桓玄有着苛刻琐细的性情，喜欢显示自己的才能。他手下的主要官员在对事情进行报告的奏章中，如果偶有一个字没有写得很得体，或是偶尔出现使用不太恰当的一句话或一个词，他必然会加以纠正，用来展现他的智慧博学。尚书对诏书进行回答时，误把“春蒐”二字写成了“春菟”，因为这件很小的事，自尚书左丞王纳之以下，所有经过手、签过字的人，一律被降级甚至免官。桓玄有时还亲自选定官员到宫中值日，或亲自对一些小官吏做一些具体的事情加以指派，因此下达了繁多混乱的诏书令旨，相关部门在办理时根本就没有足够的时间，因而朝中政令纲领得不到治理，异常混乱，公文由于没有时间处理而大量积压，他却完全不可能了解。桓玄又生来喜欢游玩射猎，有时竟然在一天以内出去多次。后来他又暂时迁到东宫居住，对皇宫的殿室更新修葺，大兴土木，又督促严厉，规定了很紧的时间，所以从朝中的官员到市井的百姓，全都骚动不安。此时，企盼反叛的人非常多。

桓玄派使节将益州刺史毛璩加授为散骑常侍、左将军。毛璩把桓玄的使节拘留，拒绝他的任命。毛璩是毛宝之孙。桓玄将桓希任命为梁州刺史，命令几位大将分别在三巴驻守，以防备毛璩。毛璩将檄文散布到各处，列举出桓玄的罪行，并且命令巴东太守柳约之、建平太守罗述和征虏司马甄季之将桓希等人的防守攻破，他自己也率领部众进发到白帝城屯兵驻守。

刘裕随从徐兖二州刺史、安成王桓脩到京中晋见桓玄。桓玄对王谧说：“刘裕这个人有着不同常人的风度身材，是在世人之上的豪杰。”每当出游和集会时，他对待刘裕必然格外亲切，并给刘裕赠送和赏赐厚重的礼品。桓玄的皇后刘氏，有一定的智慧和见识，她对桓玄说：“刘裕走路的姿势就像猛虎和蛟龙。连眼神都很不一般，恐怕他最终不会在别人的手下做事，我看不如趁早除掉他。”桓玄说：“我要将中原地区扫荡平定，除了刘裕就没有人可以胜任。等到平定了关、河一带，再另外讨论这件事吧！”

桓玄将桓弘任命为青州刺史，在广陵镇守；将刁逵任命为豫州刺史，在历阳镇守。桓弘是桓脩的弟弟，刁逵是刁彝的儿子。

刘裕与何无忌乘坐同一艘船返回京口，共同秘密谋划使晋朝皇家重新恢复振兴之事。谘议参军刘迈之弟刘毅的家在京口，也同何无忌商量征讨桓玄。何无忌说：“现在正是桓氏家族的强盛时期，怎么能够图谋他们呢！”刘毅说：“天下的事情，自然是有强大的也有弱小的，然而，如果行为与天道人情不符，那么，即使是强大的一方，变得弱小也很容易，真正值得担心的却只是不易得到一个英明称职的君主而已。”何无忌说：“天下草莽河泽之中，也并非没有英雄。”刘毅说：“我所知的，只有刘裕一人。”何无忌仅仅微笑，却不回答，返回之后，对刘裕说出刘毅的态度，于是他们就和刘毅一同制定了计划。

起初，太原人王元德与其弟王仲德对前秦国苻氏政权的号召加以响应，组织军队攻打后燕王慕容垂，未能取胜，就前往东晋投奔。东晋朝廷将王元德任命为弘农太守。王仲德见桓玄将东晋政权篡夺，成为皇帝，便对人说：“从古至今，由于受天命而改朝换代的人，当然并非只有一个，然而，如今这个起来当皇帝的却恐怕并非有能力成就大业。”

平昌人孟昶的官职是青州主簿，桓弘派孟昶前往建康出使，桓玄接见了他，并十分赞赏他，对刘迈说：“我在普通百姓中找到了一个尚书郎，你和他是同乡，难道不与他相识？”刘迈与孟昶的关系素来并不融洽，于是回答说：“我在京口时，并未听说孟昶有什么特殊的才能，只是听说他们父子之间多次互相赠诗唱和而已。”桓玄大笑，于是将提升孟昶的念头打消。孟昶知道此事后，心中怨恨刘迈。等他返回京口后，刘裕对孟昶说：“草野平民之中应该出现英雄豪杰了，你听到什么消息没有？”孟昶说：“现在的英雄还能有什么人呢？正应当是您啊！”

于是，刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶以及刘裕之弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守陇西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之这些人，彼此联合，谋划发兵征讨桓玄。刘道规此时正在青州刺史桓弘属下担任中兵参军，刘裕命令刘毅前往长江的北面会合刘道规及孟昶，一起将桓弘杀掉，占领广陵。诸葛长民这时正担任刁逵的参军，刘裕又让他将刁逵杀掉，占领历阳。王元德、辛扈兴和童厚之这时正在建康，刘裕便让他们将部众聚集起来直接攻打桓玄，充当内应。约定时间，同时发动政变。

孟昶的妻子周氏十分富有，孟昶对她说：“刘迈将我在桓玄那里的出路毁掉了，让我这一辈子沉沦落寞，所以，我决心成为一个叛贼。你应当尽早断绝与我之间的关系，今后，如果我侥幸得到富贵，再去把你迎接回来也不晚。”周氏说：“你的父母，此时还都健在，但你仍然决定采取不同寻常的行动，这怎么是我身为一个妇人有能力劝阻的呢？你的计划要是失败了，我就算沦落为奴婢，也应当服侍公婆，根据大义来说，我是并不想回去的。”孟昶怅然若失，呆坐许久，起身到外面去，周氏追回他并让他坐下，说：“我观察你的举动和行为，并不是来与我这个妇道人家商议的，你只是想得到一些钱财而已。”因此，指着怀抱中的儿子对孟昶说：“如果能将这孩子卖掉，我也一点都不感到可惜。”于是，她把自己全部的财产都送给孟昶。孟昶弟弟的妻子是周氏的堂妹。周氏骗她说：“我昨天晚上做了一个十分不吉利的梦，你应该拿出你家里所有的红色布匹给我，我好用它来对魔道诅咒禳镇。”她的堂妹对她的话完全相信，于是拿出家中所有的红布并交给她，她立刻把这些布全都缝制成了战袍和军衣。

何无忌夜里在屏风后面草拟檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，蹬在凳子上偷看他在做什么。她边哭边说：“我在明白事理这方面当然比不上东海吕母，但是你既然能如此，我还遗憾什么呢？”然后问他，与他一起策划的人是谁，何无忌对她说：“刘裕。”他的母亲越发高兴，于是又说了一些桓玄一定会失败、发动事变必然能成功的道理来鼓励他。

乙卯日，刘裕以出外打猎为借口，与何无忌前往京口城外将同谋的军队召集起来，共有一百多人。丙辰日，清晨，京口城门刚刚打开，何无忌便身穿传达圣旨的使者服饰，以皇帝的信使自称，当先来到城中，他手下的人也都跟随他一同进入，立即将桓脩杀死。桓脩的司马刁弘带领文武官员及其助手等人得到消息后，即刻赶到这里。刘裕来到城墙上，对他们说：“江州刺史郭昶之已经在寻阳拥戴皇上将正统皇位恢复了，我们这些人也全都接到了皇上秘密下达的诏书，将叛党诛杀铲除。现在，强盗桓玄的首级或许已经被挂在大航桥上示众了。各位莫非不是大晋朝的臣子吗？此时你们来到这里来打算做什么？”刁弘等人对他的话很相信，带着手下人回去了。

刘裕向何无忌询问说：“如今急需有一个人担任主簿，你看这个人选如何才能得到呢？”何无忌说：“没有人比刘道民更合适了。”刘道民就是东莞人刘穆之。刘裕说：“这个人我也认识。”于是立即派信使骑快马将他召请来这里任职。此时刘穆之听到京口方向有嘈杂的人声，于是一大早就起来，来到路旁探听张望，正好遇到前来找他的信使。刘穆之看过了信，两眼向前方直视，不说一句话，这样呆立了许久，才转身返回家中，撕破了一件布衣服，改成套裤，跟随信使一起去见刘裕。刘裕说：“我们的大旗刚刚举起，发动这场与道义相符的事变，所有的事情都是从头开始，困难很多，极其迫切地需要一个有能力负责军队中文书的人才，你说最适合这项工作的是谁？”刘穆之说：“您刚刚建立了军府，所用的文官一定要有真才实学才行，在这样紧张仓促的形势下，恐怕找不到比我还强的人选了。”刘裕边笑边说：“你能屈尊亲自担任这个职务，那么，我们的事一定可以成功。”就立即将刘穆之任命为主簿。

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