沈灵宝从庐江出发领军对晋熙发动进攻，晋熙太守阎湛之弃城逃走。

徐州刺史薛安都、益州刺史萧惠开、梁州刺史柳元怙、兖州刺史毕众敬、豫章太守殷孚、汝南太守常珍奇，全都派出使节请求投降。明帝觉得西南的叛乱已经平定，打算朝着淮河以北的叛军显耀威势。乙亥日，颁布诏书命令镇军将军张永、中领军沈攸之带领五万大军北上前去迎接薛安都。尚书左仆射蔡兴宗说：“薛安都归附朝廷，肯定不会是假的，这个时候正需要派出一个人，拿着一封信，前去迎接。要是现在用重兵前去迎接他的话，他肯定会起疑心，甚至会招来北方的胡虏，那样的话就会加深祸患。要是说他作为逆贼，罪孽深重，非要诛杀才行，那么之前被赦免的人实在是太多了。况且薛安都在外，占据的是北面战场的一个大的重镇，紧邻边界，地势险峻，兵力强盛，不管是包围还是进攻，都不容易攻陷，为了国家的利益，更是应当采用和平手段进行安抚；如果他背叛投靠北魏，那么朝廷就要日夜操劳去应对后患了。”明帝没有采纳他的提议，对征北司马代理南徐州事务的萧道成说：“我正打算利用薛安都抵抗的时机进行征讨，你觉得怎么样？”萧道成回答说：“薛安都非常狡猾，要是如今用大军逼迫他，恐怕不利于朝廷。”明帝说：“各路人马都很勇猛精锐，哪一次出击不能获胜！你无需多说了！”薛安都得知大军北上的消息之后，果然十分惊恐，派出使者向北魏投降，常珍奇也向北魏投降，将郡城悬瓠献出，二人同时向北魏请求发兵支援。

戊寅日，明帝将皇子刘昱立为太子。

薛安都将儿子作为人质送至北魏，北魏派出镇东大将军代郡人尉元、镇东将军魏郡人孔伯恭等率领一万名骑兵，朝东行进，支援彭城；派镇西大将军西河公拓跋石，都督荆、豫、南雍州诸军事张穷奇朝西进发，救援悬瓠。委任薛安都为都督徐、雍等五州诸军事、镇南大将军、徐州刺史、河东公；委任常珍奇为平南将军、豫州刺史、河内公。

兖州刺史申纂向北魏诈降，尉元接受了他们的归降但是却在暗中严加防守。北魏军队到达无盐，申纂将城门紧闭，登城坚守。

薛安都对北魏请求援兵的时候，毕众敬不赞同，派人到朝廷来请求投降；明帝委任毕众敬为兖州刺史。毕众敬的儿子毕元宾原本身在建康，在此以前，由于其他的罪名被处死。毕众敬得知这个消息之后，大怒，将佩刀拔出狠狠砍向庭柱，说：“我满头白发，就只有这么一个儿子，还无法保全，我怎么能一个人苟活！”十一月壬子日，北魏军队到达瑕丘，于是毕众敬请求投降北魏。尉元派出部将先将这座城池占领，毕众敬悔不当初，数天不吃不喝。尉元长驱而入，十二月己未日，在秺县驻军。

北魏西河公拓跋石来到上蔡，常珍奇率领文武官员出去迎接。拓跋石计划在汝水北岸驻守，没有立即进城，中书博士郑羲说：“尽管今天常珍奇亲自出来恭迎，但是难以预料他内心的诚意。倒不如直接入城，控制住城门，攻占府库和官府，控制住他的要害，这是万全之策。”于是拓跋石骑着马入城，在城中大设筵席，饮酒作乐。郑羲说：“察看常珍奇的脸色，很是愤愤不平，不能够不暗中提防。”于是加强守卫。当天夜里，常珍奇派人放火将官府房屋焚烧，想要发动变乱，但是因为拓跋石戒备森严，只得中途停止。郑羲，是郑豁的曾孙。

淮西七郡大多数百姓都不愿意归降北魏，村与村联合起来朝南逃亡。北魏派出建安王陆馛前来安慰最近才归附的地区；百姓中有被部队强行掠走当奴仆婢女的，陆馛下令全都释放，最近才归附的百姓这才欢欣鼓舞。

乙丑日，明帝颁布诏书，只要是因拥护寻阳政权而遭到免除官职被拘禁起来的人，全部赦免，并且量才任用。

刘勔将寿阳包围，从本年初春直至冬末，不管是进攻还是抵御，每战必胜，又由于心胸宽厚，很受将士们的拥护。寻阳政权覆灭之后，明帝命令中书发出诏书，招降守将殷琰，蔡兴宗说：“天下现已平定，正是殷琰反思自己过错的时候。陛下只需亲自写下几行字来进行安慰，加以引导，他就能够投降。现在由中书颁布诏书的话，他肯定怀疑这并非真的，这并非迅速消除一方灾难的办法。”明帝没有采纳。殷琰收到诏书，果真以为这是刘勔设下的圈套，因此不敢投降。杜叔宝将寻阳政权覆灭的消息严密地封锁起来，只要有传递这些信息的人，立即处死，城防更加坚固。后来，只要有人出城投降，明帝都让他们来到寿阳城下，让他们和城中的守军交谈，守军这才得知外面的情况，因此军心开始动摇。

殷琰计划投降北魏，主簿谯郡人夏侯详劝殷琰说：“现在我们之所以支持寻阳政权，最初的意思是对皇家效忠。要是有人主持朝廷的话，就应当归附朝廷，怎么能够投向北方，穿上左边开襟的服装！并且如今魏军已经接近淮河，建康官军还不清楚我们的想法，要是能够派使节去表现我们的真诚，他们肯定会愿意接纳，哪里只是免死。”于是殷琰派夏侯详出城拜见刘勔。夏侯详劝刘勔说：“眼下城中的军民，尽管清楚身陷困境，但是依旧坚守的缘由，是担心将军会杀死他们，因此大家都想要向魏投降。希望将军不要继续发动攻击，下令赦免，那样的话他们没有不相继前来归降的。”刘勔同意了，命夏侯祥来到寿阳城下，呼喊城中人，将刘勔的承诺转告给他们。丙寅日，殷琰带领他的属下自行将双手反绑身后，出城归降，刘勔全都进行安慰，没有杀一个人。进城以后，严格约束军队，城中居民的生命财产都没有丝毫的损失，寿阳人十分高兴。北魏的军队已经抵达师水，即将前去救援寿阳，得知殷琰已经归降的消息之后，就劫掠几千名义阳人而还。后来，殷琰又一次担任官职，出任少府的时候过世。

萧惠开担任益州刺史的时候，性情凶残，肆意诛杀，蜀地百姓因此十分怨恨。听说东下的费欣寿全军覆灭，北上的程法度也不能继续前进，于是晋原郡率先造反，其余各郡也纷纷响应，各郡联军将成都包围。成都城中的东方军队不足两千人，萧惠开将当地居民全都放走，自己独自和东方军队登城坚守。益州人听说寻阳政权已经覆灭，个个争着想要进城屠杀。各郡联军有十多万人之众。萧惠开每次派兵迎战，都会获胜。

明帝派萧惠开的弟弟萧惠基，自陆路赶赴成都，将萧惠开赦免。萧惠基走到涪城的时候，益州人不让萧惠基继续前进。萧惠基只能率领军队发动进攻，将他们的长官杀死，之后才能够继续前进。萧惠开接受诏书，打开城门投降，成都的围困这才能够解除。

明帝又派与萧惠开同族的萧宝首自水路奔赴益州，进行安抚。萧宝首想将叛乱的平定当作自己的功劳，于是从中唆使、鼓动益州人再次造反，对萧惠开发起攻击。一时间，到处重燃战火，已经解散了的各郡联军，又一次聚集起来，跟从萧宝首，对成都展开进攻，部众号称二十万大军。萧惠开打算进攻，将领们都说：“萧宝首是天子派来的慰劳使臣，要是我们抵抗的话，如何能够表明自己的心意？”萧惠开说：“我们到京城去的道路被阻断，不开战的话，如何能够沟通与京城的联络？”于是派宋宁太守萧惠训等率领一万士兵，出城迎敌，击败联军，生擒萧宝首，关押在成都，之后派出使者到朝廷汇报情况。明帝下令将萧宝首押解回建康，同时召萧惠开回到京师。明帝询问他为什么支持寻阳政权，萧惠开说：“我只知道逆是什么，顺是什么，但是并不知道天命所在；何况，要是不是我也不能作乱，要是不是我也不能够将叛乱平定。”明帝将他赦免。

这一年，朝廷设立侨居在南方的兖州，治所就设在淮阴；徐州的治所设在钟离，青、冀二州共设立一个刺史，治所设立在郁州。郁州位于大海之中，方圆几百里，用石头修筑城墙，高约八九尺，虚设很多郡县，但是并没有多少百姓。

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