的开支。他还为此下诏向公卿百官谢罪，随后上天应时降雨。

锺离意举荐全椒县长刘平，朝廷下诏征召刘平，将其任命为议郎。刘平在全椒，为政有恩惠于民，当地民众有人增报资产多缴赋税，有人少报年龄主动服役。刺史、太守到县里视察，看见监狱中没有羁押的囚犯，人民各得其所，不知道应该查问什么，只宣读诏书就离去了。

明帝性情褊狭苛察，喜欢借助亲信打探隐私来展现自己的明察，公卿大臣多次被诋毁，近臣尚书以下官员甚至遭到打骂。明帝曾因为事情对郎官药崧发怒，用手杖打药崧。药崧逃跑躲到床下，明帝十分生气，厉声说：“郎官出来！”药崧于是说：“天子很威严，诸侯太惶恐，未闻有人君，亲手打郎官。”明帝这才放过他。

当时朝中群臣无不胆战心惊，争相表现得严厉苛刻来逃避责罚，只有锺离意敢于直言争辩，多次把诏书封存退还，大臣犯了错，他就设法解救。正逢天象接连出现怪异情况，锺离意上疏：“陛下敬畏鬼神，怜悯体恤百姓，可是气候失调，寒暑不合时令的情况，过错在于群臣不能传扬教化和尽到职守，而是把苛刻当成习惯。百官之间没有相互亲爱的想法，官民之间没有和谐融洽的感情，以至于违逆了祥和之气，招致天灾。百姓可以用恩德来感化，难以用强力来压服。《鹿鸣》这首诗一定要提到欢宴的原因，是人神之心相互融洽，然后气候才能调和。希望陛下降下圣明的恩德，宽缓刑罚，和顺天时之气来调节阴阳。”明帝虽然不能当时采纳，但是知道他最为忠诚，始终爱护和厚待他。

秋季八月戊辰日，朝廷下诏根据谶文改太乐官为太予。

壬申晦日，发生了日食。明帝下诏：“从前楚庄王因为国内没有灾害，导致心生警戒和恐惧；鲁哀公昏庸乱政，上天却没有降下灾异进行谴告。现在出现的灾变，表示我们或许还能够挽救。有关部门要努力尽责，来匡正我的错误。”

冬季十月甲子日，明帝随皇太后亲临章陵县。荆州刺史郭贺，为官期间政绩优异，明帝赐给他三公的衣服，他身穿黼黻，头戴冕旒。明帝敕令郭贺在视察时除去车前的帷帐，让百姓看见他华美的服饰，来彰显他的德行。戊辰日，明帝从章陵回到京城。

这一年，京城和七个郡国发生水灾。

莎车国王贤用武力强占了于窴、大宛、妫塞等国，派本国将领镇守。于窴人杀死莎车守将君德，拥立本族首领休莫霸为王。贤率领各国几万兵众攻打于窴，却被休莫霸打得惨败，脱身逃走。休莫霸进军包围莎车，身中流箭而死。于窴人又推立休莫霸哥哥的儿子广德为王，广德就派弟弟仁去攻打贤。广德的父亲以前被拘禁在莎车，贤送还广德之父，并把自己的女儿嫁给他为妻，与于窴建立了和亲关系。