江州刺史庾悦派鄱阳太守虞丘进充任前锋，多次将卢循的军队打败，进兵豫章据守，将卢循运粮的通道切断。九月，刘遵在巴陵将苟林斩杀。

桓石绥由于卢循的进犯，自己也在洛口组建了一支军队，以荆州刺史自称，徵阳令王天恩以梁州刺史自称，他们将西城攻破。梁州刺史傅韶派其子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等，迁移他们并且杀了他们所有人。桓氏家族从此完全被灭绝。傅韶是傅畅的孙子。

西秦王乞伏乾归对后秦的略阳、南安和陇西等几个郡发动进攻，全部攻克，把那里的两万五千家百姓迁到苑川和枹罕居住。

甲寅日，在盛乐的金陵安葬了北魏国主拓跋珪，以宣武为谥号，以烈祖为庙号。

东晋刘毅坚决要求对卢循追击征讨，长史王诞秘密地对刘裕说：“刘毅既然已被打败，失去了队伍和权力，就不应该再让他有立功的机会。”刘裕接受了这个建议。冬季十月，刘裕率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶和冠军将军刘敬宣等向南进军袭击卢循，将刘毅任命为监太尉留府，把后方的琐事全交给他处理。癸巳日，刘裕从建康起兵。

徐道覆统率三万部众，直逼江陵，突然来到破冢。此时鲁宗之已经返回襄阳，刘道规派人前去追赶，把他召回，却已来不及。于是江陵人心十分恐慌震惊。有人传言卢循已经将京邑扫平，派徐道覆来这里是担任刺史，然而江、汉地区的各阶层百姓却对刘道规焚烧书信、不计前嫌的恩德心存感激，都不再怀有二心。刘道规命令刘遵分兵前往外地充当游击部队，自己则在豫章口抵御徐道覆的攻击，结果，其前锋部队战败。刘遵此时从外围拦腰横击徐道覆的军队，打败了他们，杀死的人有一万多，其余许多人跳水而死，敌军几乎全部被消灭。徐道覆仅仅乘坐一条船逃回湓口。起初，刘道规派刘遵充当游击军，众人都觉得如今大敌当前，本来担心兵力不足，就不应当再将兵力分割，安排到无用之处。等到将徐道覆打败，全是凭借这支游击军的力量，人们的心中才感到钦佩。

鲜卑族仆浑部落、羌族句岂部落、输报部落及邓若部落等，带领居民两万户投降西秦。

辅国将军王仲德等得知刘裕的大队人马即将到来，便在南陵对范崇民的军队发动攻击。范崇民的军舰以夹击态势在两岸停泊。十一月，刘钟亲自前往察看敌情，下起大雾，敌人用钩钩住了他的船，刘钟于是带领左右随从攻击敌舰的舱门，敌兵被迫快速地关上舱门挡住他们，刘钟便从容地返回。他和王仲德共同攻打范崇民，范崇民逃跑。

癸丑日，益州刺史鲍陋辞世。谯道福将巴东攻陷，将那里的守将温祚、时延祖杀死。

卢循将镇守广州的军队留下，觉得海路上不会出现危险。庚戌日，孙处等人领兵在海上乘船突然到来刚好遇到迷漫的大雾，于是从四面围攻广州，当天就将这座城池攻下。孙处对那里原来的居民加以安抚，将卢循的亲朋党羽杀死，并在这里操练军队，谨慎守卫。他又分别派沈田子等人率军攻打五岭以南各郡。

刘裕在雷池驻扎。卢循声称不去攻打雷池，而会顺江水直接东下。刘裕知道他打算决战。十二月己卯日，他率军行进到大雷。庚辰日，卢循和徐道覆统领数万部众布满江面，往下游行进，前后都望不到船队的头尾。刘裕让自己的全部轻型战船出动，率领几路大军共同奋力进攻敌军。他又将一部分步兵骑兵分出，在长江西岸驻扎，事先将火攻的用具准备好。刘裕下令用强劲的弩箭对着卢循的军队射击，与大风和水流的情势相配合逼迫敌军。卢循的军队战船不得不全部在西岸停泊。此时，埋伏在岸上的东晋军队纷纷把火向敌船投去，焚烧敌军，立即浓烟四起，火焰冲天，卢循的军队被打得大败，被迫逃回寻阳，他们打算赶往豫章，于是在左里路上全力构筑栅栏等工事。丙申日，刘裕的大队人马来到左里，无法前行。刘裕挥旗指挥军队准备作战，他手中的旗杆突然折断，指挥旗掉进水中，大家因而感到奇怪和害怕。刘裕边笑边说：“从前，在覆舟山那场战役中，我的指挥旗杆同样折断了，现在仍然那样，敌人必然失败。”于是突破栅栏路障等向前行进。卢循的军队虽然全力奋战，但是仍然无法阻挡。卢循坐船逃走，他的部下有一万多人被杀死和淹死。官军将敌军的一些士兵收降，并将那些被逼参加卢循军队的人释放。刘裕又命令刘藩与孟怀玉率领轻装部队追击逃跑的敌军。卢循将逃散的士卒集合起来，还有数千人，打算直接回番禺。徐道覆逃回始兴坚守。刘裕命令建威将军褚裕之代理广州刺史职务。褚裕之是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅厌恶刘穆之，经常在刘裕面前怂恿说刘穆之拥有太多权力，刘裕却对刘穆之更为信任亲近。

北燕广川公冯万泥和上谷公冯乳陈，认为自己是北燕国宗室的人，又立过大功，因此应当入朝担当要职，辅佐朝政。然而北燕王冯跋却认为他们所镇守的是非常重要的地方，过了很长时间也不把他们征调回来，两人都心中含怨。这一年，冯乳陈秘密派人对冯万泥说：“我有一个非常好的计策，想要与叔父共同商议着实施。”冯万泥便跑到白狼，与冯乳陈一起发动叛乱，冯跋命令汲郡公冯弘同张兴率领两万步兵骑兵，前去讨伐他们。冯弘先派人向他们说明祸福利害，冯万泥打算投降，冯乳陈却认为不可。张兴对冯弘说：“他们将要在明天出来决战，今天夜里就一定会来袭击我们的大营，应该做好对付他们的准备。”冯弘便秘密下令让每个人准备好十把草，把火种收好，埋伏好以等待敌兵前往。当日夜间，冯乳陈果然派遣一千多名精壮的士兵前来劫营，官军同时点燃火把，伏兵前后阻击，歼灭全部叛军。冯万泥、冯乳陈十分恐惧，到城外投降，冯弘把他们全都斩杀。冯跋将范阳公冯素弗任命为大司马，改封辽西公；将冯弘任命为骠骑大将军，改封中山公。