司马道子派人游说庾楷道：“从前我与你，彼此之间的感情亲如骨肉，在帷帐之中尽情痛饮，结带交谈，可以说是至亲了。如今你遗弃了从前的好友，结识了新的朋友，莫非你已经忘记从前王恭欺负、羞辱你的事情了吗？要是你打算委屈自己甘心成为他的臣子，让王恭实现自己的目的，他肯定会认为你不过就是一个朝秦暮楚的小人，怎么会真正地亲近、信任你？到那个时候，恐怕就算是性命也都不能够保全，遑论荣华富贵呢？”庾楷生气地说：“从前王恭去京师参加先帝的丧礼，相王担忧惊恐，无计可施，我得知事情的危急，领了兵马前来，这才让王恭无法立即发作。去年的事情，我也是听从命令而采取行动。我服侍相王，没有一点儿对不住他的地方。相王不能够抵抗王恭，反倒将王国宝与王绪杀死，自那个时候起，还有谁敢去再对相王竭尽全力呢？我庾楷实在是不能够将全家都交到别人手中任由屠杀消灭。”这个时候，庾楷已经回应了由王恭发出的征讨奸佞的檄文，正在募集兵马。庾楷的回信送到司马道子那里之后，朝廷上下立即担忧恐慌，京城内外进行戒严。

会稽王的长子司马元显劝谏父亲司马道子说：“上一次我们没有征讨王恭，因此才招致今天这场灾祸。如今要是还与上一次一样答应他们的要求，恐怕您的杀身之祸即将到来。”这个时候，司马道子已经方寸大乱，完全不知道如何是好，将事情全都交由司马元显处理，而自己每天仅仅只做痛饮美酒这一件事。司马元显聪慧机警，对一些文章义理很有心得，志气心胸果断敏锐，也能够以天下安危为己任。跟随他的人，无不赞扬他英勇果决，很具明帝的风范。

殷仲堪得知王恭眼下正在朝京师大肆进军，自己因为去年出兵延期，于是立即集结军队出发。殷仲堪向来不擅长领兵打仗，把指挥部队行动的权力全权托付给了南郡相杨佺期兄弟，派杨佺期率领五千水军作为前锋，之后派桓玄去做第二梯队，最后由殷仲堪亲自率领二万名士兵，跟在他们后面顺流东下。杨佺期自认为从自己的先祖东汉太尉杨震起直至自己的父亲杨亮，九代全是因为德行出众而闻名，一直都以自己的门第而骄傲，认为这是东晋的其余的世家都不能比拟的。有的人将他与东晋尚书左仆射王珣比较，杨佺期十分愤怒。但是由于他们家族流亡至江南的时间比较晚，因此姻亲关系和仕途都十分坎坷，杨佺期与他的哥哥杨广、弟弟杨思平、堂弟杨孜敬等人因为个性十分粗犷豪迈，常常被他人排斥打压。杨佺期也常常恨得咬牙切齿，慷慨激愤，正想要寻一个机会肆意施展，实现自己的理想抱负，因此他也对殷仲堪的计划十分赞同。

八月，杨佺期、桓玄来到湓口，王愉根本没做一点儿防备，惊慌之下，匆忙逃至临川，桓玄派小股部队追击并活捉了他。

后燕委任河间公慕容熙担任侍中、车骑大将军、中领军、司录校尉，城阳公慕容元担任卫将军。慕容元，是慕容宝的儿子。又委任刘忠担任左将军，张豪担任后将军，同时赐姓慕容给他们。委任李旱担任中常侍、辅国将军，卫双担任前将军，张顺担任镇西将军、昌黎尹，张真担任右将军。同时这些人全部封为公爵。

乙亥日，后燕步兵校尉马勤等人密谋造反，结果事情败露被杀。这件事牵连到骠骑将军高阳公慕容崇、慕容崇的弟弟东平公慕容澄，慕容盛赐死二人。

东晋宁朔将军邓启方、南阳太守闾丘羡率领二万人军队对南燕展开进攻，和南燕中军将军慕容法、抚军将军慕容和在管城展开战斗，邓启方等人率领的军队战败，他一个人骑马逃跑，侥幸活命。

魏王拓跋珪下令要求相关部门确定京师的规模，将道路的名字及里程全部标注出来，统一确定重量衡器的标准，审核长度的计量。派特使巡视、监督各个郡国，举报弹劾不遵守法纪的地方官吏，以方便拓跋珪亲自考核定罪处理。

九月辛卯日，东晋朝廷赐予会稽王司马道子黄钺，委任会稽王长子司马元显担任征讨都督。又派卫将军王珣、右将军谢琰领兵讨伐王恭，派谯王司马尚之领兵对瘐楷开展军事行动。

乙未日，后燕委任东阳公慕容根担任尚书令，张通担任左仆射，卫伦担任右仆射，委任慕容豪担任幽州刺史，在肥如驻军镇守。

己亥日，东晋谯王司马尚之在牛渚大败庚楷，庾楷一个人骑马前去投靠桓玄。会稽王司马道子委任司马尚之担任豫州刺史，司马尚之的弟弟司马恢之担任骠骑司马、丹杨尹，司马允之担任吴国内史，司马休之担任襄城太守，同时命他们分别率领军队来当作自己的后援力量。乙巳日，桓玄在白石击败朝廷的军队。桓玄和杨佺期进军到横江，司马尚之战败逃走，司马恢之所率领的水军全军覆没。丙午日，司马道子搬至中堂居住，司马元显在石头驻军镇守。己酉日，王珣开赴京师北郊，而谢琰则在宣阳门布置重兵严加防范。

王恭向来依仗自己的才干及地位而看不起同僚，杀死王国宝以后，就更加认自己的威望无人敢于冒犯。他在倚靠刘牢之为自己冲锋陷阵的同时，又仅仅将他视为自己手下的部将来对待，刘牢之一直以自己的才能自傲，于是觉得受到奇耻大辱且怀恨在心。司马元显打探到这种情况，于是派庐江太守高素前去游说，离间刘牢之与王恭的关系，让刘牢之叛离王恭，并且承诺事成以后就将王恭的官职、封号全都转授予他。高素又将司马道子的书信转交给刘牢之，对他讲述祸福利害。刘牢之对他的儿子刘敬宣道：“从前，王恭受到先帝的巨大恩惠，如今又是皇上的舅舅，但是他非但不能够成为羽翼拥护王室，反倒数次对京师出兵，我真是想象不出王恭究竟有怎么样的野心，一旦他的阴谋得逞，他还能继续去做皇上和相王的属下吗？我打算遵奉朝廷的威望和旨意，采用顺应民心的行动来征讨逆贼，你看怎么样？”刘敬宣说：“尽管现在的朝廷没有周成王、周康王执政时候的美誉，但是同样没有周幽王、周厉王统治时的暴虐昏愦。而王恭却依仗着部队的势力，粗鲁残暴地轻视、侮辱王室。父亲您和他从感情角度上看既不是骨肉关系，从道义角度上看也并非君臣关系，尽管长时间共事，但是脾气秉性爱好也并不相投。你今天去讨伐他，跟情义有什么关系？”

王恭的参军何澹之知道了刘牢之的计谋，就将这些汇报给王恭。王恭因为何澹之与刘牢之关系向来不好，并没有听信何澹之的话。因此他布下酒席，请刘牢之来吃饭，当着大家的面，与刘牢之结拜为兄弟，又将自己的精锐军队以及所有好的装备，全都配备给刘牢之，让他率领帐下督颜延去做前锋。刘牢之到达竹里，就将颜延杀死来投靠朝廷。他派他的儿子刘敬宣及他的女婿东莞太守高雅之对王恭开展反击。这个时候王恭正在城外检阅部队用来示威，刘敬宣率领骑兵横扫他的队伍，王恭的士兵四下逃散。王恭想要逃回城中，但是高雅之已经将城门紧闭。王恭一个人骑马逃向曲阿，他平素不怎么擅长骑马，导致将大腿内侧都磨破了。曲阿人殷确，是王恭以前的属下，他用船搭载王恭，打算前去投靠桓玄，刚刚抵达长塘湖，却被人举报，将他抓住，押解至京师，在倪塘处死。王恭临死的时候，还像往常一样整理自己的胡须，神色也一如平时那般自然，他对监斩施刑的人说：“我吃亏就吃在自己轻易地相信别人，才到了今天的地步，不过探究我的初衷，我哪里对朝廷不忠？希望百世之后的人们能够知道曾有我王恭这个人存在。”他和他的儿子兄弟、同党全都被处死。东晋朝廷委任刘牢之担任都督，主管兖州、青州、冀州、幽州、并州、徐州、扬州、晋陵诸军事，取代了王恭。

没过多久，杨佺期、桓玄到达石头，殷仲堪也抵达芜湖。司马元显自竹里疾驰返回京城，派丹杨尹王恺等调集京城的数万名百姓在石头据守，以抵御杨佺期、桓玄的进攻。杨佺期、桓玄等人给朝廷上表替王恭辩白，请求将刘牢处死。刘牢之则率领北府下属的部队火速赶至京师，在新亭驻守。杨佺期、桓玄见到这样的情况，不知所措，只好将自己的军队撤退至蔡洲。朝廷并不知道西部殷仲堪军队的实际情况，见到殷仲堪等人麾下有数万人，布及京郊野外，觉得内忧外患，形势紧迫。

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