九月，北魏国主拓跋珪来到南平城，在灅水南面的地方对准备建立新的都城进行考察和规划。

侍中殷仲文和散骑常侍卞范之对大将军桓玄进行规劝，让他尽早接受禅让，成为皇帝，私下里将加授九锡以及安帝让位的文告都撰写好了。朝廷将桓谦任命为侍中、开府、录尚书事，将王谧任命为中书监、兼任司徒，将桓胤任命为中书令。为桓脩加授抚军大将军称号。桓胤是桓冲之孙。丙子日，朝廷将桓玄册封为相国，统领文武百官，把十个郡封给他，赐爵楚王，加授九锡。他所统辖的楚国，也设立自丞相以下各个级别的官吏。

桓谦私下询问彭城内史刘裕说：“楚王功勋卓著，有很高的德望，朝廷中多数人的观点，都认为应当举行禅让的典礼，拥护楚王成为皇帝，你认为如何？”刘裕说：“楚王是南郡宣武公之子，功勋仁德都在当世所有人之上。如今晋朝的帝室已然衰弱，百姓的愿望早就发生了变化，借此机运接受禅让，代替司马氏成为皇帝，有何不可呢？”桓谦十分高兴，说：“你认为可以，那就必然可以了。”

新野人庾仄从前是殷仲堪的党羽。得知桓伟已死后，他趁桓石康还没有上任的时机，便组织军队前往襄阳攻打雍州刺史冯该，并赶走了他。庾仄拥有七千部众，设立祭坛，对司马宗族的七代祖庙加以祭祀，宣言说“准备征讨桓玄”，江陵地区受到此事的震动。桓石康抵达荆州上任后，立即调集军队攻打襄阳，庾仄很快被打败，前往后秦投奔。

高雅之给南燕国主慕容备德呈上奏表，请求前往讨伐桓玄，说：“就算不能将吴郡会稽一带扫平，至少也可以将长江北边的大片土地收复。”中书侍郎韩范也呈上奏疏说：“如今晋朝帝室衰弱混乱，长江、淮河南北两岸的多数地区，所剩的住户和人口已经很少，军事力量也十分薄弱。再加上此时桓玄犯上作乱，所以上下离心。凭借陛下的神威勇武，发动一万步、骑兵，南下征讨，他们一定会失败，所有兵卒都跑光。到那时，我们将长江流域的大片土地得到并占有，这样，秦和魏就不再有与我们作对的资本。开拓疆土、建立功业，如今正是时机。若是我们不把握住这个机会，不加以争取，那么一旦他们中的勇士将桓玄诛杀，整顿和完善德政，那么，我们岂止是无法再占有建康，就算是长江北面的地区，我们也没有得到的希望了。”慕容备德说：“朕由于故国的土地丧失，所以一直准备先将中原平定，然后征服荆州、扬州等地，因此才没有征伐南方。先让公卿大臣对这件事进行讨论吧。”于是，在城西进行阅兵，出动的步兵达到三十七万人，战马达到五万三千匹，战车有一万七千辆。然而，公卿大臣们都认为桓玄的愿望刚刚实现，不可以对他贸然图谋和讨伐，所以，此事才停止进行。

冬季十月，楚王桓玄将奏表上呈，请求批准他返回自己的封地，然后又让安帝写下亲笔诏书，坚定地挽留他。他又唆使手下的人谎称钱塘临平湖的湖水突然盈满，江州也有甘露降下，便让文武百官聚集起来一同庆贺，让这些成为自己接受皇帝禅让的吉兆。他又因为前几次改朝换代之时都有隐士不愿出仕，而觉得只是自己接受帝位时没有耻辱之事，因此通过调查，将西晋隐士安定人皇甫谧的第六代孙子皇甫希之找到，给他提供全部生活费用，让他到深山老林中隐居，反过来又借用朝廷的名义，征召并任命他为著作郎，并让皇甫希之坚定地推辞，不前往就职，然后又颁布诏书，对他予以表彰和称赞，将他称为高士。但当时的人们却将皇甫希之称作假冒隐士的“充隐”。桓玄又准备废除钱币，而将粮食谷物和绸缎布匹等物作为交换和流通的工具，还要将肉刑等恢复使用。就这样，各种乱七八糟的法令规章制定了很多，然而桓玄的想法却始终并不固定，所以只是反复地变更，最后也都并未得到推行。桓玄还有贪婪卑鄙的性情，如果别人有好的书法、绘画作品，或是有好的花园宅第等，他也必然会通过蒲博等赌博手段把这些占据，他特别喜爱珍珠美玉，从不离手。

乙卯日，北魏国主拓跋珪将其子拓跋嗣封为齐王，并将其升任为相国，将其子拓跋绍封为清河王，加授征南大将军，将其子拓跋熙封为阳平王，将另一子拓跋曜封为河南王。

丁巳日，北魏将军伊谓率领两万骑兵向高车遗民聚集的袁纥、乌频两个部落发动进攻。十一月庚午日，将对方打败。

安帝颁布诏令，准许楚王桓玄使用天子的礼仪和音乐，并改称其王妃为王后，改称其嫡长子为太子。丁丑日，散骑常侍卞范之将禅让的诏书起草完成，派临川王司马宝迫使安帝亲自手书。司马宝是司马晞的曾孙。庚辰日，安帝驾临宝殿，命令兼太保、领司徒的王谧将皇帝的玉玺印绶向桓玄进献，正式将皇位禅让给楚王。壬午日，安帝从皇城搬出，迁往永安宫居住。癸未日，迁移东晋的宗室祭庙以及其中所敬的先辈的牌位前往琅邪国，又让穆章何皇后和琅邪王司马德文全都迁往司徒府暂时居住。文武百官则共同前往姑孰劝说桓玄尽早登皇帝位。十二月庚寅朔日，桓玄修建祭坛于九井山北侧。壬辰日，正式即位称帝。他在宣布即位的文告中，有许多对晋朝统治非议和贬低的言辞。有人劝他不要这样做，他却说：“皇帝禅位时的文告，正是要向天下百姓说明这些事情，怎么可以欺骗上天呢。”桓玄下令实行大赦，将年号改为永始。把南康的平固县作为封地封给安帝，将他封为平固王，将穆章何皇后降为零陵县君，将琅邪王司马德文降为石阳县公，将武陵王司马遵降为彭泽县侯。桓玄又将其父桓温追尊为宣武皇帝，将庙号定为太祖，将他的母亲南康公主追尊为宣皇后，将其子桓昇封为豫章王。将会稽内史王愉任命为尚书仆射，将王愉之子相国左长史王绥任命为中书令。王绥是桓氏的外甥。戊戌日，桓玄来到建康宫中，当他登上御座时，御座突然塌陷，群臣全都大惊失色。殷仲文说：“这也许是由于皇上的恩德过于深重，大地都无法承载。”桓玄十分高兴。东晋梁王司马珍之的属臣孔朴保护司马珍之出逃投奔寿阳。司马珍之是司马晞的曾孙。

戊申日，后燕王慕容熙将慕容垂的贵嫔段氏尊封为皇太后。段氏是慕容熙的养母。己酉日，又将贵嫔苻训英册立为皇后，并宣布大赦。

辛亥日，安帝被桓玄迁到寻阳。

后燕将卫尉悦真任命为青州刺史，在新城镇守；将光禄大夫卫驹任命为并州刺史，在凡城镇守。

癸丑日，桓玄在太庙安置父亲桓温的牌位。桓玄亲自前往华林园的听讼观对囚犯进行审问，不论罪行轻重，大多数都被原谅并释放。有行乞的人在道路上将他的车驾拦住求告，也经常能够得到他的帮助。他喜欢利用小恩小惠对人心加以收买，只是这样而已。

这一年，北魏国主拓跋珪开始下令让相关部门为官员制作服装，以官员官阶品位的高低次序为依据而有所区别。但是，法律规章等的拟定都很匆忙，并且多数都没有因循古代。

三年（甲辰，公元404年）

春季正月，桓玄将他的妻子刘氏立为皇后。刘氏是刘乔的曾孙女。桓玄由于从他的祖父桓彝向上的前辈都没有显赫的名望和地位，因此，不再用尊贵的庙号、谥号追加他们。散骑常侍徐广说：“对他的父亲尊敬，那么身为儿子的自然会很高兴。请陛下效仿从前的常规，建立七代宗庙。”桓玄说：“根据礼仪的规定，太祖的祭庙应朝向东方，左边朝向为南的三庙，称作昭，右面朝向为北的三庙，称作穆。然而晋朝建立七庙，宣帝因为以高祖为庙号，因此却无法面向东方，有什么方法可效仿呢？”秘书监卞承之对徐广说：“若是宗庙中的祭祀果然连祖先都不能祭祀到，由此就可以预料楚国不会有长久的好运了。”徐广是徐邈之弟。

桓玄自即位为帝位以来，心中时常感到不安。二月己丑朔日，深夜，长江的波涛卷入石头城中，非常多的人被激流淹死卷走，喊声震动天地。桓玄得知后非常恐惧，说：“这些奴才们就要造反了。”

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