第二天，太祖将一根荆棘丢在地上让太子拾起来握在手中，太子面有难色，太祖笑着对他说：“朕让你捡起这根棍子，你怕上面的刺会刺到你，如果把刺除去不就没事了吗？朕现在杀了他们，是在为你除刺啊，你难道不明白朕的苦心吗？”

太子辩驳道：“上有明君，自然有忠臣，有什么样的皇帝，就会有什么样的臣民……”话还没说完，太祖忽然脸色一变，站起来举起几案就朝太子扔去。太子忙起身躲开，然后将怀里的背子图掏出来抛到地上。

太祖捡起图一看，顿时嚎啕大哭起来，没有再追究太子的过错。

鲁王朱檀喜欢吞金，终于毒发身亡。潭王朱梓有心谋变，最后夫妻双双自焚而死。太子目睹这一切，惶惶不可终日。

原来，潭王朱梓的母妃阇氏本是陈友谅的妃子，当年太祖逼迫阇氏侍寝的时候，阇氏的肚子里就已经怀上了朱梓。所以，朱梓是遗腹子，当然此事除了阇氏，无人知晓，就连太祖本人也不知道。所以，朱梓成年后，太祖像对待其他所有儿子一样，为他封了藩，封他去长沙做藩王。

临行前，朱梓来向母亲阇氏告别。

阇氏问他：“你要去哪里？”

朱梓回答说：“去我的封地。”

阇氏问：“封地在哪儿？”

朱梓说：“在长沙。”

阇氏又问：“谁封你去的？”

朱梓说：“当然是父皇了。”

阇氏反问道：“你父亲？你父亲在哪？”朱梓感觉事情不对劲，便跪下来问母亲。阇氏方才哭着将朱梓的身世告诉了他，并向他哭诉说为了保住他，自己受了多大的委屈，让他千万不要忘了自己身上流着谁的血。

朱梓得知自己的身世后，就匆忙来到了长沙，从此以后，整天闷闷不乐，和府上的人饮酒作诗消遣度日。

后来，朱梓的岳父于显和小舅子于琥因胡惟庸案连坐被诛杀，他竟愤而谋起反来。恰恰这时太祖要召见他，朱梓担心自己的计划被暴露，愤愤地说：“我宁可去见阎王，也不见杀父仇人！”说完，一把火把自己的寝殿烧了，自己则和妻子于氏一同跳入了火海里。

朱梓的母亲阇氏又忧又悔，没过几天也去世了。

史书记载朱梓是达定妃所生，但达定妃没有记载姓氏，可能因为明代档案讳莫如深，无从参考，史书也只好含糊过去了吧。

至于李善长被赐死，也是受到胡惟庸案的牵连。

李善长的弟弟李存义和胡惟庸结成了儿女亲家，胡惟庸伏法后，李存义本该被连坐，但太祖念他有功，就赦免了他的死罪，只将他贬去了崇明。可李善长却没有入宫来谢恩，这让太祖十分不满。

后来，李善长向信国公汤和借用三百名士兵帮他盖房子，汤和虽然答应了，暗地里却把这件事告诉了太祖。

那时候，京城里有很多百姓都被胡惟庸案牵连，其中有一个叫丁斌的是李善长的亲戚，李善长后来为了丁斌来找太祖求情，太祖听了越发生气，回去后，就让人对丁斌严加审问。

丁斌本来是在胡惟庸家里做事的，一经审问，就将当日李存义和胡惟庸如何勾结的事情全部说了出来。刑部不敢懈怠，又抓来李存义父子严审。李存义父子受不住刑，居然把所有事情的缘由都推到李善长身上。而当时的朝臣们正纷纷想法子阿谀奉承太祖，于是便抓住机会联合起来弹劾李善长，说他大逆不道，理应诛杀。落井下石，真是让人可悲可叹。

太祖本来还想对李善长格外开恩，偏偏太史这时候上奏说星辰有变，应在大臣身上，一定要重罚。

于是太祖就下了一道旨，赐李善长自尽。

可怜李善长已经七十七岁了，最后竟然落得一个上吊自杀的下场。更不幸的是，李善长全家七十多口人也全部被杀害。既然这次天象有变应在大臣，李善长一个人死了不就可以了吗？何必要将七十多人全部杀害呢？

除此之外，还有吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、江南侯陆聚、宜春侯黄彬、豫章侯胡廷美（胡廷瑞）、荥阳侯郑遇春等人都遭到连坐，被太祖诛杀。太祖还列出众臣的罪状，写了一份奸党录，公告天下。

当时只有虞部郎中王国用替李善长哭冤，为他写了一封奏折。可奏折呈上去后，就像石沉大海一般。这已经算是很幸运了，幸而太祖没有追究，否则王国用也会被关进大牢。

太子朱标心地仁厚，看到这一切心里很过意不去，后来他冒着危险进谏太祖，结果却被太祖斥责，太子心里因而越发觉得不痛快。后来，太祖以关中地区地势险要，竟想要迁都，秦王朱樉唯恐失去封地，因此颇有怨言。太祖于是命人把秦王召回软禁了起来，并命太子亲自前往关中察看秦王有没有什么过失。太子回来后，一再说秦王无罪，请求太祖赦免秦王。太祖不肯相信，太子因此忧郁成疾，于洪武二十五年夏季去世，谥号懿文太子。

此时，太祖已连纳数妃，连生十数子，其中朱椿为蜀王，皇十一子。朱柏为湘王，皇十二子。朱桂为代王，皇十三子。朱楧为肃王，皇十四子。朱植为辽王，皇十五子。朱栴为庆王，皇十六子。朱权为宁王，皇十七子。朱楩为岷王，皇十八子。朱橞为谷王，皇十九子。朱松为韩王，皇二十子。朱模为瀋王，皇二十一子。朱楹为安王，皇二十二子。朱柽为唐王，皇二十三子。朱栋为郢王，皇二十四子。朱鹥为伊王，皇二十五子。加上之前封的九个王，一共二十四位藩王。

在这二十四个儿子中，尤属燕王朱棣最为刚毅勇猛，太祖常说燕王最像自己，对他也特别钟爱。

太子死后，太祖本想立燕王为储君，只因太子已经有了五个儿子才打消了这个念头。

太子的嫡长子早夭，次子叫朱允炆，他就是后来的建文帝。

太祖想立燕王为储君，便在东角门召开群臣会议。

太祖对众臣们说：“太子不幸因病去世，古人常说国有储君，才能福泽万民。朕现在有意立燕王为储君，你们意下如何？”

学士刘三吾上奏说：“陛下的皇孙已经成年，又是嫡出，由他继位才是正统，古往今来都是这样的。若陛下要立燕王的话，那秦王、晋王将做何感想？长幼有序，不能不顾及秦王和晋王呀！臣的意思是，陛下还是立皇孙为储君最好。”见群臣都不同意，太祖只好立朱允炆为皇太孙。

太子在世的时候，凉国公蓝玉和太子有闻接戚谊，一向来往密切。

蓝玉北征回来后，对太子说：“臣发现燕王在封地的行事作风跟皇帝基本没有区别，有人还说燕王有天子之气，殿下最好留心着点！”

太子说：“燕王对我很好啊，绝对没有这种事。”

蓝玉说：“殿下对臣很好，所以臣才敢对殿下说这些，希望真的没有这种事吧。”太子默然不说话。

这事被传到了燕王那里，燕王因此记恨上了蓝玉。太子薨逝后，燕王入朝上奏太祖说：“朝廷之上有人满嘴胡言，罔顾法纪，儿臣担心尾大不掉，请父皇严加处置。”燕王虽然没有明说是谁，暗地里却请太祖按罪严惩蓝玉。

毫不知情的蓝玉还是像往常一样桀骜不驯，不知收敛，不久又出兵抓回西番逃犯祁者孙和建昌卫叛帅月鲁帖木儿，蓝玉立了功气焰更胜，满心以为又可以加官晋爵了。

谁知太祖却对他冷眼相待，并不升他的官。册立皇太孙的时候，太祖命蓝玉兼任太子太傅，让冯国胜、傅友德做太子太师。蓝玉拂袖大声抗议说：“难道我不配做太师吗？”此后一直怏怏不乐，太祖让他入朝赴宴他也不去，摆架子。太祖因此对蓝玉越发疑心，对蓝玉的折子也爱理不理，蓝玉的请求没有一个应允。

洪武二十四年，四川建昌发生叛乱，太祖命蓝玉讨伐，临行前，太祖面授机宜，命蓝玉手下的将领退下，连说三次，竟然没有一个人动身，然而蓝玉一挥手，他们立刻就没了身影。这使太祖下决心要除掉蓝玉。

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