庚辰日，安帝诏令大赦，任命前会稽内史司马休之担任都督荆、雍、梁、秦、宁、益六州诸军事、荆州刺史；任命北徐州刺史刘道怜担任兖、青二州刺史，镇守京口。派豫州刺史诸葛长民监太尉留府事。刘裕怀疑诸葛长民一人难以胜任，于是加封刘穆之为建武将军，配置辅佐官员，配备军事力量，防止意外。

壬午日，刘裕率领几支部队从建康出发，参军王镇恶恳请交给他一百条船充当先锋。丙申日，抵达姑孰，任命王镇恶为振武将军，同龙骧将军蒯恩率领一百条船提前出发。刘裕训诫他们说：“如果敌人可以战胜，就攻击他们；如果不能战胜，就把他们的船舰烧毁，停留在水边等候我来。”于是王镇恶夜以继日地迅速前进，扬言刘藩到来。

冬季十月己未日，王镇恶抵达豫章口，距离江陵城只有二十里，他们便下船，步行进军。蒯恩领兵走在前面，王镇恶紧随其后。每条船上只留一两个人，停船的岸上竖起六七面旗帜，旗下是战鼓，告诉留守的人说：“预计我们就要到达江陵城时，你们就不停地擂起战鼓，佯装后面还有大部队的样子。”又分别派人前去放火烧毁江津那里的船舰。王镇恶径直突袭江陵城，告诉前面的军士：“如果有人问，就说刘藩到了。”渡口卫兵与当地的百姓都安下心来，毫不怀疑。离城还有五六里远时，恰逢刘毅手下的重要将领朱显之打算去江津，问道：“刘藩在哪里？”军士们回答：“在后面。”朱显之去了部队的后面却没有看到刘藩，反而看到军士扛着盾牌等战斗工具，又看到江津的船舰已经被烧毁，江边擂鼓大作，恍然大悟不是刘藩来了，便跳上马背，飞驰回城向刘毅报告，下令立刻关闭所有城门。王镇恶也紧跟着跑进城去，还没来得及关闭城门，军队就进入江陵城。卫军长史谢纯进府拜见刘毅，出来的时候听说军队已经杀到，左右侍从想要拉着他的车回去，谢纯叱责他们说：“我身为下属，能够逃到哪里去呢？”于是驰回刘毅府中。谢纯是谢安的哥哥谢据的孙子。王镇恶一边同城内的士兵展开激战，一边又攻打江陵的牙城，从中午一直打到傍晚，终于把城内的守军打得败退溃散。王镇恶在牙城挖了一个洞，冲了进去，派人将皇帝的诏书与赦免刘毅的文书以及刘裕的亲笔信交给刘毅，刘毅一眼也没看，就全部烧毁了，与司马毛脩之等人督促士兵拼力死战。城内的人还不相信刘裕会亲自到来，但是军队中那些跟随刘毅从东方来的士兵，有的与一些朝廷来的士兵是表亲关系，他们一边交战一边对话，得知的确是刘裕亲自来了，人心因此震骇离乱。到了晚上，刘毅官府前的卫兵全部逃散，并杀死刘毅手下的勇将赵蔡，刘毅身边的侍卫仍然禁闭东西大门顽强抵抗。王镇恶担忧黑暗之中自己的士兵会彼此误伤，于是又把部众带出，然后围困牙城，并在南面打开一个出口。刘毅害怕南面有埋伏的官兵，半夜的时候，带领大约三百名侍卫，打开北门突围出去。毛脩之对谢纯说：“你尽管跟我去。”谢纯没有听从，被人杀掉了。

刘毅连夜逃奔牛牧佛寺。当初，桓蔚失败的时候，就逃到这里投奔牛牧寺的僧人昌，昌将桓蔚藏匿起来，施以保护，刘毅便杀了昌。到了此时，寺里的僧人都拒绝收留他，说：“过去我们亡故的师傅昌收容桓蔚，被你杀害，如今确实再不敢收容他人了。”刘毅哀叹地说：“自己制订的法律规章断绝了自己的活路，居然到了这个地步啊！”于是上吊自杀了。第二天，当地居民汇报，王镇恶便将他的尸体拖到集市中，砍下头颅。他的儿子、侄子等也都被杀。刘毅的哥哥刘模逃奔襄阳，雍州刺史鲁宗之将他斩杀，并把头颅送到建康。

当初，刘毅的叔父刘镇之闲居京口，拒绝朝廷的征召，经常对刘毅与刘藩说：“以你们的才干能力，完全可以实现自己的志向，成就一番大业，但是恐怕不会得势太久。我不依靠你们谋求财富和地位，也不受你们罪行的连累。”他每次看到刘毅、刘藩带着部下从家门口路过，都出去辱骂他们。刘毅对他既敬重又畏惧，在距离家宅几百步远的地方，就屏退仪仗卫兵，只和几个官吏一同进屋。等到刘毅身死，太尉刘裕奏请征召刘镇之担任散骑常侍、光禄大夫，刘镇之仍然坚决推辞，不来上任。

被后秦封为仇池公的氐王杨盛背叛后秦，进犯骚扰祁山。后秦国王姚兴任命建威将军赵琨为先锋，立节将军姚伯寿为后援部队，前将军姚恢进军鹫峡，秦州刺史姚嵩进军羊头峡，右卫将军胡翼度进军汧城，共同讨伐杨盛。姚兴从雍城领兵前去，与那些将领在陇口汇合。

天水太守王松怱对姚嵩说：“先帝高超的谋略变化无常，徐洛生凭借自己的英才勇武辅佐王命，就是倚仗那样的条件，再次攻打仇池的时候，也免不了无功而回；这并不是因为杨氏的智谋勇力足以保全自己，而是那里的地势险要坚固罢了。如今依靠赵琨等人的大军，仰仗您的威信名望，与先帝时相比，实在不能够预见成功。您完全了解这样的形势，为什么不报告皇上呢！”姚嵩没有听从。杨盛率领部众与赵琨抗衡，双方僵持不下，姚伯寿胆小怯懦，不出兵增援，赵琨寡不敌众，被杨盛打败。姚兴斩杀姚伯寿之后回师。

姚兴任命杨佛嵩担任雍州刺史，率领岭北现有的军队攻打夏国。军队行军数日，姚兴对大臣们说：“杨佛嵩每次碰到敌人，便奋勇向前，不能自己控制，我经常限制他的军队，不让它超过五千人。这次他所统率的兵力已经太多了，碰到敌人就一定会失败，但是他们已经走远，追赶已经来不及了，应该怎么办呢？”杨佛嵩与夏王刘勃勃交战，果真败北，被刘勃勃擒获，扼住喉咙掐死。

后秦册立昭仪齐氏为王后。

北凉沮渠蒙逊迁都姑臧。

十一月己卯日，太尉刘裕抵达江陵，杀死郗僧施。当初，毛脩之虽然是刘毅的幕僚，但是素来私下与刘裕结交，所以刘裕特别饶恕了他。朝廷封王镇恶为汉寿子爵。刘裕问刘毅府的谘议参军申永道：“如今应该怎么做才适宜？”申永说：“消除那些过往的隔阂，加倍地施舍恩惠给百姓官员，重新严格依据门第来加封官职，公开选拔有才干的人，要做的就这些。”刘裕采纳了他的建议，命令减省赋税役差，放宽刑罚，依礼聘请有名望的人士，荆州的百姓都爱戴他。

豫州刺史诸葛长民骄横跋扈，贪婪奢侈，所作所为大多都不符合法度，成了百姓的一大祸患，他也经常担心太尉刘裕核查他。等到刘毅被诛杀，诸葛长民便对他的亲信说：“‘前年杀彭越，今年杀韩信。’我的大祸将要降临了！”于是，他屏退众人，问刘穆之：“有流言说太尉对我非常不满，为什么会这样呢？”刘穆之回答：“刘公逆流而上，讨伐刘毅，把老母与幼子全都托付给您照顾，倘若有一点点的不信任，何以能如此呢！”诸葛长民心里才稍微安稳一些。

诸葛长民的弟弟辅国大将军诸葛黎民游说诸葛长民说：“刘毅的死，也正是诸葛氏惧怕的，应该趁刘裕还没有返回，早做图谋。”诸葛长民犹豫不决，没有采取行动，过后叹息地说：“贫贱的时候，经常想着富贵，富贵之后又一定会面临危险。如今要想当一个普通的老百姓，如何能实现呢！”便给冀州刺史刘敬宣写信道：“刘毅凶狠暴戾，专断任性，自找灭亡。如今有叛逆之心的人即将被剿灭，天下就要太平，如果有富贵的事情的话，我们一定要共同享受。”刘敬宣回信说：“下官我从义熙初年以来，忝居三个州的刺史、七个郡的太守，经常害怕福气就要用完，灾祸就要降临头上，所以思虑避开好处，宁可吃亏受损。您所说的富贵的旨意，我实在不敢承当。”而且又把信送给刘裕，刘裕说：“刘敬宣终究没有辜负我。”

刘穆之忧虑诸葛长民叛乱，屏退别人向太尉行参军东海人何承天询问：“刘公这次能否得逞？”何承天说：“荆州不用担心不能马上平定，不过有另外一件值得担心的事情。刘公过去在左里大胜之后返回石头城，非常轻松随便；但这次回来，却应该更加谨慎。”刘穆之说：“没有你，就听不到这样的忠告。”

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