己酉日，桓温将百官召到朝堂。既然废黜改立皇帝是历朝历代所不曾有过的事情，因此没有人清楚之前的典则，文武百官都十分震惊害怕。桓温也神情紧张，不知道如何是好。尚书左仆射王彪之清楚事情不可以有始无终，就对桓温说：“您废黜改立皇帝，应该以前代的定规作为典范。”因此就下令拿来《汉书·霍光传》，礼节仪制很短时间就决定了。王彪之身着朝服面对朝廷，表情沉着，毫不畏惧，文武礼仪典则，全部取法决定，文武百官因此对他认服。因此就颁布太后的诏令，废黜皇帝司马奕为东海王，让丞相、录尚书事、会稽王司马昱继承大统。文武百官进入太极前殿，桓温命督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收缴了废帝的印玺和绶带。司马奕头戴白色的便帽，穿着大臣的仅低于朝服的盛装，从西堂走下，搭乘牛车出了神虎门，群臣叩拜告别，没有一个人不悲伤的。侍御史、殿中监率领一百余名卫兵将他护送至东海王的府邸。桓温带领文武百官备好皇帝的车乘，来到会稽王的府邸恭迎会稽王司马昱。会稽王在朝堂将服装更换完毕，带上平顶的头巾，身穿单衣，面向东方流下眼泪，叩拜并接受了印玺及绶带。这一天，会稽王司马昱登皇帝位，将年号改为咸安。桓温暂且在中堂居住，分派兵力驻守。桓温的脚有病，简文帝下诏命他可以乘车进入殿堂。桓温提前准备好文章，想讲述他废黜司马奕的本意，简文帝接见他，一看到他就流下了眼泪，桓温战战兢兢，自始至终没有说出一句话。

太宰武陵王司马晞，爱好习武练兵，一向被桓温所忌惮，想要将他废黜，这件事被告知给王彪之。王彪之说：“武陵王是王室的亲族至尊，没有明显的过失，不能由于猜疑轻易就将他废黜。您想要建立贤明，应该推崇辅佐王室，和伊尹、周公有着相同的美德。这件大事，应当认真考虑。”桓温说：“这已经是我决定了的事情，你不用再说了！”乙卯日，桓温呈递表章：“司马晞招揽收集轻佻之士，儿子司马综自大凶残。袁真反叛，事情和他有牵扯。最近他猜忌恐惧，即将变成祸患的根源。恳请罢免司马晞的官职，让他凭借王的身份回到藩地。”简文帝批准了，同时还罢免了司马晞的世子司马综、梁王司马王等人的职位。桓温命魏郡太守毛安之带领所统领的军队守卫皇宫。毛安之，是毛虎生的弟弟。

庚戌日，尊奉褚太后为崇德太后。

当初，殷浩去世的时候，大司马桓温派人送信吊唁他。殷浩的儿子殷涓没有回复，也没有去桓温那里拜访，而是与武陵王司马晞游逛。广州刺史庾蕴，是庾希的弟弟，向来与桓温关系不好。桓温厌恶殷涓、庾蕴家族的强大，想要将他们灭掉。辛亥日，桓温派他的弟弟桓秘胁迫新蔡王司马晃去西堂磕头自己讲述，称和司马晞及他的儿子司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘彊、散骑常侍庾柔等密谋造反。简文帝对着他流下了眼泪，桓温将他们全都抓起来送到廷尉。庾倩、庾柔，全是庾蕴的弟弟。癸丑日，桓温将东海王司马奕的三个儿子及他们的母亲全都杀死。甲寅日，御史中丞谯王司马恬秉承桓温的旨意，请求依法将武陵王司马晞诛杀。简文帝下诏说：“伤痛惋惜，惊慌不安，不忍听闻，何况是诉说呢！再仔细商讨吧！”司马恬，是司马承的孙子。乙卯日，桓温又一次进上表章，坚持请求将司马晞杀死，言辞十分激烈恳切。于是简文帝亲笔写下诏书赐予桓温说：“要是晋王朝的神命久远，你就无需请示，奉行从前的诏令；要是晋王朝的大运已去，我就请求避开贤人晋升的道路。”桓温看了之后，大惊失色，汗流满面，于是奏请将司马晞及他的三个儿子废黜，把他们的家人全部迁徙到新安郡。丙辰日，罢黜新蔡王司马晃为庶人，把他迁到衡阳，殷涓、庾倩、曹秀、刘彊、庾柔全都遭到灭族，庾蕴服毒自尽。庾蕴的哥哥东阳太守庾友的儿媳，是桓豁的女儿，因此桓温特意将她赦免。庾希得知了这桩灾难，和弟弟会稽参军庾邈及儿子庾攸之逃至海陵的湖泽中。

桓温诛杀殷、庾等人之后，威势显赫到了顶点，侍中谢安在很远的地方见到桓温就开始叩拜。桓温惊讶地说：“谢安，你为什么要这样呢？”谢安说：“没有君主先叩拜，臣下再拱手还礼的。”

戊午日，东晋实行大赦，给文武官员增加品位二等。

己未日，桓温到达白石，上书恳请返归姑孰。庚申日，简文帝颁布诏令，提拔桓温为丞相，大司马职位照旧，留在京师辅助朝政。桓温坚决辞谢，还请求返回治所。辛酉日，桓温自白石回到姑孰。

前秦王苻坚得知桓温废立皇帝的事情，对大臣们说：“桓温先是在灞上战败，后来又在枋头战败，不但没有自我反思过错、贬责自我来向百姓谢罪，反而罢黜君主以自我辩解，六十岁的老头，竟然有这样的举动，将如何自容于天下呢！谚语曰：‘对妻子发怒但是却给父亲脸色看。’这大概说的就是桓温吧。”

前秦车骑大将军王猛，考虑到都督六州的责任重大，于是对前秦王苻坚进谏，恳请把这项重任转向授给亲近且又贤能的人。受命寻找机会挑选担任六州郡县官吏的工作，也已经中止了，王猛请求亲自去驻军守护一州以效力。苻坚回复王猛说：“我与你之间，从道义上看是君臣，从亲情上看则比骨肉还亲，尽管这又像齐桓公、燕昭王有管仲、乐毅，刘备有孔明，但是我以为要比他们强。君主寻找有才能的贤人时辛苦费力，获得人才就省力安心了。既然将六州托付给你，那么我就没有了东顾之忧，并不是对你体现优待尊崇，而是我自己寻找清闲安逸。打下江山不容易，坐守江山更不容易，要是任非其人，灾祸就在我们预料之外出现，不仅仅是我的忧患，同时也是你的职责，因此宁愿让三公的职位空闲也要率先分职陕东。你不懂得我的心愿，有违我最初的期望。刚刚建立起来的政权急切需要人才，应当尽快挑选充实官吏。等到东方教化融洽和谐之后，理当让你身穿上公礼服西返。”于是苻坚派侍中梁谠到邺城去传达诏令，王猛也就和以前一样地处理政务。

十二月，大司马桓温上奏说：“罢黜放逐之人，应当将他们遗弃到遥远的地方，不能让他与百姓接触。对于东海王司马奕，应当按照从前废黜昌邑王的办法，让他居住在吴郡。”太后颁布诏令说：“要是将东海王贬为庶人，又不忍心，可以特别封他为王。”桓温又上奏章说：“可以将他封为海西县侯。”庚寅日，将司马奕封为海西县公。

桓温威势震惊朝廷内外，尽管简文帝处在至尊地位，但是事实上也仅仅是顺从沉默而已，经常担心遭到废黜。在此之前，火星位于太微、南蕃之间，一个月之后，司马奕就遭到废黜。辛卯日，火星逆行进入太微星垣，简文帝十分厌烦。中书侍郎郗超在宫中值班，简文帝对郗超说：“命运的长短，原本就是不计较的，应该再不会有不久之前罢黜皇帝那样的事情出现了吧？”郗超说：“大司马臣桓温，正在对内安定国家，对外开拓江山，我愿意用百余家口来确保不会再有那种不正常的变故发生。”等到郗超急着请假回家探望他的父亲的时候，简文帝说：“转告你的父亲，宗族国家的事情，最后还是到了这般地步，是由于我不能用道德去匡扶护卫的缘故，深深地羞愧和慨叹，怎么能够用语言来表达！”接着就吟诵庾阐的诗，道：“志士因为朝廷遭遇危险而感到痛心，忠臣因为君主遭受耻辱而觉得悲哀。”说罢泪如雨下，衣襟都被打湿了。简文帝风度翩翩相貌堂堂，言谈举止礼貌得体，醉心于典籍，常常因为翻阅典籍而弄得尘土满席，但是自己却一副怡然自得的样子。尽管他淡泊明志，见识广博，但是并不具备济世大略，谢安觉得他是晋惠帝一类的人物，只是清谈方面略胜于晋惠帝。

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