夏季四月丁巳日，献帝患病刚好，在未央殿大会群臣。董卓身穿朝服，乘车入朝，从军营到皇宫的道路两旁警卫密布，左侧是步兵，右侧是骑兵，由吕布等在前后护卫。王允命士孙瑞亲自书写诏书交给吕布，吕布让同郡人骑都尉李肃与勇士秦谊、陈卫等十几人身穿卫士服，伪装成卫士，守卫在北掖门等待董卓。董卓一进门，李肃便举戟刺杀；董卓内穿铁甲，未能刺入，只刺伤了他的手臂，他从车上跌落下来，回头大喊：“吕布在哪里？”吕布说：“奉皇帝诏令讨伐贼臣！”董卓大骂说：“狗崽子，你竟然敢如此！”吕布不等董卓骂完，就手持铁矛将他刺死，并催促士兵砍下他的头颅。主簿田仪以及董卓的奴仆扑到董卓的尸前，吕布也将他们杀死，共杀了三个人。吕布立即从怀中取出诏书，命令官兵们说：“皇帝下诏讨伐董卓，其余人一律不问。”官兵们听后都站立不动，大呼万岁。百姓在街道上唱歌跳舞，表示庆祝，长安城中的士人、妇女卖掉珠宝、首饰与衣服，买来酒和肉，互相庆贺，街市因此拥挤不堪，水泄不通。董卓的弟弟董旻、董璜以及留在郿坞的董氏宗族老幼，全都被他们的部下砍死、射死。董卓的尸体被拖到集市示众。当时天气逐渐炎热，董卓向来肥胖，油脂流到地上，看守尸体的官吏便制作了一根大灯捻，放在董卓的肚脐上点燃，从晚上一直燃到天亮，就如此一连燃烧了几天。受过董卓迫害的袁氏门生把已经被斩碎的董卓的尸体收集起来，焚烧成灰，扬撒在大路上。郿坞中藏有黄金二三万斤，白银八九万斤，绫罗绸缎、奇珍异宝堆积如山。献帝任命王允为录尚书事，吕布为奋威将军、假节，礼仪等待遇都与三公相等，封为温侯，与王允共同主持朝政。

董卓被诛杀时，左中郎将高阳侯蔡邕正在王允家中作客，听闻这一消息后，为之惊叹。王允勃然大怒，叱责他说：“董卓是国家的大贼！几乎灭亡了汉室的江山。你是汉朝的大臣，应该同仇敌忾，而你心念他的私人恩惠，反过来替他悲痛，这岂不是与他一同为逆！”当时就将蔡邕收捕，交付廷尉。蔡邕谢罪说：“我虽然身处这样一个不忠的地位，但是对古今君臣大义，耳中经常听说，口中经常提及，怎么也不会背叛国家而心向董卓的！我愿意接受在脸上刺字、砍脚的处罚，让我继续写完《汉史》。”很多士大夫同情蔡邕，设法营救他，却没有成功。太尉马日对王允说：“蔡伯喈是举世奇才，对汉朝的史事典章非常了解，应当让他完成史书，这将会是一代大典；况且他所犯的罪过是微不足道的。杀了他，岂不令天下士人失望！”王允说：“过去汉武帝没有杀司马迁，后来使得他所作的谤书《史记》流传后世。现在国运中衰，兵马就在郊外，不能让奸佞的臣子在幼主身边撰写史书，否则既无益于皇帝的圣德，还会使我们这些人蒙受诋毁。”马日退出后，对别人说：“王允大概不会有后代留存了！善良的人是国家的楷模；史著是国家的经典；毁灭楷模，废弃经典，这样岂能长久！”蔡邕便死在狱中。

起初，黄门侍郎荀攸与尚书郑泰、侍中种辑等密谋：“董卓骄横残忍，没有真正的亲信，虽然手握强兵，实际上却是一个孤立的独夫民贼，可以直接将他刺死！”事情将成，而消息泄漏，荀攸被捕入狱，郑泰逃走，投靠袁术。荀攸在狱中的言谈与饮食都与平时一样，恰逢董卓被杀，荀攸得以幸免。

青州的黄巾军进攻兖州，兖州刺史刘岱打算出兵迎敌。济北国相鲍信劝谏他说：“如今黄巾军有百万之众，百姓全都非常恐慌，士卒也没有斗志，不能对抗敌人。但是黄巾军没有辎重，只靠劫掠来供应军需，如今我们不如蓄留实力，先固守城池；敌军求战不得，攻城不克，势必离散，然后我们再挑选精兵，占据要害关口，就可以将敌军打败。”刘岱没有采纳，率军出战，结果被黄巾军杀死。

曹操的部将东郡人陈宫对曹操说：“如今刺史死了，州中无主，与朝廷的联络也已经中断，我想去劝说州中的主要官员，同意由您来主持州中事务，以此作为资本，进而夺取天下，这是霸王大业。”于是，陈宫前去游说别驾、治中等主要官员说：“如今天下分裂，而州中无主；曹操是一代英才，倘若迎接他当刺史，一定能够使百姓安宁。”鲍信等也有同样的看法，便与州中官吏万潜等人来到东郡，迎接曹操兼任兖州刺史。曹操随后率兵到寿张县东攻打黄巾军，不能取胜。黄巾军骁勇善战，而曹军则兵力薄弱，曹操稳定军心，鼓舞士气，严明赏罚制度，并且连设奇计，昼夜不停地作战，每次都擒获不少敌军，黄巾军便退出兖州。鲍信战死，曹操悬赏寻找他的尸体，可终究没有找到，于是就雕刻了一个鲍信的木像。下葬时，曹操亲自去祭奠，放声大哭。朝廷任命京兆人金尚为兖州刺史。金尚要去赴任，遭到曹操迎击，金尚逃离，投奔了袁术。

五月，任命征西将军皇甫嵩担任车骑将军。

起初，吕布劝王允把董卓的部下全部杀掉，王允说：“这些人没有罪过，不可处死。”吕布想要把董卓的财物赏赐给公卿以及领兵将领，王允又没有同意。王允素来只将吕布视为一员武将，而吕布却认为自己诛杀董卓立下功劳，到处自我夸耀，既然失望，心中渐渐不满。王允为人刚直方正，嫉恶如仇，起初因为惧怕董卓，迫不得已折腰低头。董卓伏诛之后，自认为不会再有什么祸患，非常骄傲自满，因此部下对他并不是十分爱戴。王允起初曾经与士孙瑞协商，特地下诏赦免董卓的部下，随后又心生猜疑，说道：“部下只是遵守主人的命令，本来没有罪过可言。现在倘若将身为恶逆之人的他们予以赦免，恐怕反而招致他们的猜疑，并不是安稳他们的办法。”因而没有颁布赦免诏书。后又商讨将董卓所统率的军队全部解散，有人对王允说：“凉州人一向忌惮袁绍，畏惧关东大军，现在如果一旦解散军队，打开函谷关，董卓的部下一定人人自危。可以任命皇甫嵩为将军，统领董卓的旧部，留驻陕县并加以安抚。”王允说：“不能这样。关东的义兵将领与我们是一条心的。如今假如再将大军留驻陕县，扼守险要，虽然安抚了凉州人，却使关东将领生疑，这是不行的。”

当时，百姓中流传要杀死所有凉州人的谣言，于是那些董卓过去的将领、校尉都惊惧不安，全都拥兵自守，甚至还相互传言说：“蔡邕只是因为受过董卓的亲信和厚待，尚且受到牵连被处死，如今既然没有赦免我们，又打算解散我们的军队，今天解散军队，明天我们就会成为任人宰杀的鱼肉了。”吕布派遣李肃前往陕县，宣布皇帝的诏命，诛杀牛辅，牛辅等领兵与李肃交战，李肃大败，逃回弘农，被吕布诛杀。牛辅心中惊惧不安，恰巧遇上军营中无故自发惊扰，牛辅打算弃军逃走，被身边的人杀死。李傕等返回大营时，牛辅已死，李傕等没有依靠，就派使者前往长安请求赦免。王允回答说：“一年之内不能发布两次赦免令。”没有同意他们的请求。李傕等更加恐惧，不知如何是好，打算解散军队，各人分别抄小路逃回家乡，讨虏校尉武威人贾诩说：“倘若你们放弃军队，只身逃命，只需一个亭长就能逮捕你们。不如大家同心协力，向西攻打长安，去为董卓报仇。如果事情成功，可以拥戴皇帝以辅佐天下；倘若不成功，再逃走也不迟。”李傕等认为很对，于是一起起誓结盟，率领数千人马，日夜兼程向长安进发。王允因为胡文才、杨整脩都是凉州的豪强大族，于是召见胡、杨二人，想派他们出使东方，向李傕等人解释误会，但是王允在面见他们时，并不和颜悦色，而是说：“这些潼关以东的鼠辈，想要干什么？你们去把他们叫来！”因此，胡文才和杨整脩去了李傕那里，实际上是将大军召回长安。

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