董卓进入洛阳，手底下仅有三千步兵和骑兵，自己知道数量太少，担忧不能使得远近都能归服，于是每隔四五日，就派军队在晚上偷偷地出发到军营附近处，次日早上，再严整军容，大张旗鼓地返回洛阳，让人觉得西方凉州又派来了援兵，而洛阳城中没人知道他的底细。不久后，何进与何苗的部下都归顺于董卓，董卓又暗地里派遣丁原部下的司马、五原人吕布杀死丁原而吞并了他的部队，自此董卓兵力大增。于是他暗示朝廷，以长久下雨不停止为缘由，让皇帝颁策免除司空刘弘的职务，由自己取而代之。

起初，蔡邕被流放至朔方郡，逢大赦后返回故乡。五原郡太守王智，是中常侍王甫的弟弟，上奏指控蔡邕诽谤朝廷；于是蔡邕流亡四海，前后长达十二年，董卓听闻蔡邕的名声，便征召他做自己的僚属，蔡邕自称有病而不肯接受征召。董卓非常生气，大骂道：“我能将蔡邕全族杀得一个不留！”蔡邕十分害怕，只好接受命令，抵达洛阳后，被任命为司空祭酒，董卓对蔡邕非常敬重，以考绩优秀为理由举荐他，让他在三日之内连续升迁三次，在三个不同的官署任职，最终被任命为侍中。

董卓对袁绍说：“天下的君主，应该由贤明的人来当，每次想到灵帝，便使人愤恨！‘董侯’看上去可以，现在我准备改立他为皇帝，不知他是否能胜过‘史侯’？有的人有小聪明而犯大糊涂，谁知道他日后会怎样？假如他也不行，刘氏就不值得再留种了！”袁绍说：“汉朝统治天下大约四百年，德行深厚，万民拥护。现在皇上年龄尚幼，没有什么传布天下的过错。您想废嫡改立庶，怕是大家不会赞同您的提议！”董卓手按剑柄，呵斥袁绍说：“小子，你居然这么大胆！天下的事，难道不是由我决定！我想要这么做，谁敢不服从！你觉得董卓的刀不锋利吗！”袁绍勃然大怒说：“天下的英雄豪杰，难道只有你董公一个人！”袁绍将佩刀横过来，向众人作了一个揖，径直而出。董卓因新到洛阳，看见袁绍是世代高官的大家，所以没敢加害于他。袁绍将司隶校尉的符节悬挂在上东门，逃奔冀州。

九月癸酉日，董卓召集文武百官，强硬蛮横地说：“皇帝能力很弱，没办法侍奉宗庙，做统治天下的君主。如今我想根据伊尹、霍光的前例，改立陈留王为皇帝，大家觉得如何？”公卿及以下官员全都十分惶恐，没有人敢回答。董卓又高声说道：“从前霍光定下废立的大计之后，田延年手里握着剑柄，准备杀死反对的人。现在有谁胆敢反对这个计划，全以军法从事！”在座的人没有不震惊的，只有尚书卢植说：“从前太甲继位之后政治昏暗，昌邑王有一千多条罪状，所以有废立这样的事情发生。如今皇帝年龄尚小，行为上也没有什么有失德行之处，不能跟从前相比。”董卓非常生气，离座而去。他想要杀死卢植，蔡邕为卢植求情，议郎彭伯也劝阻董卓说：“卢尚书是全国著名的大儒，颇受人尊重。现在先杀了他，便让全国都陷入恐惧之中。”董卓这才停止动手，仅仅免除卢植的官职而已。于是，卢植逃至上谷郡隐居起来。董卓让人将废立皇帝的计划送给太傅袁隗看，袁隗回报表示同意。

甲戌日，董卓又在崇德前殿召集文武百官，威胁何太后下诏废黜少帝刘辩，诏书上说：“皇帝为先帝守丧这段时间里，并没有尽到做儿子的孝心，而且缺少君王应有的威仪。现在废他为弘农王，立陈留王刘协为皇帝。”袁隗将少帝刘辩身上佩带的玺绶解下来，献给陈留王刘协。然后扶弘农王刘辩下殿，对着坐在北面的刘协称臣。何太后哽咽流泪，群臣都心情悲愤，但没有敢站出来说话的。董卓又提出：“何太后曾经逼迫婆母董太皇太后，使得她忧郁而亡，违背了儿媳孝敬婆母的礼节。”于是，将何太后迁至永安宫。大赦天下，将年号昭宁更改为永汉。丙子日，董卓用毒药杀死何太后。公卿及以下官员没有穿丧服，在参加丧礼的时候，只是穿着素衣而已。董卓又将何苗的棺木掘出来，挖出尸体，肢解后砍为几段，扔于道边。还杀死何苗的母亲舞阳君，把尸体扔在御花园的枳苑中。

下诏，任命朝中公卿及以下官员的子弟为郎官，来补充从前由宦官担任的职位，在宫殿里服侍皇帝。

乙酉日，任命太尉刘虞为大司马，封襄贲侯。董卓自己任太尉之职，兼前将军，并赐给代表皇帝权力的符节，以及作为仪仗的斧钺和虎贲卫士，进封为郿侯。

丙戌日，任命太中大夫杨彪为司空。

甲午日，任命豫州牧黄琬为司徒。

董卓带三公等大臣上书，请求重新审核陈蕃、窦武以及党人的案件，全部恢复爵位，派使者去祭扫他们的坟墓，并擢用他们的子孙为官。

自六月到九月，大雨绵绵不断。

冬季十月乙巳日，安葬何太后。

白波叛军攻打河东郡，董卓命令部下将领牛辅率兵讨伐。

当初，南匈奴单于於扶罗继位之后，谋杀其父的南匈奴人反叛，共同拥立须卜骨都侯为单于。於扶罗去洛阳向朝廷控诉他们。正好赶上上灵帝驾崩，天下大乱，於扶罗便带领数千骑兵与白波叛军共同进犯郡、县。当时的百姓都集结于坞堡里自守，於扶罗没有劫掠到什么东西，自己的部队却损失不少。他想再回到自己的领地去，但南匈奴人不再容留他，他只得停留在河东郡的平阳县。须卜骨都侯做了一年单于之后就死了，南匈奴的王位于是空下，而由须卜骨都侯的父亲代行单于职位。

十一月，任命董卓为相国，特许他参拜皇帝的时候不唱名，上朝不趋行，可以佩剑穿鞋上殿。

十二月戊戌日，任命司徒黄琬为太尉，任命司空杨彪为司徒，光禄勋荀爽为司空。

开始时，尚书、武威人周毖，城门校尉、汝南人伍琼劝说董卓矫正桓帝、灵帝时的弊政，征召天下著名的士人来争取民心，董卓听从了这个建议，命令周毖、伍琼与尚书郑泰、长史何颙等淘汰贪赃枉法与不称职的官员，提拔被压制的人才。于是征召没当过官的士人荀爽、陈纪、韩融、申屠蟠入朝当官。又派遣使者到荀爽家乡去任命他为平原国相，荀爽在赴任途中行至宛陵，又被任命为光禄勋。荀爽到任办公三天，又升任为司空。从他被征召，到升任为三公，共计九十三天。又任命陈纪为五官中郎将，韩融为大鸿胪。陈纪，是陈寔的儿子；韩融，是韩韶的儿子。荀爽等人都惧怕董卓的残暴，被征召就不敢不来。唯有申屠蟠接到被征召的命令后，别人都劝他前去，他笑而不回答。董卓到底没能勉强他做官，他活到七十多岁，在家寿终正寝。董卓又任命尚书韩馥为冀州牧，侍中刘岱为兖州刺史，陈留人孔伷为豫州刺史，东平人张邈为陈留太守，颍川人张咨为南阳太守。董卓自己的亲信，并没有身处要职，仅是在军队中担任中郎将、校尉一类的职位。

下诏废除光熹、昭宁、永汉这三个年号。

董卓生性残忍，一旦专权，便拥有全国的武装力量与国库中的各类珍宝，威名震慑天下，欲望没有止境，他对门下的宾客说：“我的面相，是尊贵无上的！”侍御史扰龙宗晋见董卓汇报事情，没有解下佩剑，当即便被杀死。当时，洛阳城内有很多皇亲国戚，宅第相望，家家都堆满了金银财宝，董卓放纵他的士兵冲入他们的住宅，掠夺财物，强奸妇女，并不回避皇亲国戚。使得人心惶恐，朝不保夕。董卓悬赏紧急捉拿袁绍，周毖、伍琼对董卓说：“废立皇帝这类大事，并不是一般人能理解的。袁绍不识大体，内心恐惧而逃走，并不是因为其他的想法。如今急着悬赏捉拿他，一定会让他造反。袁氏家族连续四世建立恩德，门生、故吏遍布天下，若袁绍收罗豪杰以聚集徒众，其他豪杰便会借机起事，那样的话崤山以东地区就不归您所有了。不如赦免袁绍，任命他为一个郡的太守，他因为赦免而感到高兴，就一定不会再有后患。”董卓认为有道理，于是派遣使者去任命袁绍为勃海太守，封为邟乡侯。又任命袁术为后将军，曹操为骁骑校尉。袁术惧怕董卓，逃往南阳。曹操更改姓名，从小路向东逃往家乡，经过中牟县的时候，亭长疑心他来历不明，捉起来送至县里。当时县里已收到董卓下令逮捕曹操的公文，唯有功曹心里知道他是曹操，认为天下正乱，不应当拘捕英雄豪杰，便向县令建议将曹操释放。曹操回到陈留郡，变卖家产，聚集起五千人的军队。

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