起初，百济西部有个人叫黑齿常之，身高七尺有余，勇猛而有计谋，在百济任达率兼郡将，与唐朝刺史的职位相同。唐将苏定方攻下百济，黑齿常之带领部下跟着百济人归降于唐朝。苏定方将百济王和太子囚禁起来，放任军队进行抢掠，成年人很多被杀死。黑齿常之害怕，跟十几位手下逃回本部，将被打散的士兵聚集起来，保住任存山，结起栅栏以巩固防守，十天到一月之间有三万多人前来归附。苏定方派兵进攻，黑齿常之抵抗，唐兵失利；黑齿常之又占领二百多座城池，苏定方没办法攻克这些城池，只好返回。黑齿常之跟别部将沙吒相如各据守险要以响应福信，百济失败之后，他们带领部众归降刘仁轨。刘仁轨派黑齿常之、沙吒相如带领他们的部众去攻占任存城，还支援他们武器与粮食。孙仁师说：“这类人的内心如同禽兽，怎么可以相信呢！”刘仁轨说：“我看这两人都忠诚勇敢而且有谋略，重视信义；只是上次投奔了不合适的人，如今正是他们感激立功的时候，不用怀疑。”于是发给武器与粮食，分兵跟随他们，攻下任存城，迟受信抛弃妻子、儿女，投奔高丽。

皇上命令刘仁轨率领部队镇守百济，召孙仁师、刘仁愿回朝。百济经历战火之后，房屋凋敝破败，尸横遍野。刘仁轨开始下令掩埋骸骨，登记户口，整理村落，任命官长，开通道路，架设桥梁，修葺堤堰，恢复池塘，督促民众种田养蚕，赈济贫穷的人，赡养没有依靠的老人，建立唐朝的社稷，颁布唐朝历法和已故皇帝名讳；百济民众很高兴，全境内的百姓都安稳从事自己的行业。之后又治理屯田，贮藏粮食，训练士卒，图谋进攻高丽。

刘仁愿回到京师长安，皇上问他：“你在海东，前后上奏的事情，都很合时宜，又很有文理。你本是武人，怎么做到的？”刘仁愿说：“这均是刘仁轨所为，不是我所能做到的。”皇上听后很高兴，给刘仁轨晋升六级官阶，正式任命为带方州刺史，为他在长安建筑住宅，给他的妻子、儿女优厚的赏赐，派使者带着加盖御玺的诏书前去慰劳勉励他。上官仪说：“刘仁轨遭到罢黜之后仍为朝廷尽忠，刘仁愿掌握指挥权而能推荐贤德之人，都可以说是君子了！”

冬季十月辛巳朔日，皇上命令太子每隔五日在光顺门内视察各部门呈奏事情，比较小的事情，都由太子全权裁决。

十二月庚子日，皇上下令明年更变年号。

壬寅日，朝廷任命安西都护高贤为行军总管，带兵攻打弓月以援救于阗。

这一年，大食攻击波斯、拂菻，将他们击败；向南侵扰婆罗门，吞灭各胡族，拥兵四十余万。

麟德元年（甲子，公元664年）

春季正月甲子日，唐朝将云中都护府改成单于大都护府，将殷王李旭轮任命为单于大都护。

起初，李靖攻破突厥，将三百帐迁移至云中城，阿史德氏担任官长。从此以后，部落逐渐增加，阿史德氏到唐朝朝廷晋见，请求像胡人一样根据自己的法律立亲王为可汗以统领他们。皇上召见他，对他说：“现在的可汗，就是古代的单于。”于是改名为单于都护府，由住在长安的殷王李旭轮遥任都护。

二月戊子日，皇上到了万年宫。

夏季四月壬子日，卫州刺史道孝王李元庆去世。

丙午日，魏州刺史郇公李孝协由于犯下贪赃罪，被赐自杀。司宗卿陇西王李博乂上奏说李孝协的父亲李叔良过去为朝廷牺牲，孝协没有兄弟，怕是要断绝子嗣。皇上说：“法律是一致的，不因为亲近或者疏远而有所不同，若是伤害人民，即便是皇太子也不能赦免。李孝协有一个儿子，何必担忧没人祭祀祖先呢！”李孝协最后在宅第里自杀了。

五月戊申朔日，遂州刺史许悼王李孝去世。

乙卯日，朝廷在昆明的弄栋川设置姚州都督府。

秋季七月丁未朔日，皇上下诏定于麟德三年正月在泰山举行祭祀。

八月丙子日，皇上回归京师长安，来到他任晋王时的宅第，住了七天；壬午日，回到蓬莱宫。

丁亥日，朝廷任命司列太常伯刘祥道兼任右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。

冬季十月庚辰日，检校熊津都督刘仁轨上奏说：“我看见留在这里镇守的士兵们，很多人都疲惫瘦弱，勇猛强壮的很少，衣服破旧单薄，只想着回到西面的故乡，没有在这里效力的心情。我曾经问他们‘从前在西面的故乡时，我看到百姓踊跃应征招募，争着要从军，有人甚至还自备衣服口粮，称为“义征”，为什么现在的士兵竟是这样呢’？他们都说：‘现在的官府跟从前不同，人心也不一样。以前在东西征伐，为朝廷牺牲时，都承蒙皇帝派使者吊唁祭奠，给死者追封官爵，或者把死者的官爵回授给他的子弟，凡渡辽海东征的，都赏赐一级功勋。从显庆五年开始，东征的人数次渡海，官府都不记录他们的功勋，死去的更是没人过问他们的姓名和死因。州县官吏每次征召百姓当兵，强壮而富有的人，花钱贿赂办事人员，都得以免征；而贫苦的人即便年老体弱，也立即被征发入伍。不久前攻占百济及平壤的苦战，当时将帅发出号令，答应按功绩赏赐，没有考虑不到的地方；等到返回西海岸，只听说被拘捕，被追究监禁，夺去赏赐，免掉勋级，州县官吏上门催缴租赋，简直无法生存，公私都困窘疲敝，一言难尽。因此昨天从海西出发的时候，就已经有逃亡或使自我伤残的人，不只是到了海外才这样。还有，本来把因征战获得勋级看成一种荣耀；而每年出征时，全让有勋级的人挽舟拉车，其辛劳程度跟民夫没有两样，百姓之所以不愿从军，大概都因为这些。’我又问：‘从前士卒留在这里镇守五年，还能够支持，现在你们才经历一年，为什么衣着这样破露单薄？’他们都说：‘刚从家乡出发的时候，只让预备一年用的物资服装；现在已经二年，还没有回家的日期。’我检查军士所存留的衣服，今年冬天尚可应付，明年秋季以后，完全没有准备好。陛下将这些人留在海外，想消灭高丽。百济、高丽，从前就相互支援，倭国人虽然距离遥远，也互相影响呼应，若没有我们的军队在这里镇守，他们还会成为一国。如今既凭借士卒戍守，又设置屯田，靠的是士卒的同心协力，而他们既然有这种议论，怎么能指望获得成功！若不有所更改，给予士兵优厚的慰劳，明确赏赐有功，切实责罚过失，以鼓起士气，而只是像从前那样处理，恐士卒疲惫，士气低落，不能成功。这些不顺耳的事情，也许没有人向陛下详细地说清楚，所以我无保留地说出肺腑之言，冒死向陛下陈述。”

皇上采纳他的建议，派遣右威卫将军刘仁愿带兵渡海换掉原来留守的士兵，并命令刘仁轨一起返回朝廷。刘仁轨对刘仁愿说：“国家派兵驻于海外，想借此治理高丽，这件事不容易。现在秋收还没有完成，而军吏与士兵们同时全部替换，将领也要回去；夷人不久之前才被征服，人心尚未安定，一定会发生新的变故。不如暂时将旧兵留下，慢慢继续完成秋收，准备好粮食和物资，然后分批遣返；将领也应该暂时留下来安定局面，不能马上返回。”刘仁愿说：“我上次回到海西，遭到许多诽谤，说我留下很多士兵部队，图谋割据海东，几乎不免杀身之祸。现在只知道根据皇帝的指令办事，哪里还敢擅自作主！”刘仁轨道：“作为臣子，只要是有利于国家的事，知道了就一定要办，怎么能顾惜自己！”于是上奏表陈述怎么处理对国家有利，自己则请求留下镇守海东。皇上采纳了他的建议。朝廷又任命扶馀隆为熊津都尉，让他招抚剩下的部众。

起初，皇后能委屈自己忍受羞辱，顺应皇上的旨意，所以皇上力排众议将她立为皇后；待到她得志之后，作威作福，皇上想有所作为，经常被她所牵制，皇上很愤怒。有位道士名叫郭行真，出入皇宫，曾施行诅咒压服别人的法术，宦官王伏胜揭发此事。皇上大怒，私下召来西台侍郎、同东西台三品上官仪商议。上官仪于是进言说：“皇后专权自恣，天下百姓都不赞成，请将她废黜。”皇上也认为应该这么办，立刻命上官仪起草诏令。

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