刘牢之在溧洲驻防，参军刘裕请求攻打桓玄，刘牢之没有同意。桓玄派刘牢之的一位族舅何穆游说刘牢之，对他说：“从古至今，威望能够震慑君主，功勋已无法再加奖赏而又能使自己得以保全的，是什么人呢？越国的文种、秦国的白起以及汉朝的韩信，都能有幸辅佐于圣明的主上，并为之竭尽所能，然而，等到他们功成圆满时，还是不能避免被诛戮残杀，更何况是受到凶狠残暴、愚蠢昏庸的人的利用呢！您此次若能打胜仗，全家就会被杀，如果被打败，那么，您的家族一定更会遭到覆灭，难道您还妄想就这样安然返回吗？我认为，不如改变自己的想法，那样就可以永远将您的荣华富贵保住。古人有为了杀害君主而用箭射中带钩和为了追捕后来的君主而用剑砍断衣襟的，仍然对他当国家的辅佐大臣没有影响，更何况桓玄与您之间并无任何积怨呢！”当时，谯王司马尚之已经被打得大败，人心越发恐慌。刘牢之对何穆的忠告予以接受，与桓玄互相联络。东海中尉、东海人何无忌是刘牢之的外甥，与刘裕一起全力阻止他，他完全不听。他的儿子骠骑从事中郎刘敬宣对他劝说道：“如今国家衰弱危急，天下的重任在您和桓玄两个人肩上。桓玄依靠他父亲、叔父所遗留下来的权势和威望，将整个楚地盘据占领，割据了晋国土地的三分之二，如果对他放纵，让他终有一天凌驾于朝廷之上，那么，一旦桓玄的威望形成，再想图谋将他除掉，恐怕就不容易了。和东汉董卓之变一样的灾难性战乱，就会重现于今日。”刘牢之很生气地说：“我怎能不懂得这些！我今天将桓玄消灭，易如反掌，但是，将桓玄扫平后，你让我如何对付骠骑大将军司马元显？”三月乙巳朔日，刘牢之派刘敬宣前去拜见桓玄，提出投降的请求。桓玄暗中想将刘牢之杀掉，于是便与刘敬宣一同开宴畅饮，还将著名的书法绘画作品拿出来，陪着他观看欣赏，希望能让他安心舒畅。刘敬宣对桓玄的用心没有任何察觉，桓玄手下辅佐的众官吏看到这样的情形，无不相视会意、点头偷笑。桓玄暂时将刘敬宣任命为谘议参军。

司马元显即将出发，听说桓玄的大队人马已经到达新亭，便马上放弃船只，转身回到岸上，回到城中的国子学驻守，辛未日，又到宣阳门外将阵势排列开。军队中十分惊恐，传言桓玄的军队已经来到南桁。司马元显统领军队准备回宫，这时，桓玄派先头部队将刀拔出，紧跟在他们的后边高声呼喊着说：“把武器放下！”司马元显的军队全体崩溃。司马元显乘着一匹马跑到东府中，只有张法顺一个人骑马在他身边紧紧跟随。司马元显向司马道子询问有什么办法，司马道子也仅仅对着儿子不停地哭泣。桓玄派太傅从事中郎毛泰将司马元显收押，送到新亭，把他绑在大船的前头，陈述他的罪行，司马元显说：“我只是受到王诞、张法顺的迷惑而耽误了而已。”

壬申日，东晋恢复使用隆安这个年号。安帝派侍中前往安乐渚慰问桓玄。桓玄来到京师，宣称皇帝颁布诏书，将戒严解除。朝廷于是便下令让桓玄统领文武百官，担任丞相、录尚书事、扬州牧，兼任徐、荆、江三州刺史，统领内外军事，并给他加授黄钺。桓玄将桓伟任命为荆州刺史，将桓谦任命为尚书左仆射，将桓脩任命为徐、兖二州刺史，将桓石生任命为江州刺史，将卞范之任命为丹杨尹。

起初，桓玄起兵之时，侍中王谧曾经来到江陵与桓玄相见，将安帝诏书传达给他，桓玄亲自招待他，礼节非常周到。等到桓玄到朝中辅佐国家政务，便将王谧任命为中书令。王谧是王导的孙子。新安太守殷仲文是殷觊的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文之妻。殷仲文听说桓玄将京师攻占，便放弃了自己所管辖的新安郡，到桓玄这里来投靠，桓玄将他任命为谘议参军。从前曾指责过桓玄的刘迈去桓玄处晋见，桓玄说：“你不怕死吗，怎么敢来见我？”刘迈说：“将带钩射中的管仲，将衣襟斩断的勃鞮，和我刘迈加在一起正好是三个。”桓玄十分高兴，将他任命为参军。

癸酉日，有关部门上奏，揭发会稽王司马道子酗酒放纵，大逆不孝，当处斩首弃尸示众的刑罚。朝廷颁布诏令，把他贬逐到京城之外的安成郡居住；在建康的街市上斩首司马元显及其子东海王司马彦璋、谯王司马尚之以及庾楷、张法顺、毛泰等人。桓脩坚持为王诞求情，于是让其前往大庾岭以南的荒漠地区长期流放。

桓玄将刘牢之任命为会稽内史。刘牢之说：“一开始就将我的兵权剥夺，即将大祸临头。”刘敬宣向桓玄请求返回京口去对刘牢之进行劝说，让他尽快接受任命，桓玄派他去了。刘敬宣返回京口后，却劝说刘牢之攻打桓玄，刘牢之十分犹豫，只是把军队迁往班渎驻扎，并且私下对刘裕说：“如今我们应当往北走，到广陵和在那里驻守的高雅之会合，共同发兵来匡扶社稷，你能跟随我一同前往吗？”刘裕说：“将军拥有精壮士卒数万，对桓玄也是听见风声便前去投降顺服，他刚刚将愿望实现，声威使天下震动，上至朝廷下至民间，人心都已经向他那里归附了，广陵怎么能顺利到达呢？我刘裕可要将军服脱掉，换回百姓的衣服，回到京口去了。”何无忌向刘裕询问说：“我应该怎样做呢？”刘裕说：“我认为镇北将军必然难逃一死，你可以跟着我返回京口。桓玄若是遵守作为臣子的气节，我和你应当去为他效力；若不是那样，我就应当和你共同想办法对付他。”

此时，刘牢之将各级将领僚属聚集在一起，商议以长江以北的地区为据以讨伐桓玄。参军刘袭说：“事情中不应该做的，没有大过谋反的。将军从前反叛王恭，前些天反叛司马元显，如今又要来反叛桓玄，一个人连续谋反三次，还能凭借什么在天下立足呢？”刚说完这些话，便迅速走了出去，其他将佐官吏中大多也一哄而散地走了。刘牢之十分恐惧，派刘敬宣前往京口迎接家属，已过约定的日期，也没有到达。刘牢之认为反叛的事情已经泄露，刘敬宣已被桓玄杀掉。因此率领现有的部下逃向北方，来到新洲时，终于自缢身亡。刘敬宣赶来后，没有痛哭的时间，便渡过长江，前往广陵投奔。刘牢之属下的众将帅官吏共同把他收敛起来，并运送他的棺木返回丹徒。桓玄下令将棺木劈开，砍下刘牢之的头颅，并把他的尸体暴露在街头示众。

朝廷宣布大赦，将年号改为大亨。

桓玄将丞相及荆、江、徐三州刺史的职位辞去，改授太尉、都督中外各项军务、扬州牧，兼任豫州刺史的官职，统率文武官员。将琅邪王司马德文任命为太宰。

司马休之、刘敬宣和高雅之全都逃到洛阳，分别送自己的儿子兄弟前往后秦充当人质，以此求助于后秦。后秦王姚兴将兵符印信授予他们，让他们前往关中地区招募兵丁，招到了数千人。然后，他们又返回彭城一带驻防。

孙恩又来侵犯临海，临海太守辛景打败了他，孙恩从三吴地区抢掠的男女百姓，全都在战乱中被杀死。孙恩担心朝廷的军队抓获自己，于是跳到海中自杀，其部下党羽和姬妾艺妓等人中有上百人跟随他一起自杀，这些人被人们称为“水仙”。其余的几千部众又将孙恩的妹夫卢循推举为首领。卢循是卢谌的曾孙，有清秀雅静的神采，具备多项才艺。佛门僧人惠远曾经在他小时候对他说：“你虽然体态相貌上很有素雅的儒风，但是内心却隐藏着不遵守法规的想法，是不是？”太尉桓玄想用安抚的手段使东部地区的局势变得稳定，于是，将卢循任命为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，但是凶残的行为却依然不改。

甲戌日，后燕宣布大赦。

南凉河西王秃发利鹿孤病重卧床，遗嘱命令把国家的政权授予弟弟秃发傉檀。起初，他们的父亲秃发思复鞬对秃发傉檀十分重视和喜爱，对各个儿子说：“秃发傉檀的度量和见识，不是你们兄弟几个可以相比的。”因此几个哥哥都不传王位给儿子，而是传给弟弟。自从秃发利鹿孤即位，其实也不过垂衣拱手不做正事而已，将所有军队国家的大事都交付秃发傉檀裁决。秃发利鹿孤去世后，秃发傉檀继承王位，将称号改为凉王，将年号改为弘昌，并迁都乐都，将秃发利鹿孤追谥为康王。

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