安帝任用司马元显录尚书事。当时的人将司马道子称为东录，将司马元显称为西录。西录府门前车马络绎不绝；东录府门前却门可罗雀。司马元显一个正派的老师或朋友都没有，他只亲信阿谀奸佞的小人，有人把他说成举世无双的英杰，有人把他说成风流潇洒的名士。从此，司马元显一天天骄纵奢侈，竟对礼官暗示，让他们提议因为自己德性隆高，深孚众望，既然已经是文武百官的统领，文武百官就理应尊重他。从此公卿以下全体官员，与司马元显相见时都要行跪拜的礼节。当时军队征伐多次，国库空虚枯竭，官职在司徒以下的，每天能领到的粮食只有七升，然而司马元显却依旧不断搜刮民财、聚集钱物，他竟然比帝室还富有。

殷仲堪忧虑桓玄专横暴戾过分，便与杨佺期结成姻亲，互相援助。杨佺期几次谋划攻打桓玄，每次都被殷仲堪全力制止。桓玄也担心自己最终被殷仲堪和杨佺期诛灭，于是向朝中掌权的人要求让他所统领的地区扩大。朝中掌权的人也谋求在他们之间制造矛盾，使他们的联盟解体，于是将桓玄加封为都督，统领荆州四郡诸军事，同时，让桓玄的兄长桓伟代替杨佺期的兄长杨广担任南蛮校尉。杨佺期既愤怒又惊恐。杨广本打算推辞桓伟前来接任，不过殷仲堪不同意，将杨广调出担任宜都、建平两个郡的太守。杨孜敬本为江夏相，桓玄派兵前去攻打，并将他绑架，将他任命为自己的谘议参军。

杨佺期整顿军队，树立军旗，声称要前往洛阳救援，准备与殷仲堪一同攻打桓玄。殷仲堪虽然表面上与杨佺期结交，心中却对其用心有所怀疑，因此对杨佺期苦苦劝阻，还担心无法阻止杨佺期的行动，又派他的堂弟殷遹前往北部地区驻扎，以遏止杨佺期。杨佺期既不能单独起兵，又无法推测殷仲堪的真实意图，被迫停止行动。

殷仲堪为人多疑，做事缺乏决断。他的谘议参军罗企生对自己的弟弟罗遵生说：“殷侯生性仁慈，然而优柔寡断，一定会遭逢大祸。我受他知遇之恩，于情于理都不可以从他身边离开，将来必然因他而死。”

这一年，荆州洪水泛滥，平地有高达三丈的水。殷仲堪取出府库中全部的储备粮食赈济饥民。桓玄谋划在他内部空虚时攻打他，于是率军向西行进，也声言要前往洛阳支援，并写信给殷仲堪说：“杨佺期蒙受国家的恩宠，却弃帝王的坟墓陵寝于不顾，我们应该共同对他兴师问罪。如今应当进入沔水征讨杨佺期，我已经在沔水入长江口这一地区集结兵力。如果你的看法和我相同，可以擒拿并杀掉杨广；若不这样做，我就要率领大军进入长江，进攻江陵。”此时，巴陵还有一定的粮食储备，桓玄首先派军队去攻击夺取。梁州刺史郭铨正在赴任途中，从夏口经过，桓玄骗殷仲堪说朝廷派郭铨作为自己的前锋，于是把江夏的所有军队都交给他统辖，并让他监督统率各支军队一起进发，又在暗中告诉他的兄长桓伟充当内应。桓伟既惊慌又恐惧，不知道应当怎样做，后来让殷仲堪看了桓玄的密信。殷仲堪将桓伟扣下当人质，命令他写信给桓玄，文辞极为凄惨。桓玄说：“殷仲堪为人没有任何果断，常常在作战之前患得患失、计较输赢，为自己的儿子打算，留后路，我哥哥一定安全，无需忧虑。”

殷仲堪派殷遹率领七千水军抵达西江口，桓玄派郭铨和苻宏攻打他，殷遹等战败退走。桓玄在巴陵屯守，吃的粮食是殷仲堪留下的。殷仲堪派杨广和自己的侄子殷道护等人率军抵抗，全都被桓玄打败。江陵地区为此十分惊恐。

江陵城中缺少粮食，只能给士兵发胡麻充饥。桓玄乘胜抵达零口，与江陵只有二十里的距离。殷仲堪急忙给杨佺期写信召他前来援助自己。杨佺期却说：“江陵没有粮草，不能对付敌人！你可以屈尊来到我这里，我们一起在襄阳据守。”殷仲堪的志向是使自己的军队和地盘得以保全，不愿放弃自己的州属流亡到别处，于是欺骗杨佺期说：“近来我们征集到了大量粮草，已经有了一定的储备。”杨佺期相信了他，率领共八千步、骑兵，兵士健壮，铠甲光亮，抵达江陵后，殷仲堪却只用一些米饭对他的军队进行犒饷。杨佺期非常生气地说：“这一次必然要败了！”也不去会见殷仲堪，便与他的哥哥杨广一起攻打桓玄。桓玄惧怕他的锐气，让军队退到马头。第二天，杨佺期又率军急攻郭铨，差点将郭铨抓住，正巧此时桓玄的军队来到，杨佺期的军队大败溃逃，他一人骑着马向襄阳逃去。殷仲堪也向酂城逃去。桓玄派将军冯该追捕杨佺期和杨广，把他们全都抓住并杀掉，又把他们的首级送到建康。杨佺期的弟弟杨思平，堂弟杨尚保、杨孜敬逃到蛮族的领地。殷仲堪得知杨佺期已经被杀，带着几百人正要往长安投奔，路过冠军城时，冯该领兵追上并抓住了他，返回柞溪，逼他自杀，并将殷道护杀死。殷仲堪信奉天师道，对鬼神祈祷祭祀时一向不吝惜钱财，对急需帮助的人却极其吝啬。他喜欢用小的恩惠来获取别人的欢心，遇到生病的人亲自为他把脉诊断并分药。他很有心计，运用计谋时烦琐缜密得过分，但是却没有远见和大略。这才导致失败。

殷仲堪逃亡之时，文武官员没有一个人送行，只有罗企生一个人跟随他。罗企生从家门经过时，其弟罗遵生说：“我们此时这样分别，怎么能连手都不握一下？”罗企生回转马匹，把手伸给弟弟，罗遵生用力将他从马上拉下来，说：“家中还有年迈的老母，你要跑到什么地方去？”罗企生挥泪说：“今天这件事，我是一定要去死的。老母由你供养，儿子的孝道不会失去。我们这个家里，既有为主上尽忠的，也有在家尽孝的，这还有什么可遗憾的呢？”罗遵生更紧地抱住了他。殷仲堪在路上等待，看见罗企生一点挣脱的希望也没有，就一个人打马走了。桓玄到达此地的时候，荆州的人士全都前去参拜他，唯独罗企生不肯前去，却在为殷仲堪家里料理事务。有人说：“你这么做，一定会大祸临头！”罗企生说：“殷侯像对待国家栋梁一样以厚礼来对待重用我，我只是受到弟弟的牵制，才不能跟他一起将那些丑恶的叛逆之徒杀灭，还有什么脸面到桓玄那里，乞求性命的保全呢！”桓玄听到这些话，非常愤怒，但始终很好地对待罗企生，他先派人对罗企生说：“如果你能向我道歉，我就可以放过你。”罗企生却说：“我是殷仲堪手下的一名官吏，殷仲堪被打败，我不能对他有所帮助，还道歉做什么呢？”桓玄这才抓住了他，又派人去问罗企生还有什么想说的话，罗企生说：“文帝将嵇康杀死，嵇康的儿子嵇绍却对晋朝很忠心。我只请求你将我的一个弟弟留下，让他奉养我的老母！”桓玄于将罗企生杀死，而将其弟赦免。

后凉王吕光病得很重，将太子吕绍立为天王，以太上皇帝自称，并将太原公吕纂任命为太尉，将常山公吕弘任命为司徒。他对吕绍说：“此时国家灾难正多，秃发氏、乞伏氏和段氏是三个强邻，正在等待吞并我们的时机。等我死后，由吕纂统率六军，吕弘主持朝廷政务，你小心谨慎地在那里坐着，什么事都不做，只把政权交到两位兄长手里，或许能够渡过难关。若是自己内部相互猜忌，家门内的大祸患，早晚会出现！”又对吕纂与吕弘说：“吕绍他并不是具有拨乱反正那样才能的人，只是由于让嫡出儿子继位符合常规，苟且让他居于君位。现在外有强大的敌人，同时人心动荡不平，你们兄弟之间如果可以紧密联合，精诚一致，就能让皇位流传万代。若是内部互相图谋，大难即将发生！”吕纂和吕弘都边哭边说：“我们不敢。”吕光又把吕纂的手抓住，对他特别告诫说：“你为人粗鲁火暴，是我最担心的。你务必好好地帮助吕绍，千万不可听信别人挑拨是非的话啊！”这一天，吕光去世。吕绍将消息封锁，暂不发丧。吕纂将东侧小门推开，到里面恸哭不已，将心中的哀痛发泄完才出来。吕绍十分担心，想把皇位让给他，说：“兄长既有高功，年纪又大，理应继承大统。”吕纂说：“陛下是国家的嫡子，臣岂敢冒犯！”吕绍坚决让位，吕纂并不答应。

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